地底世界，哥斯拉巢穴，蜥蜴人告诉人类，哥斯拉确实是蜥蜴人创造出来的，震惊所有人类。
那么所有泰坦巨兽也是出自蜥蜴人之手吗？
蜥蜴人否认，泰坦巨兽远古以来都存在，他们大部分都靠吸取能量（核辐射）变得强大，创造哥斯拉这一点就是参考了泰坦巨兽。
蜥蜴人旅行第一次来到地球时，地球表面都是笼罩着核辐射，蜥蜴人也无法生存，直到他们发现地底世界，原来地底世界不是蜥蜴人打造…

蜥蜴人告诉人类，也许地球从前就是高级文明的斗兽场，不过不知什么原因废弃了。
人类有点崩溃了…回神过来提问为什么要创造哥斯拉？
创造哥斯拉是为了保护蜥蜴人，除了对付泰坦巨兽，最重要是外星来者，高级文明害怕泰坦巨兽？
不害怕？为什么不在自己的星球斗兽场？很多泰坦巨兽强大又难以控制，他们的能力爆发起来足够毁灭一颗行星，甚至一个银河系！！
哥斯拉是蜥蜴人的进化体，参杂了泰坦巨兽的细胞，强化提炼，多次失败后创造出第一只哥斯拉，什么名字自己改。
之后哥斯拉在一个几个世纪漫长周期，才开始产卵，还要经过几个世纪哥斯拉定时灌输能量进入蛋内，几个世纪的能量孵化，一头小哥斯拉才会破茧而出！
说到这里，蜥蜴人带着人类刚好停在一颗灌满能量散发出光芒的蛋。
看来这颗蛋快要孵化完成了，就剩最后一次能量灌输，但是灌输需要特定时间，先还不是时机。

主角哥斯拉来到蜥蜴人地盘了，他看着曾经熟悉的环境，怀念上头，他想起了自己被其它泰坦巨兽欺负的场景。
小哥斯拉被其他巨兽群攻击倒地，受伤哭喊求救在不远处的巨哥斯拉，巨大哥斯拉只是冷漠的观看不动，小哥斯拉看到这样的情况感到无助…
巨大哥斯拉只是挥头示意，要小哥斯拉靠自己，站起来！！小哥斯拉不敢反击被围殴，巨大哥斯拉生气转身离开！！小哥斯拉急了，终于挥动尾巴把攻击他的巨兽扫倒了，急忙爬起来追上巨大哥斯拉，后面还有一群巨兽追着，巨大哥斯拉一个尾巴扫开小哥斯拉，然后对无助的小哥斯拉吼叫怒斥，小哥斯拉止步畏惧和求助…巨大哥斯拉无情转身离开了，小哥斯拉被追上来的巨兽群扑过来围攻了！！！
被围殴的小哥斯拉意识到只能靠自己，愤怒反击了！！浑身摆动挣脱围殴，然后哪一巨兽靠近就先攻击哪一个，他看准了巨兽的首领，趁机全力攻击首领，被围殴也不管了，最后小哥斯拉还是被首领打趴了，他还是坚持爬起来怒怼首领，让巨兽群开始产生畏惧感了，小哥斯拉对着巨兽群挑衅的咆哮了，不服输要再进攻巨兽群，这时巨大哥斯拉出现一个吐息射在他们之间终止了这场没有定胜负的打斗，巨兽群跑光了，留下受伤不服气愤怒的小哥斯拉，巨大哥斯拉示意小哥斯拉一起回去。
小哥斯拉怨恨巨大哥斯拉，不跟随巨大哥斯拉自己走另一边回去，巨大哥斯拉看在眼里，他是感到高兴的，虽然从此之后小哥斯拉不再理会他…

主角哥斯拉回神过来，低版哥斯拉出现在他的后面，两者认识。
回忆里主角哥斯拉破茧而出时，在旁边的低版哥斯拉刚好也出世，主角哥斯拉不敢跳水时，低版哥斯拉刚好在另一端跟着另一头巨大哥斯拉学跳水游泳，还嘲笑主角哥斯拉溺水~
低版哥斯拉游过去嘲讽和引导主角哥斯拉，最后主角哥斯拉跟着低版动作步伐学会游泳了，两者一起溪水，成为好朋友？
回到现在，低版哥斯拉过去和主角哥斯拉亲切额头相抚一下，然后一起回去巢穴，低版哥斯拉感觉到主角哥斯拉的不安情绪。
蜥蜴人和人类之站在某处见证两头哥斯拉的行为，主角哥斯拉看到金刚，金刚向他仰头打招呼，主角哥斯拉不理睬转头离去，金刚告诉吉娅，主角哥斯拉好像遇到麻烦了…

