临终前，伊莎贝拉告知婆婆其文书中有"不宜让约瑟夫阅览"的内容。女皇遂命宫廷总管埃尔德迪伯爵夫人销毁这些手稿，然此事未竟之因至今成谜。伊莎贝拉致玛丽娅公主的书信仍保存在后者的文牍中，其夫特申公爵阿尔伯特·卡西米尔将这些信件视为妻子与那位"无双公主"之间"非凡情谊"的见证。截至2024年，这批信件收藏于匈牙利国家档案馆。哈布斯堡王朝档案管理员阿尔弗雷德·里特尔·冯·阿内特于19世纪末部分公布了信件内容，约瑟夫·赫拉斯基在1959年著作《帕尔马郡主其人》中发表了另一个经过删节的版本。2008年，埃莉萨贝特·巴丹泰出版了完整注释版通信集。

伊莎贝拉明明非常害怕怀孕，却一直在婆婆和丈夫面前压抑自己，始终让自己表现得如外界所希望的样子— —
约瑟夫对伊莎贝拉倾心相待，殷勤备至，但她并未以同等程度回应他的感情。尽快诞下继承人被视为她的职责，1761年末她如愿怀孕。这使她深感焦虑，所幸未让众人失望。她唯恐难以承受分娩之痛，但据玛丽亚·特蕾莎记载，她始终以符合王室礼仪的方式克制表现，"既未显露敏感亦无痛苦表情"。

伊莎贝拉的身体确实不适合生育，确实为了生育吃了很多苦，伤害了健康，关键是她还不爱丈夫和孩子，生育不是出于她自愿，只是为了完成职责— —
她的妊娠过程十分艰难，伴随多种身体不适、抑郁情绪及对死亡的恐惧。由于丈夫未能理解她的痛苦，情况愈发恶化。1762年3月20日，她诞下命名为玛丽亚·特蕾西亚的女大公（以其祖母之名命名）。虽无法确知伊莎贝拉对孩子的真实情感，但她在私人信函中仅提及女儿一次，私人笔记中则只字未提；一位友人评论道她对孩子的爱"未曾表露于外"。

1762年8月及1763年1月，她两度经历流产。玛丽亚·特蕾西亚建议约瑟夫等待半年再尝试求子，以便伊莎贝拉恢复身体。第二次流产被秘密隐瞒，但据法国大使记载，女皇与约瑟夫均"深感痛苦"。他写道伊莎贝拉虽"健康状况尚可"，却已卧床数日。多次流产加剧了她的抑郁症状，逐渐消磨其求生意志。分娩风险更深化了她对死亡的焦虑。1763年3月初，法国方面传出消息称她心理状态不佳，仍因上次流产悲痛不已，并出现身体症状：体型"极度消瘦"，伴有"几乎持续不止"的"干咳"与肋部疼痛。诊断结论认为其健康受到"严重威胁"，亟需安抚其"心灵"。

特蕾西亚女王都写信给伊莎贝拉的父亲让他不要给女儿压力，伊莎贝拉太顺从了甚至都有点自虐— —
感谢上帝，我们亲爱而迷人的女儿已经康复，身体状况良好。在十个月的时间里，她生了一次孩子，还经历了两次流产。这太辛苦了。因此，我希望她能休息六个月，以恢复体力。我恳请你不要让她有任何想要孙子的念头。她太习惯于服从了。-玛丽亚·特蕾西亚，1763年1月18日致帕尔马公爵的信

伊莎贝拉一边制止不住地为mimi吸引，一边为姑嫂百合而自责痛苦，再加上生育，每天都活在痛苦中— —
玛丽似乎比伊莎贝拉更为内敛，但她确实回应了伊莎贝拉的感情。她们都认为同性恋是有罪的，这导致她们产生了负罪感。伊莎贝拉为自己未能回报丈夫的爱，未能尽到“妻子的职责”而感到羞愧。这加剧了她的抑郁，并让她深信唯一的解决办法就是死亡。[38]她写信给玛丽说：“只有全能者知道，我是多么乐意舍弃这个每天都在给他带来痛苦的生活。”[59]玛丽去世后，在她的祈祷书中发现了一幅伊莎贝拉和女儿的肖像。肖像背面写着伊莎贝拉的去世日期和原因，称她为“最好、最真诚的朋友”，她“生如天使，死亦如天使”。

看资料妹子太完美了，能和人型龙傲天法兰西的腓四比一比了，无怪大姑姐嫉妒— —
尽管家族多数成员都喜爱伊莎贝拉，但她与长姑姐玛丽亚·安娜女大公（人称玛丽安娜）的关系却持续恶化。伊莎贝拉以美貌著称，而玛丽安娜则是众女大公中相貌最平庸者；伊莎贝拉广受欢迎，玛丽安娜却遭到母亲和手足的冷落。[64]这位西班牙公主聪慧博学，而钻研科学曾是玛丽安娜在孤寂纷争的家庭生活中的精神寄托——这项共同兴趣使她与父皇关系密切，如今皇帝也对伊莎贝拉宠爱有加。此外，伊莎贝拉的歌艺与小提琴造诣也被认为远胜女大公。出于嫉妒与自卑心理，玛丽安娜早在伊莎贝拉抵达奥地利前就已视其为劲敌，并以冷淡态度相待。