首先介绍一下原创人物

宫本秀瑛：化名堂本千绘／伊藤秋郁。16岁，父母被组织暗杀，曾去组织做过卧底，身份暴露后被组织喂下APTX-4869身体缩小，化名为堂本千绘，被堂本中良医生收养。

堂本中良：天才医生，帝丹高中前校医。收养了千绘，后来被组织视为威胁而遭到追杀。

宫本秀川／宫本珍惠：宫本秀瑛父母，卧底到组织因保护自己人被组织所杀，组织公敌。

X：化名江端克难。组织高层人物，秀瑛进入组织的上司和老师，柯南的劲敌，心狠手辣，诡计多端，似乎有着什么不可告人的秘密。

立原真海：组织护士，与秀瑛是朋友。

堂本中平：堂本中良的弟弟，中文老师，诙谐幽默，正义感强，因一封中文信以及受中良牵连而被组织盯上。

其他人物：宫本婉子：秀瑛的姐姐，从小两人分离，再也没有见过。
宫本由香：宫本秀川的妹妹，秀川消失后也神秘失踪，没有证据表明被组织所害。
广末老师：X的老师，一位善良，可敬的老先生。
铃木淳：宫本夫妇，秀瑛进入组织的接头人，后来被组织所杀。
原创人物比较多，不好意思。。。

一 新同学
清晨，阳光和煦，帝丹小学里热闹非凡。“柯南！” 步美大喊着跑过来，“听说了吗？班里要来新同学了！” 柯南懒洋洋地眯着眼，用手戳了戳嘴上架起的铅笔，回复道，“哦。” 一旁的元太忍不住喊道，“喂，柯南，你怎么无动于衷？” 总之，同学们还是十分期待的，以至于当小林老师微笑着走进来时，几十双亮闪闪的眼睛齐刷刷望向门外。
班里突然安静下来，一个身材娇小的女孩子慢慢走进来。披肩短发，眉毛似弯月高高挑起，一双大眼睛忧伤中透着坚定。“大家好，我叫堂本千绘，很高兴认识你们。” 说罢便低头不语，若有所思。小林老师指着光彦身后的位子说，“那么堂本同学，你就去那个位置吧。” 光彦望着她高兴地笑起来。谁知柯南目光凝重，望着她想道，“怎么回事，为什么会有一种奇怪的感觉……” 忽见灰原斜眼看着他，嘴角上翘，赶忙又挠头笑起来已做掩饰。下课后，同学们围在千绘身旁，七嘴八舌好奇地问这问那。千绘倒也不拘谨，耐心又温柔地一一回应，终于她逮住空隙，“幸运” 逃出了人群。谁知撞见了侦探团，便无奈地闭了闭眼。“堂本同学！” 步美高兴地叫道，“很高兴认识你！” 不等回答，元太便急忙插嘴，“请让我介绍一下，我是小岛元太，这是圆谷光彦，这是吉田步美，江户川柯南，灰原哀。我们是闻名日本的少年侦探团！” 听完他介绍后，千绘眼睛一亮，又迟疑了一下。光彦说道，“是真的，千绘同学，有困难可以找我们帮忙，我们可是帮助警察解决过许多难题哦。” 千绘听完后只说了一句，“谢谢你们。” 柯南一直在暗中观察她。

