但继任的第二代教宗优柔寡断，软弱无能，在铁甲纪九十年的时候，教宗被世俗王鲍德温二世所架空，其他地方派系也各怀鬼胎。

铁甲纪一百年，罗斯大公国在鲍德温家族的帮助下推翻了蒙古的统治，并成为第八个加入十字军帝国的国家。

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在铁甲纪一零二年开始的随后四十年中，第二代教宗成为了世俗王和各大派系之间权力争夺的玩物，跟日本幕府时期的天皇有点相似。直到铁甲纪一四零年，十字军帝国有英雄觉醒，有着纵横术、引导力以及极其长寿的能力。他对内利用纵横之术收服各大派系，对外利用自己摄政王的身份发起对罗马的进攻，成功收复圣域。铁甲纪一四七年的时候，他废掉了第二代教宗，自己则加冕为第三代教宗，被称为“长寿的”第三代教宗。

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为了防止世俗王乱政的情况，第三代教宗剥夺了世俗王的政治权力，自此开始圣国大权皆由教宗所掌控，世俗王则与大元帅一职进行合并，由鲍德温家族世袭，并且仅能在教宗同意的情况下，进行圣国境内的军事行动，繁重的军事行动使耗尽了鲍德温家族的精力，使其无暇夺回权力。

铁甲纪一五九年，第三代教宗亲征罗马帝国，夺取了巴克斯行省，改名为奥耶利哥，作为教宗的驻地，而世俗王则驻守圣域。

铁甲纪一六九年，教宗又帮助了马扎尔人（历史上的匈牙利人）统一了摩多海姆，建立了隶属于十字军帝国的十箭营国。

这两个地方都加入了十字军帝国，使十字军帝国的国家数量高达十个，拥兵近百万。此时十字军帝国达到顶峰。

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教宗所拥有的长寿能力是他最强大的武器，即便在他八十五岁的时候，他的身体也如同三十岁一样有力，第三代教宗一度认为所有人敌人都会在与自己的时间对决中失败。这种强大的能力也使教宗异常自负。

在铁甲纪二零九年的时候，伊凡雷帝觉醒，并领导罗斯大公国从十字军帝国管治下独立，第三代教宗派数十万军队进攻罗斯大公国，但意外战败。伊凡雷帝趁机将罗斯大公国改名为“维克多罗斯”，意为百战百胜的罗斯帝国。

随后第三代教宗又设立了“僧侣骑士团”专门负责征战维克多罗斯，但互有胜负，直到铁甲纪二一四年，南部的罗马——特洛伊联统王国加入了维克多罗斯的阵营，十字军帝国无力抵抗，只能停战。

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而后第三代教宗将怒火发泄在隔壁的罗马帝国身上，在铁甲纪二一六年的时候大举入侵罗马，此时罗马帝国正值大内战前夕的第十一代罗马皇帝所管治，国力十分虚弱，也无力抵抗十字军帝国的入侵，最终十字军帝国占领了泰拉行省，并改名为“安提克斯”。