首先，50年前霓虹最有钱的的大富豪乌丸莲耶，创造了神秘的犯罪组织，寻找大量的生命医学家来为他开发某种药物，这种药物要具备两种作用，长生与不老。
而如今的药物却并不能完全满足乌丸莲耶的要求，很有可能半成品的药物只能实现冻龄。（参考乌丸莲耶和贝姐。）
而这种药物，让乌丸莲耶的生命维持到了140岁，乌丸莲耶创造的犯罪组织进行的活动，引起了世界各国安全组织的注意，其中包含FBI，CIA，MI6，霓虹安室透部门等等。

乌丸莲耶在40年前，组织了黄昏别馆事件，世界召集的学者和医学专家在得知了本应死亡的乌丸莲耶还存活的事实，却没能完成乌丸莲耶所需药物的开发，于是乌丸莲耶在处理掉这批学者之后，选择假死脱身，隐退在世人视线之外。

除了乌丸集团之外，霓虹最有钱的势力三分天下，东京的铃木财团，京都的大冈家，横滨游离于主线之外的富泽财团。
在这三位巨头下面，白鸟家，羽田家也算比较有钱，属于二流家族。
大冈家的家主就是前霓虹首相，大冈家和羽田家的关系十分不错，和铃木家关系一般。
羽田家的家主羽田康晴，和日不落国MI6的一位特工赤井务武认识，赤井务武的媳妇叫世良玛丽，世良玛丽的妹妹和妹夫，叫做世良艾莲娜和宫野厚司。
宫野厚司夫妇二人，在霓虹开诊所，两口子是科学家和药物学家。

宫野厚司开诊所的时候，降谷零因为种族歧视问题，经常和人打架，被宫野明美带来宫野厚司这看病的时候，看上了宫野厚司的媳妇宫野艾莲娜，也就是世良艾莲娜。
可这个时候，假死脱身的乌丸莲耶看上了宫野厚司的研究，于是在20年前邀请这对夫妇加入乌丸集团，这对夫妇便带着大女儿宫野明美和未出生的宫野志保来到了乌丸集团上班，告别了降谷零。

接下来，17年前，羽田家主羽田康晴把他儿子羽田浩司送到鹰酱参加将棋比赛，在酒店的时候，与鹰酱资本家阿曼达见面，被黑衣组织的朗姆暗杀了，羽田浩司留下了组织boss的名称乌丸莲耶作为暗号。
黑田兵卫参加了这次调查，但是却被黑衣组织追杀，出了车祸，封号十年。
在这期间，阿曼达的保镖浅香逃走后17年一直下落不明，朗姆便一直追查这个人。
当时，羽田浩司的死亡一直未被破案，羽田康晴便委托MI6的朋友赤井务武去鹰酱调查这件事，然后赤井务武就被人暗杀失踪了。
赤井一家只好逃到霓虹避难，羽田康晴出于愧疚，收养了赤井务武的小儿子秀吉作为义子，并且让他代替羽田浩司成为羽田家的将棋手，大儿子赤井秀一则是为了找出老爸的下落，去了鹰酱留学，加入了佛波勒。

赤井务武的媳妇就是世良玛丽，由此赤井一家就和宫野厚司一家是亲戚，但是不知什么原因，宫野厚司和宫野艾莲娜被组织暗鲨，只留下了一大一小两个女儿。
大女儿宫野明美留在霓虹受组织培养，小女儿宫野志保智商超群，异常牛批，被组织送到了鹰酱去留学。

接着，黑衣组织的金发女干部，代号贝尔摩德，服下了组织研发的药物，实现了冻龄，并化名莎朗•温雅德当了鹰酱的电影明星，拜师霓虹的魔术师黑羽盗一学习了易容术和变声术，在学习期间，认识了同样来拜师的霓虹女演员藤峰有希子，两人成为了塑料姐妹花。
时间再回到20年前，贝姐易容成了佛波勒，干掉了佛波勒的斯特林探员，这也是斯特林探员的女儿茱蒂加入佛波勒为父寻仇的原因。

再来到17年前，藤峰有希子嫁给了霓虹著名的推理小说家工藤优作，两人生下一个儿子，叫做工藤新一。
有希子的同学毛利小五郎和妃英理，两人大学没毕业就结婚了，生了一个女儿叫做毛利兰。
小五郎大学毕业之后，来到了警校学习，认识了鬼冢教官，射击考核时20发子弹全中靶心，万里挑一的射击天才，实力等同于隔壁遇见哆啦A梦前的野比大雄。
警校毕业后，小五郎加入了搜查一课，毛利兰也在这时候与工藤新一在樱花班相识，开启青梅竹马剧情，从樱花班，到小学，国中，高中两个人都在一块。