二 古塔探秘
放学后，侦探团又热闹起来。“柯南，我们去米花郊区那座废弃的古塔里探险吧！” 柯南无奈地看着他们，嚷道，“什么啊，你们一天到晚就知道跑来跑去，竟让大人们操心！” 谁知迎来的是一张张祈求又埋怨的表情。“柯南还不是一样，每次有案件时都一个人偷偷调查，有时还装病不来上课。” 柯南刚要撇下他们走开，一听到便回头辩解，“我哪有？” 接着之后无奈摸了摸头，“真是服了你们，一定得听话啊！” 眨眼间他们到了古塔前，暗黄的天空下一座破败不堪的塔斜斜地矗立在地平线上，塔上乌鸦盘旋，像是在警告他们来到了不祥之地。柯南无奈地看着挤在一起瑟瑟发抖的小伙伴。“真是的，为什么你也来了？” 当他看到一旁安慰他们的千绘时生气地问道。“我担心他们不行吗？” 一丝不常见的挑衅微笑挂在她脸上。元太不满地望着柯南在一旁说风凉话还丝毫不害怕，吼道，“柯南，我以团长的身份命令你，前面带路！” 柯南习以为常，眯着眼无奈地推开眼前摇摇欲坠的木门。
　　走了一阵，柯南一直用手电筒仔细观察着，忽然他像是发现了什么，回头对步美他们小声说，“这里有些蹊跷。” 面对他们不解的眼神，他解释道，“这座塔常年无人打扫，到处都是蜘蛛网，可是走着走着，墙上的蜘蛛网突然消失不见了，墙上有火熏过的黑色焦痕，塔里又冷，说明有人曾进来过并点了火把。可他们来做什么？” 不远处的千绘突然证实了这一观点。“这儿有一根烧过的木头，还有沾满污水的脚印。” 她背对着众人，蹲在地上，“奇怪，地上有血迹，还有这一片长长的水印，好像是把人在地上拖拽过的痕迹。” “什么？” 侦探团听后，大惊失色。步美急得哭了起来，“那我们该怎么办？” 柯南说，“总之，先出去报警再说。” 这时，他们头顶上响起敲打锁链的声音，以及一丝隐隐约约的笑声。
　　众人呆住，不知所措。而千绘却异常镇定，她忽然低声说到，“快去报警！” 然后疯了一般向前冲去。“喂！你要干什么？” 灰原喊道，随后对柯南说，“我带孩子们去报警，你快追上去。” 柯南会意点了一下头，随后也追上去。
　　千绘虽在跑，脚步却出奇安静，这让柯南对她的怀疑又加深了几分。终于，他一把拉住千绘，对她说，“你疯了吗，为什么单独行动？” 谁知她只严肃地嘘了一声，指了指前方隐蔽的一扇门。门后，响声越发激烈。传出一阵放肆的大笑声。“哈哈哈，谁能知道我们在这儿呢，这下你就敲吧，没人会来救你的！” 忽的，两人回头一看，两个彪形大汉出现在身后，用枪指着灰原一行人。“柯南！” 步美含着眼泪喊道。
　　一扎着小马尾的男人狞笑着说，“小兔崽子们，捉迷藏游戏结束了！” 下一秒钟，他们分别被捆起来送进了门。
　　门内一黑衣女人正拿鞭子狠狠打着一个戴着手铐奄奄一息的男人，见到柯南他们便停了手，不怀好意地说，“啊呀，真想不到我们这儿来了客人，该怎么款待一下呢？” 女人身后，是一栋带着铁栏杆的窗口，外面透着夜晚让人窒息的黑暗，几颗星星孤单地闪烁。
　　女人恶狠狠地说，“这个该死的男人买了高利贷，如今却说没钱还债，不教训教训他怎么便宜了他！谁知中途竟出现这几个小鬼！不过只要你们消失了就不会坏我的好事了。” 说罢掏出了手枪。孩子们听后吓得挤作一团。女人命一伤疤男抓起步美，“小姑娘，就从你开始吧。”
　　“可恶，双手被绑，用不了足球和麻醉针。” 柯南咬了咬牙。这时，他惊讶地看到千绘从袖子里偷偷拿出小刀割断了自己的绳子，又帮他也割断了绳子。柯南看到她对自己点了点头，便悄悄打开了鞋上的旋钮，一脚踢向身边的易拉罐，“看招！” 女人来不及躲闪应声倒下，一旁几个随从看傻了眼，步美哭着跑向大家。
　　谁知一旁的马尾男抓住千绘蒙上了她的眼睛，并拿枪指着她，“都别动！” 这下众人真的不知所措。
　　“扑通，扑通” 千绘心跳得厉害，也头痛得厉害，一些不好的回忆涌上心头。她把头扭向一边，茫然。突然，她扭住男人的手腕，疼得他嗷嗷直叫。细小的窗外，有烟花突然放起，瞬间把屋内照的犹如白昼，大家闭上了眼。
　　千绘感觉眼前透明的布被照亮，她看到了身前害人的马尾男，悲伤与愤怒一齐涌上心头，她举起从男人手中夺下的枪扣动扳机……周围忽的安静了。
　　子弹落在男人的脚边，千绘解开眼前紧勒的布，笑着对他说，“吓吓你罢了。” 一旁，小哀早已报了警。不久后，被虐待的男人获救，几个肇事者均受到应有的惩罚，少年侦探团又一次立下大功。

