当然,逻辑、几何学与代数这三门学问对笛卡尔探求真理的方法有一定的帮助。但是,在逻辑方面,三段论式等逻辑法则只是分析已知的东西,并不能告诉别人未知的东西。几何学与代数则过于抽象和繁琐。为此,笛卡尔力图找出一个包含上述学问的长处且又没有其缺点的新方法。这一新方法包括四条规则。① 在《几何学》、《折光学》与《论大气现象》中,笛卡尔具体应用了这四种方法准则。不过,这些方法论的准则必须通过哲学的理念才能得到确定。如第一条准则“明证性与确定性的要求”,如何才能获得明证性呢? 笛卡尔认为,唯有通过“怀疑”,才能达到明证性和确定性。笛卡尔并不愿像古代怀疑论者那样,为了怀疑而怀疑,而是“使自己得到确信的根据,把沙子与浮土挖掉,为的是找出磐石和硬土”。②为此,在《谈谈方法》第四部分与《第一哲学沉思集》中,他通过“我思故我在”命题和完满性概念明确地推论出主体“我思”、上帝和物质世界的存在。此外,在自然研究中,笛卡尔也具体运用了这一方法。首先,他用物理机械论代替了传统经院哲学中亚里士多德主义的“形式—质料”说。在《指导精神的准则》中,笛卡尔试图开辟出一条崭新的道路,即用机械论来解释一切物理事实,包括身体器官和大脑。他认为,自然的唯一活动就是机械运动。其次,传统经院自然哲学探讨的是自然秩序,而且这一自然秩序里的各部分又服从一个目的等级制。而笛卡尔则认为,自然科学研究的是自然的规律,特别是物体运动的规律。