然后时间来到十年前，秀一在鹰酱毕业，拿到了鹰酱的绿卡，打算三年后就加入佛波勒，这个时候，他回到霓虹，在海水浴场和家人们见面。
同时，被羽田家收养的秀吉已经成了一个将棋手，小女儿真纯也已经7岁了。
真纯对于自己的大哥十分感兴趣，用尽全力想逗笑他都没有成功，然后他们一家就遇到了有希子带队的新一和兰，7岁的新一用幼稚的推理，说秀一是个马戏团小丑，把秀一逗笑了。
以至于真纯后来觉得，新一是个能让她面瘫大哥笑出来的魔法师，但是新一却自称自己是福尔摩斯的弟子。

时间线继续，在搜查一课的小五郎，因为一起案件，不得不开枪击伤了被歹徒挟持的英理，英理晚上回家做饭，又被小五郎嫌弃难吃。
英理心里大喊mmp，于是一气之下和小五郎分居了，小五郎也因为开枪的原因辞去了工作，在米花町5丁目开了一家侦探事务所，叫做毛利侦探事务所。

7年前，秀一加入了佛波勒，和同事茱蒂处上了对象，之后又去黑衣组织卧底，代号黑麦威士忌，被空降的明美拿捏了，与茱蒂光速分手后无缝衔接明美，后来暴露了自己卧底身份，导致明美被组织鲨掉。
而当年经常拜访宫野家诊所的降谷零，为了寻找小时候的初恋宫野艾莲娜，和好友诸伏景光一起进了警校，成了小五郎的晚辈，听说了小五郎百发百中的传说，认识了松田意难平，萩原研二，伊达航。
再加上他自己，诸伏景光，这几个人称为警校五人组。
毕业之后，零和景光去了工安，然后同样去了黑衣组织卧底，代号波本，因为业务能力强，工作业绩好，很快就获得了组织信任，认识了贝姐。
再然后，景光卧底身份暴露，在同样卧底的秀一面前自鲨了，零就因为这件事，十分憎恨秀一。
之后，松田意难平和萩原研二加入了爆炸物处理班，双双殉职。
伊达航加入了搜查一课，和高木警官关系不错，出车祸嘎了。

一年前，有希子带着上高中的新一和兰去鹰酱看舞台戏，新一和兰认识了女明星莎朗•温雅德，知道了有希子和莎朗都会易容。
然后莎朗在易容成一个鲨人犯的时候，被兰遇到，莎朗刚准备干掉兰，却一脚踩空了掉下楼梯。
兰和新一一起救下了她，兰获得天使称号，获得“贝姐的偏爱”buff。
再后来，贝姐伪造了莎朗的葬礼，编了一个克里斯•温雅德的身份，并随口说了一句大家都知道的口头禅，被茱蒂发现了华点。
茱蒂调查之后，发现克里斯•温雅德就是她的杀父仇人，而且克里斯和莎朗是同一个人。
茱蒂便开始在佛波勒启动贝姐追捕计划。

时间线同步，今年工藤新一成为了霓虹有名的高中生侦探，被誉为“平成的福尔摩斯”，“日本警察的救世主”，协助警方破获了不少案件。
但是，一次和兰在游乐园玩的时候，新一目睹了一场组织的交易现场，偷窥了组织成员伏特加的交易，被另一位组织成员琴酒一棒干倒，因为当时附近有很多霓虹警察，琴酒没带消音器，不想开枪造成麻烦。
于是拿出了一颗组织最新开发的毒药，传说这药吃了之后，谁也查不出毛病来，是一个完美犯罪的好东西。
但是，新一吃了这药没死，变成小孩了，这段大家都知道了，不讲了。

这个药就是宫野家二女儿宫野志保研究出来的（在这里强调一下，宫野志保不是白马探的妹妹，和白马探没有任何关系），现在是黑衣组织首席炼药师，代号雪莉。
然后她就带着一群黑衣人，去新一家里调查，发现新一小时候的衣服没了，于是判断新一应该是变小了。
这个时候志保应该并不喜欢新一，而是想要优先获得实验体，于是把新一的信息改成了死亡。
然后这个时候，因为她的姐姐宫野明美，处了个反骨仔对象，被组织干掉了，于是她就直接摆烂，反抗组织，要组织给个说法。
组织不管她那事，直接关起来冷静冷静，志保没办法，只好把自己藏起来的A药吃了，但是她也没死，也变小了。
于是，她逃了，她知道工藤新一也变小了，只能拼命去寻找工藤新一。
于是，命运的齿轮开始转动。