1.为什么爱子在尿床后会像精神失常一样又像在笑又像在喊叫，布布捂住她的嘴是因为怕被别人发现吗？那为什么要做锁喉这么离谱的动作呢。甚至一拳把爱子的牙都打下来一颗，这时候布布不应该下定决心保护爱子了吗？

2.为什么布布看到爱子想要写愿望挂起来会很不爽？

3.为什么布布在种子岛就决定把爱子杀掉，并且在此之前变回了小鸟的形象？

能感受到的是，作者在两人逃亡时有着手刻画他们各自的情绪与他们之间感情的变化。因为我读到这里已经沉浸在气氛中放弃思考了，中途感觉两人有些行为逻辑串不上也没想明白

感谢这位朋友的解答。我思考过后把得出的一系列想法放在这里供参考。
我在读最后几卷时犯了错误，一厢情愿地认为布布说要带爱子去远方一起生活是真的做好了要对爱子付责任的决心。实际上在布布与爱子和解之前，布布的决定：等小幸手术结束，考完驾照就去很远的地方生活。也只是对当下迷茫的逃避而已，布布最后会不会真的离开本身就是个未知数。在和爱子做完后，布布冠冕堂皇地说要带爱子一起走，而真正做出 现在就出发 这个决定的是爱子，于是布布在独白里也想到爱子就是他命中注定的人。进入爱子家门前的交谈令布布真切感到可爱的爱子会为他的生活带来幸福。然而这一切都在布布以为自己杀死了爱子妈妈后崩坏了。这里我认为是爱子杀死了妈妈，因为爱子意识到布布如果杀了人，最后一定会自杀，因此拿刀刺妈妈从而为布布分担痛苦。
布布沉浸在杀人的痛苦中，埋尸后布布安慰爱子的话倒有安慰自己的意味，可此时能帮助布布解脱的或许只有自杀。为什么呢？因为不止杀人的痛苦。布布其实一直活在童年那次违背诺言的阴影里，他真的想要被爱子杀死。救了爱子让他觉得自己已经没有活下去的理由了，正如他最后在工厂自杀所说的。爱子不愿布布死，留下了布布，理由是“别丢下我一个人”。爱子因为害怕没有告诉布布是自己杀了妈妈，但爱子是想要救赎布布的，因为布布可能是世上唯一能够实现她愿望与她相互理解的人了。布布虽然没有自杀，但只是不丢下爱子一人这个理由显然还不够维持布布活下去。
此后两人开始了逃亡，我认为逃亡分为种子岛前后两个阶段。在种子岛前，布布在杀人的痛苦中挣扎，处于自暴自弃的状态，所以布布会说那么多冷漠的话，以及暴力地对待爱子。但爱子其实也非常痛苦，于是才会有对布布说“杀人是不行的”从而被布布一拳打掉牙齿的情节。还有爱子写愿望时，布布看到那些挂着的充满希望的话语，将反差下绝望的自己的怒火发泄到了爱子身上。（1.2.）两人说好去种子岛后布布的大笑，是布布已经打算好了在那里杀掉爱子（或者让爱子离开，也就是消失）然后自杀，于是非常释然地笑了。布布变回小鸟的形象是爱子在这一段时间里努力的结果，虽然没能改变布布自杀的想法，但是布布在与爱子的相处中感受到的幸福是真实的。（3）布布猛地忘记了杀人的痛苦，变回了从前那个迷茫的布布，享受与爱子的最后时光。但他还是要死，如果爱子不能孤单一人，那么就一起死。
但转机产生了，爱子不想死：她还没有实现愿望。如果告诉了布布真相，布布或许就此离开，而无法实现愿望的爱子要怎么办？爱子还是说了出来。布布从杀人的痛苦中逃脱了。这里的转折是非常明显的，此后漫画表现两人之间的关系从爱子救赎布布变成了布布对爱子的呵护，无论是独白还是对爱子说话布布语气都无比温柔，从内容来看布布也是处处为爱子考虑的。随着失去本能安身之处，爱子因为病情恶化与谋杀被曝光丧失了安全感。甚至不信任布布了，但出乎爱子意料的是，布布其实没有放弃自己，反而理解了自己。在森林里，爱子刺伤布布而被拥抱后，两人相互理解了。可能说是在森林里还尚早，那么在两人面对残忍现实无路可走而来到的废弃镇子里，布布对爱子的诺言，以及揭开爱子谎言背后裸露的爱，让爱子明白，两人此刻相互理解了，她的愿望实现了。

我找到了日语原版，这里布布是这么问的「…だったら。ずっと気になってたんだ… 君は僕が自殺するのを止めるために、自分が殺したって嘘をついたんじゃないかって…」我本人不懂日语，翻译过来是：“如果是这样的话。我一直很在意……你是不是为了阻止我自杀，骗我说是自己杀的……”
爱子的回答是：…嘘じゃないよ……，翻译过来是：…不是骗人的…
爱子从言语上否定了布布所说的话，可以作为否定我前面关于爱子杀妈妈动机判断的依据。但这里只表明爱子的妈妈确实是爱子杀了，并没有直接说明爱子杀人的动机，包括爱子摘下帽子后露出的坏笑，都让我感觉我之前的想法并没有错，从中甚至可以看出爱子有计划实现般的得意。