在远古时代，一支后来被命名为“维提”（Veti）的高科技外星种族来到地球，他们一边奴役古人类一边采掘利用被称为“风暴”的高能植物能源。一些人类奴隶反抗者反向利用维提的设备过载了全球的“风暴”，维提不得不自我封印躲入地下保命，“风暴”也随之消失。
千百年来，人类中有一部分人早早地掌握了“风暴”的秘密，他们结成名为“霍桑”（Hawthorne Initiative）的阴谋论集团，隐藏在历史的黑暗中操控人类社会。1962年古巴导弹危机的恶化就是他们的手笔，短暂但毁灭性的核战争不但破坏了欧亚大陆的环境，也重新激活了深埋多年的“风暴”。
核战后的几十年间，人类结成全球防御部队（GDF）和风暴王朝两个阵营，两方互相仇视，残酷争夺着“风暴”资源的控制权。然而实际上，对战的两方背后都有“霍桑”的影子，他们不但把控着GDF最高理事会，也把王朝总部渗透成筛子。
游戏开始于世界线中的1997年，GDF和王朝从小规模军事摩擦演变成覆盖欧亚大陆的全面战争。在混战中，风暴王朝原本退居二线的创始者多摩威使用钻地核弹粗暴唤醒了沉睡在两河流域遗迹的外星奴隶主，并诱导他们的大军摧毁王朝总部，杀死所有“霍桑”间谍。尽管在外星奴隶主的突袭下损失惨重，GDF利用风暴王朝配备在西班牙的特殊导弹摧毁了维提的指挥节点，王朝则在意大利打包了一整个维提神庙，缴获大量先进科技。损失超过三分之一的维提重新躲入地下，但人类两方阵营都知道这只是暂时的休战。
在战役的最后，王朝方玩家因协助消灭总部的特务以及夺取维提科技而受到多摩威认可，但多摩威的秘密行动也让其子——王朝元帅亚历克斯颜面尽失，不满的他在后续可能有所动作。GDF方玩家则以其摧毁维提节点而得到最高理事会的赏识，这些神秘的无面人希望与玩家开展进一步合作，而他们的古怪行为也引起了玩家的上司费舍尔上校的怀疑。
目前的故事就到这里，接下来得靠游戏更新了。