人类现在才知道主角哥斯拉的地底世界巢穴还存在的，还以为和猿族战争已经灭亡了。
蜥蜴人解释，泰坦巨兽自古以来都在为自己的族群战斗不休的，壁画记载只是一小撮真相而已，当人类看着壁画解读以为金刚猿族已经灭亡了，结果猿族目前还依然存在。
人类现在反而开始担心主角哥斯拉到底发生什么事？
在创造哥斯拉时，蜥蜴人用一种科技和哥斯拉融合，让哥斯拉可以感应到地球或地球以外一定范围的机制，人类称为地球意志，目的就是用来保护地球。
人类不明白蜥蜴人为什么要这么做？目的就是为了保护蜥蜴人和地球，蜥蜴人以基朵拉为例子，高级文明也知道地球是斗兽场，存在着很多的泰坦巨兽，也知道蜥蜴人躲在地球里，所以派基朵拉来地球企图统治地球上的所有泰坦巨兽对付蜥蜴人和哥斯拉或不服从的泰坦巨兽（如雪魔）。
既然高级文明这么强大厉害，为什么不亲自前来？
蜥蜴人沉默一阵子，他们来到哥斯拉巢穴观察主角哥斯拉。
两头哥斯拉在观察着发光的蛋，从两头哥斯拉的举动所知，低版哥斯拉很高兴自己孵化的蛋快要完成了，主角哥斯拉为之也高兴的，就差最后一次灌输能量而已。
蜥蜴人打破沉默，告诉人类，因为基朵拉之前，高级文明亲自来过，还差点毁灭地球，幸好哥斯拉一族的存在。

晶体陨石进入大气层，却没有出现空气磨擦所产生的火焰，都被晶体吸收了，庞大的晶体划过多国天际，全世界联合戒备，晶体最后落在某国的海域群岛处，并没有造成撞击后的爆炸或海啸。
晶体沉入海底，下半体钻进地底下…联合军潜艇前来探究，过了不久晶体发出光芒，出现强烈地震，很多发光晶体从地下穿出，不停在扩散中，在探究的潜艇被晶体发出强劲的电磁波击沉了！！

帝王组织希望可以得到晶体做研究以找出对策，但是晶体散发着强大的电磁波，所有载具和人类根本无法接近。
而且，人类开始发觉地球在枯萎中，难道晶体在吸收着地球？

主角哥斯拉来到自己曾经的孵出来的地点，他回忆起往事。
小哥斯拉不再理会巨大哥斯拉后话，某天一群巨大泰坦巨兽趁着大部分哥斯拉不在时入侵哥斯拉巢穴，防守巢穴哥斯拉奋力顽抗，不敌对方多数而败阵被杀，很多年轻哥斯拉和小哥斯拉都逃命被杀，一些勇敢反抗，其中一个就是主角小哥斯拉，眼见自己的同伴一个接一个被杀，主角哥斯拉非常生气，看着低版小哥斯拉要被杀之际，主角小哥斯拉喷射了他第一次的吐息，威力小和射程短的可怜，总算勉强喷伤对方救了低版哥斯拉，但是他们两者被包围了，对方都比他们巨大。
主角没有畏惧的愤怒，低版害怕的强迫反抗。
就在对方冲过来之际，主角的父亲巨大哥斯拉吐息击中包围群，冲入包围群以一敌十的，主角看着父亲奋不顾身的把他们救出重围，还有那强悍的表现，主角顿时敬仰起来。
这一次后，主角默默回到父亲的身边，像以前一样做起跟屁虫，父亲也意识到了主角不再生气自己。
之后父亲开始锻炼主角，再艰难的主角小哥斯拉都愿意承受和面对，时间逝去，小哥斯拉已经长大成为年轻哥斯拉了。

