西暦２１００年。
宇宙に进出した人类は、月面に都市を建设し、更なる外宇宙进出を计画していました。人类の「もっと広い世界へ」という欲望はとどまるところがないように见えました。
―「それ」が现われるまでは。

天箕博士は彼の研究チームと共に原子冲突実験を行っていました。その最中、突如実験装置から放たれた二つの光が、见学をしていた博士の娘クラウ（１２歳）にぶつかり、彼女の体を分解してしまいます。惊く天箕博士でしたが、光は人间の姿をかたちづくりクラウは苏ります。

博士は実験を中断し、娘クラウの无事を确かめようとしました。クラウは幼い娘の姿、声のままで「私はリナクス」と言います。リナクスに対し娘を返してくれと言う博士ですが、クラウに宿ったリナクスはその方法がわからないと言います。 
 
 
 
「それにこの体には、もうひとつのリナクスがいる。私はそれを、守らなければならない」
もうひとつのリナクス。そのことをリナクスは「対」と呼びました。

――それから10年後、クラウはエージェントとして日々を送っていました。そんなある日、クラウの中から一人の少女「クリスマス」が现れます。
・・・リナクスをめぐるドラマが今、幕を开けます。 
 
 
2100年,人类建立起了比较完善的社会系统,在此基础上,人类开始了向外宇宙进发的计划.正在这种扩张欲望开始无限膨胀时,没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了,这是一种希望拥有更广阔空间的物质,它一旦"溢"出,不把整个空间填满不会停止侵袭,而且它会将所有遇到的物质转化为原子,如果RYNAX"溢"出人类世界,后果将不堪设想

天箕博士是一位量子物理学家,他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时,突然有两束光芒从试验装置中射出,并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ(12岁).女孩的身体被当场分解,而后又在光芒中重新恢复成人形.博士赶忙停止试验确认女儿的安危,但眼前的クラウ却说出了"我名叫RYNAX"

故事会从试验事故10年后开始,博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者,但22岁那天,クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为"对"的女孩,还保持着クラウ12岁的形态.更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣,想方设法劫持她.

故事设定本身涉及了很多微观世界的理论,估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题.