温州医科大学第二临床医学院的前身是温州医学院临床医学二系和儿科系。儿科系创建于1978年，临床医学二系创建于1994年。2000年学校改系为学院，2002年学校合并第一临床学院、第二临床学院和基础学院成立医学部，2005年为进一步加强临床教学工作，促进临床教学管理工作的规范化建设，完善临床医学及相关专业管理体制，成立第二临床医学院（含儿科临床学院）。
学院以温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院为依托，采用“二个牌子，一套班子”的管理方式，下设教学科和学生管理科。学院拥有内科学、外科学、麻醉危重病学、妇产科学、儿科学、康复医学、中医学等17个教研室，设有临床医学、麻醉学、中医学、康复医学四个本科专业，其中临床医学专业是浙江省重点建设专业，也是该校设置最早、招生数最多、规模最大的专业。
学院拥有内科、外科等13个硕士点和眼科、外科、妇产科等3个博士点。学院设置有浙江省呼吸疾病诊疗中心和浙江省脊柱外科中心两个省级医疗中心，关节外科中心和临床疼痛治疗中心两个校级中心，还有六个省级医学重点学科和三个省中医药重点专科。目前拥有正高职称教师66人、副高职称191人、中级职称364人；具有硕士学位176人，博士24人；硕士生导师60名；博士生导师4名。
在临床实习基地建设方面，学院不断拓宽和完善，目前已拥有台州医院、嘉兴市第一人民医院、宁波市第一人民医院、上海交大医学院附属瑞金医院等二十余所教学及实习医院。学院借助学校和医院的先进教学设施及学科平台，以培养厚基础、宽口径、强技能、高素质的医学专门人才为己任，为社会输送了大量适应医学发展和社会需求的高层次医学人才。
温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院是一所集医疗、教学、预防、康复于一体的三级甲等综合医院，位于浙江省温州市鹿城区学院西路109号，是温州市医保定点医院，也是温州医科大学本科和硕士临床医学专业来华留学生实习基地，国家级住院医师规范化培训基地。医院的科室设置较为齐全，涵盖心内科、呼吸内科、消化内科、感染内科、血液肿瘤科、肾内科、内分泌代谢科、风湿免疫科、神经内科、肿瘤放疗科、肝脾外科、胆胰外科、胃结肠外科、直肠肛门外科、综合外科、颈部外科、乳腺外科、血管外科、心胸外科、神经外科、泌尿外科、骨科、妇科、产科、生殖医学中心、儿童感染科、儿童ICU、儿童呼吸科、儿童变态反应（过敏）与免疫科、儿童睡眠医学科、儿童消化科、儿童心血管科、儿童神经科、儿童肾脏科、儿童血液科、新生儿科、儿童急诊科、小儿外科、儿童胸胸外科、儿童骨科、儿童神经外科、眼科、耳鼻咽喉科、皮肤性病科、病理科、输血科、超声影像科、放射影像科、营养科、急诊科、中医科、康复医学科、儿童康复科、身心医学科、麻醉科、检验医学科等临床科室和医技科室。医院配有先进的医疗设施，如MR成像仪、CT扫描仪、DR10、乳腺X线、胃肠造影机、全自动生化免疫流水线、全自动血液分析流水线、全自动尿液分析流水线、全自动微生物分析仪、全自动血培养仪、自动化化学发光免疫分析仪、荧光定量PCR仪、一代/二代测序仪、流式细胞仪和荧光原位杂交分析系统等。
学院以温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院为依托，采用“二个牌子，一套班子”的管理方式，下设教学科和学生管理科。学院拥有内科学、外科学、麻醉危重病学、妇产科学、儿科学、康复医学、中医学等17个教研室，设有临床医学、麻醉学、中医学、康复医学四个本科专业，其中临床医学专业是浙江省重点建设专业，也是该校设置最早、招生数最多、规模最大的专业。
学院拥有内科、外科等13个硕士点和眼科、外科、妇产科等3个博士点。学院设置有浙江省呼吸疾病诊疗中心和浙江省脊柱外科中心两个省级医疗中心，关节外科中心和临床疼痛治疗中心两个校级中心，还有六个省级医学重点学科和三个省中医药重点专科。目前拥有正高职称教师66人、副高职称191人、中级职称364人；具有硕士学位176人，博士24人；硕士生导师60名；博士生导师4名。
在临床实习基地建设方面，学院不断拓宽和完善，目前已拥有台州医院、嘉兴市第一人民医院、宁波市第一人民医院、上海交大医学院附属瑞金医院等二十余所教学及实习医院。学院借助学校和医院的先进教学设施及学科平台，以培养厚基础、宽口径、强技能、高素质的医学专门人才为己任，为社会输送了大量适应医学发展和社会需求的高层次医学人才。
温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院是一所集医疗、教学、预防、康复于一体的三级甲等综合医院，位于浙江省温州市鹿城区学院西路109号，是温州市医保定点医院，也是温州医科大学本科和硕士临床医学专业来华留学生实习基地，国家级住院医师规范化培训基地。医院的科室设置较为齐全，涵盖心内科、呼吸内科、消化内科、感染内科、血液肿瘤科、肾内科、内分泌代谢科、风湿免疫科、神经内科、肿瘤放疗科、肝脾外科、胆胰外科、胃结肠外科、直肠肛门外科、综合外科、颈部外科、乳腺外科、血管外科、心胸外科、神经外科、泌尿外科、骨科、妇科、产科、生殖医学中心、儿童感染科、儿童ICU、儿童呼吸科、儿童变态反应（过敏）与免疫科、儿童睡眠医学科、儿童消化科、儿童心血管科、儿童神经科、儿童肾脏科、儿童血液科、新生儿科、儿童急诊科、小儿外科、儿童胸胸外科、儿童骨科、儿童神经外科、眼科、耳鼻咽喉科、皮肤性病科、病理科、输血科、超声影像科、放射影像科、营养科、急诊科、中医科、康复医学科、儿童康复科、身心医学科、麻醉科、检验医学科等临床科室和医技科室。医院配有先进的医疗设施，如MR成像仪、CT扫描仪、DR10、乳腺X线、胃肠造影机、全自动生化免疫流水线、全自动血液分析流水线、全自动尿液分析流水线、全自动微生物分析仪、全自动血培养仪、自动化化学发光免疫分析仪、荧光定量PCR仪、一代/二代测序仪、流式细胞仪和荧光原位杂交分析系统等。