三 组织现身！陷入误会
记完笔录后，步美，元太，光彦回了家，家长们都急坏了。长长的街道上，柯南，灰原，千绘一起走着，三人均不语。最后，柯南打破了寂静。“千绘，今天谢谢你。对了，你家在哪？” 千绘眼睛看向前方。“我是个孤儿，堂本中良医生收留了我。” 堂本中良？柯南想起来了，就是那个闻名于众百姓的善良医生，曾做过帝丹高中的前校医，但自己总觉得他怪怪的。又是一阵寂静，柯南还是开了口。“堂本千绘，告诉我你到底是谁？为什么，你有那么多不合常理的表现，还有你会在那时给我，一个小孩子解开绳子。” 她仅仅犹豫了一下，便说，“抱歉处于一些原因隐瞒了你，我的真名叫宫本秀瑛，今年16岁，我被黑衣组织下药后变成了小孩。我也知道你们，工藤新一和宫野志保。不过你们放心，我和组织没有任何关系，并且我可以告诉你们关于我所知道的组织的一些事情。” 一旁的二人半信半疑地张大了嘴。
　　因为上次古塔一事，元太三人对千绘崇拜有加，于是硬是邀请她加入了少年侦探团。一日，博士家里。柯南回想着之前与堂本千绘的谈话，陷入沉思。“我的父亲是警察，母亲是医生，他们被组织杀死了。与爸爸关系较好的警察同志告诉了我一些事。” “组织里有两大部门，一方面是杀死我父母的以琴酒为代表的一行人，负责掌管组织的大部分主要事物；另一部门则是以代号为X的神秘人为代表的团体，负责追查与惩处。此部门不以酒名为代号，他们的首领X心狠手辣，行动无常，也是警方的重点调查对象。”
　　柯南曾问过灰原，被证实确有此事，只是灰原并没有和X接触过，也没有见过他们。但这仍减少不了二人对她的怀疑。为什么？明明这么隐蔽的事情工作多年的老警察却像唠家常一样说给一个小孩子听，不可理喻。二人对她时时提防，也十分冷淡，只能背着她偷偷讨论对策。
　　熙熙攘攘的大街上，柯南一行人有说有笑地走着。柯南身旁经过一个高大的男人，宽大的连衣帽几乎盖住了整张脸。灰原忽然抓紧了柯南的手臂，惶恐地拉紧了帽子说，“有组织的气息……” 柯南警觉地回头看，但黑衣人已无影无踪。令他奇怪的是，千绘似乎更加害怕……
　　阴影中，一辆汽车启动着。黑衣人打开车门进去，摘下帽子，点燃了一支烟。火光照亮了他宽大却又略显憔悴的脸，以及闪着寒光的眼睛。“X大人，情况怎么样？” 驾驶座上的随从毕恭毕敬地问道。“哼，跟踪了他们一段路程，被一个小鬼发现了……那件事，今晚就得动手。” “那，您怎么知道埋伏他们的位置？” X把烟摁灭，狞笑了一声，“我自有办法，晚上去那个医生家里。”
　　医生今晚留下加班，只有千绘一人在家。由于之前不可告人的秘密，千绘十分害怕孤身一人。夜深了，她躺在床上怎么也睡不着，忽然间，她猛地直起身，因为她看到墙上本不应该存在的高大身影。为什么……他会在这里？X一把捂住她的嘴，做了一个禁声的手势，“乖孩子，别动我就不会杀了你，不过可能会有点疼。” 说罢便把一针管液体注入她的体内，一阵熟悉的头痛恶心感涌上了，“不要！” 视线渐渐模糊了，仿佛天旋地转，连自己也不认识了。
　　“你们交易的地点在哪里？” X拧住她的脖子问。“在……米花仓……402号。” “谢谢……” 男人亲了她一下，满意地狞笑着离开了。可怜的千绘松了口气。原来不知为何，X的药没有起作用，她的思想没有被药水控制，于是对他说了警方明日埋伏的地点。
　　公安早已猜到X的行动，便提前与柯南商定好了最好最安全的埋伏地点，千绘偷偷地听到。
　　“这下你们没有理由不让我去了吧！” 千绘把昨晚发生的一切告诉柯南，得意洋洋地问道。柯南和博士对视一眼，千绘又说道，“你我都是组织的眼中钉，为什么不在关键时刻合作呢？换句话说，我应该比你们更有精验，更了解他们的弱点。” 柯南听后快速撇了她一眼，她意识到自己说多了，赶忙闭了嘴。“果然，她还有事瞒着我们，” 柯南想，不过他还是说，“好，我们一起去。” 千绘长舒了口气。
　　夜深了，X双手抱胸，看了看表。“大人，您真要自己去？” “你们在这里埋伏，如果我发了信号就来接应，我还是觉得那小孩话里有鬼。” 于是X只身一人前去。殊不知米花仓已被精锐的警方布下天罗地网……