主角年轻哥斯拉已经成为战士负责守护巢穴和入侵巨兽战斗了，在父亲的严格训练下主角哥斯拉有父亲的强悍气魄。
主角哥斯拉背部，晶体慢慢长出来取代了背鳍，然后背景是一片焦土，火光冲天，然后敌视对着镜头视角，喷出巨大吐息突袭掩盖一切！！！
主角哥斯拉突然惊醒的感应到什么而惊愕，蜥蜴人也感应到了，人类还一脸疑惑。

当蜥蜴人带着人类回到地表时，地表多地已经长满晶体，地球土地植物都干枯了…很多建筑物都被晶体摧毁了，硝烟四起…
到底发生什么事？
发现有震动，金刚带着剩余的猿族急忙保护保护人类和蜥蜴人，以防有突袭。
突然一头泰坦巨兽窜出来向发疯一样的见到活物就攻击，幸好被金刚和部下击倒了，他们发现来袭的巨兽身体长满晶石。
蜥蜴人解释，是晶体导致巨兽失控，晶体可以控制巨兽的意识，一旦拒绝就会感到痛苦万分，直到自己失去抵抗的意志处于疯狂状态！！
人类联想到雪魔当初被刀疤用晶体控制…
蜥蜴人解释，没错，当初刀疤所控制雪魔的就是这种晶体，人类惊讶！！！
蜥蜴人接着说，当年高级文明来到地球并差点毁灭地球就是靠这个晶体，这种晶体除了可以控制任何目标生物，它还可以吸收任何能量，远古地球上的能量（核辐射）就是被它大量吸走的。
人类反串，晶体岂不是净化滤器？
蜥蜴人解释，当年高级文明知道地球存在而带着晶体来到地球，企图吸干地球为晶体收集能量。
地表干枯之后，吸收扩大到地底世界，蜥蜴人自知逃不过家园再次被摧毁的命运，所以带着所有的哥斯拉一族上地表和高级文明一战！！！

远古大战，蜥蜴人所有高科技都出尽，高级文明就一架巨大太空船浮在空中没有任何动作，就以周围长满的晶体能量形成防护罩保护着，浮空的晶体和地面的晶体不停对每个蜥蜴人驾着主战机带上包围着主战机的无人机群进行攻击。
蜥蜴人连靠近高级文明太空船的机会都没有就牺牲了很多蜥蜴人。
哥斯拉一族就在地表和被晶体控制的巨兽战斗，而当中就有主角年轻哥斯拉和父亲巨大哥斯拉。
对蜥蜴人和哥斯拉一族或其他反抗的泰坦巨兽来讲这是一场艰难的战争，对于高级文明来讲他们很轻松的像上帝视角的在观望着这一场战争。
很多蜥蜴人阵亡，很多哥斯拉一族战死，很多反抗泰坦巨兽伤亡或逃亡，直到蜥蜴人发现了破绽，就是晶体，晶体不停在吸收能量强大自己，只要把有能量的晶体块消灭就是削弱晶体本身，而蜥蜴人更发现所有晶体都有接连的，所有晶体都会把吸收回来的大部分能量输送到一个主导晶体。
最后哥斯拉一族找出主导晶体位置而将它毁灭！！轻敌的高级文明太空船失去防护罩和动力坠落，最后被哥斯拉一族消灭了，地球得以保存下来，不过却要用上好一段长时间慢慢自愈，自此之后哥斯拉也担任起维护大自然平衡的角色了，而其中一个维护大自然平衡的就是主角哥斯拉。

回到现今，到处长满晶体，看来高级文明回来复仇了！！人类该怎么办？
一架未受到电磁波影响的帝王组织飞机降落了，原来是被抓的蜥蜴人和帝王组织的人知道地底蜥蜴人和吉娅他们出现在这里过来会合。
地底蜥蜴人似乎不是很喜欢被抓蜥蜴人，他们认识，但是双方有分歧而分道扬镳的，被抓蜥蜴人是主动派，地底蜥蜴人是保守派。

被抓蜥蜴人要求地底蜥蜴人允许帝王组织使用蜥蜴人科技保卫地球，地底蜥蜴人拒绝，人类一旦得到蜥蜴人科技，以人类的野心是不会总有一天会毁灭地球的，如果到了地球为难当头之日，地底蜥蜴人会再次出动维护地球。
双方坚持不懈之际，两头哥斯拉从传送门出来了，主角哥斯拉和低版哥斯拉。
两头哥斯拉都参与过远古大战，看到这个场景怒气上头，一个咆哮后双双喷射吐息把吸收能量发光的晶体摧毁，金刚带着部下加入摧毁行动。
帝王组联系联合军，摧毁世界各地发光的晶体。
主导晶体发觉晶体被摧毁了，它指示晶体反击。
众人一起乘坐飞机离开危险区域，由于晶体开始反击，过不了多久，飞机被电磁波影响而失去动力下坠。
危急关头，地底蜥蜴人摇身一变全副武装，身上装备赋予飞机动力，并控制了飞机，这是什么科技？
被抓蜥蜴人也全副武装，帝王组织才知道被抓蜥蜴人是有反抗的能力，一直以来心甘情愿被抓的…
被抓蜥蜴人离开飞机独自一人去消灭晶体。
人类问地底蜥蜴人不去帮忙，地底蜥蜴人的答案是，现在还不是地底蜥蜴人该管的范畴，人类必须靠自己，何况还有哥斯拉和其它泰坦巨兽协助…

飞机众人在空中观察着哥斯拉金刚他们摧毁晶体的过程。
主角哥斯拉摧毁一块巨大发光晶体后，用过去的经验跟着被摧毁巨大晶体能量输送管道，由于巨大晶体被摧毁，没有消耗的能量会输回主导晶体本身，低版哥斯拉和金刚跟着主角哥斯拉去追踪主导晶体。
两头哥斯拉下深海了，金刚放弃跟随，继续回去摧毁晶体。
飞机无法下水，但是地底蜥蜴人装备让飞机形成一层保护层可以下水，被抓蜥蜴人也跟过来了。

他们来到某国群岛，能量回送到这里分散了，主角哥斯拉有种莫名的熟悉感，他愣住一下，有种不想面对的行为。
低版哥斯拉提醒主角哥斯拉，主角哥斯拉只好继续下去，两头哥斯拉分开寻找主导晶体。
人类感到困惑主角哥斯拉的行为，地底蜥蜴人感应到主角哥斯拉很不安，主角哥斯拉害怕继续下去，他似乎感觉到一些问题，地底蜥蜴人也觉得奇怪，为什么没有高级文明的踪迹？
被抓蜥蜴人也参与寻找主导晶体，不久被他找到了，他迫不及待用装备最大值可用能量射线攻击主导晶体，主导晶体一层防护罩挡消攻击！！
被抓蜥蜴人想再次攻击，这时他看到主导晶体内一双发光的眼睛看着他。
主角哥斯拉感觉到了，急忙游过去。
晶体内的生物苏醒了，主导晶体发出多管电弧攻击被抓蜥蜴人。
被抓蜥蜴人闪躲，最后还是被击中，受到电击同时被电弧抓住无法动弹，装备启动的防护罩一下子就撑不住，装备显示损坏超过百分之七十，被抓蜥蜴人觉得自己快完蛋了…
主角哥斯拉赶来了，一个焰息爆发中断了主导晶体的电弧，被抓蜥蜴人被爆发弹飞到某个海岩处，主角哥斯拉转身一个吐息攻击有防护罩护体的主导晶体，主角哥斯拉加强吐息威力，主导晶体的防护罩依然丝毫无损，形成拉锯状况。
低版哥斯拉前来支援，他摧毁了主导晶体周围晶体，主导晶体防护罩减弱！主角哥斯拉的吐息突破防护罩击中主导晶体，主导晶体硬扛主角哥斯拉的吐息。
飞机找到受伤的被抓蜥蜴人，传送他回飞机，大家看着两头哥斯拉和晶主导体对决。
主导晶体控制周围的晶体，利用晶体尖锐的尖端飞刺主角哥斯拉，晶体受控下可以随着主导晶体意志随意游走围绕着主角哥斯拉并趁突击。
主角哥斯拉厌烦围绕的晶体，一个强大的爆发把晶体震碎了，低版哥斯拉前来和主角哥斯拉左右开弓吐息攻击主导晶体！！！
蜥蜴人都感到惊讶的，他们所认知的主导晶体根本没有这么灵活性意志的，没有高级文明控制不可能会有这样的情况！！难道主导晶体本身就是高级文明？