X用望远镜观察，发现四周静悄悄，不禁起了疑心。他继续向前，环顾了一周，才慢慢推开虚掩的门。“吱呀”，门开了。里面仍空无一人。X将枪拔出，忽得看到了柯南。是他！他想起之前在街上跟踪的侦探团。“小朋友？” 他迟疑了一下，他并不想杀了这个小孩，但当他看到柯南猛地跑向对面，跑向那群早已恭候多时用枪指着他的警察时，他真的确信自己上了当。
　　“可恶。” 他别无他法，只能顺着楼梯向上跑，他似乎对自己能逃脱表现出十足的自信。突然他停住了，因为自己前面，千绘正一脸怒气，拿刀对着他。“不好意思，先生，昨天的药没有起作用，现在你已经被我们包围了。” X哼的冷笑一声，没有采取任何行动。眼看着警方慢慢逼近，突然，一名警员拔枪指着另一警员喝道，“别动！” 柯南一行人大惊，竟然有奸细！一旁的X也睁大了眼，似乎没有料到有这样的反转。这样，形势危急，两方对峙。X被千绘挟持，警员被卧底挟持。
　　柯南对千绘喊，“抓住他，别让他逃走。” 哪知千绘与在古塔中时判若两人，手颤抖着，竟半天动不了。她对着卧底喊，“我不伤害他，你也放了那位警察。” 警员大叫，“开什么玩笑，抓住他，别管我！” 然而千绘竟拉着他跑起来，“前面有暗道，快点离开，还有，不要伤害警察先生。” X似笑非笑疑惑地看着她，“孩子……？”接着头也不回地跑了。他问卧底，“你是谁派来的？” “上头知道你会一意孤行，就让我来个照应！”
　　千绘一个人低着头，面如死灰。不懂事的热血年轻警员对她挥着拳头，“小鬼，你坏了我们的好事。” 回去的路上，柯南默默说道，“你果然骗了所有人！看来一直以来我们的顾虑是对的，你到底隐瞒了我们什么？” 千绘一人垂下泪来，“不，我没有做错什么，今天没有一个人因此牺牲，你们不懂……” 话没说完，她跑着离开了。
　　回家后，柯南把情况与博士讨论，并注意他不要让灰原听到。博士担忧地说，“真不明白她为什么这么做，不过她似乎有难言之隐，还是再看看情况吧，不过千万不能让无辜人因为她陷入不必要的危机。”

四 误会解除，身份揭晓
第二天放学时，柯南发现FBI调查员詹姆斯.布莱克的车停在了楼下，便与同伴招呼了一声离开了。敲了敲窗户，詹姆斯意识他上车，他一直在等他。
　　“说实在的，昨晚的情况我们已经了解了，听说你们联合捉了黑衣组织的X？” “是啊，不过出了一些意外,我们失败了。” 停了一会儿，柯南继续说，“不过我还是有一些疑问，为什么X这样多疑的人遇到这种情况却仍孤身前去？他带枪面对千绘这样的小孩子时明明可以拿她做人质，可他没有；逃走的时候也是，他本可以让卧底杀了挟持的警员……”
　　詹姆斯低头沉思了一会儿，也没理出头绪来，最后只能笑着说，“先不谈这个了，对了，说起X，我倒想起一个和他有关的人。”
　　虽然是在车里，他仍压低了声音，“公安曾不知怎么想的，把一个13岁的姑娘派到组织做卧底，她先在组织科研部实验室工作了一段时间，就被送到了X身边做亲信。X生性多疑，却十分信任她，也给了她许多情报。不得不说，她年纪虽小，但卧底地很成功。可只因为后来我们派秀一试探她，接近她，秀一暴露了，她也随之被怀疑，最终暴露了身份。” 他的眼睛出了薄雾，便擦了擦眼镜。“才十几岁的孩子，我们FBI对不起她，如今她恐怕也已凶多吉少。如果还能见到她……” 柯南听后急忙问，“那她的名字是什么？” “我无法忘记，叫宫本秀瑛……” 一瞬间，柯南感到眼前一黑，像是明白了所有疑问……
　　柯南回去约了千绘出来，两人一前一后地走着，柯南突然说，“那个，之前的事是我不对，请你原谅！” 前面的千绘停住了脚步，“你都知道了？” 柯南点了点头，“不过还是有些不理解，所以具体情况能否请你再详细告诉我？” 千绘忽得忧伤地说，“有些话还是不说比较好，我先给你讲个故事吧。”