从色滨返回敦贺后,芭蕉又在敦贺盘桓两日,8月19日启程南下进入近江。由于这最后一段路程未有其它详确记载,所以具体行程有些模糊。可以确定的是他与陪同的僧人露通(应为路通)沿连接琵琶湖北岸盐津贺敦贺港的旧盐津海道离开敦贺进入野坂山地,向东南翻越权现峠进入近江盆地,到达了近江东北部、琵琶湖东北岸的木之本宿,然后沿湖东岸南下至长滨,折向东经春照宿,翻越伊吹、铃鹿山地之间的关原进入美浓,最后抵达浓尾平原西北部的大垣,结束了约5个月的奥羽、北陆之行。根据路通的记载,两人最迟于8月21日抵达大垣,所以一般认为他们分别于19日和20日夜宿木之本和春照两宿,两地都是连接中山道和北陆道之北国胁街道上的重要宿场。这一路的名胜古迹颇多,比如长滨城、小谷城、长滨御坊、向源寺、舍那院、上坂神社和贱岳、姉川、关原三大古战场,不过芭蕉并未在文中提及,大约是一路走来十分疲累,行程末期已无太多余力踏访古迹了。在大垣,芭蕉主要是在休息,间或也与当地俳坛有所往还。9月3日,腹痛已愈的曾良从伊势赶来与芭蕉会合,6日已经基本恢复的芭蕉和曾良启程南下前往参拜伊势神宫。
露通も此みなとまで出むかひて,みのゝ国へと伴ふ。駒にたすけられて大垣の庄に入ば,曽良も伊勢より来り合,越人も馬をとばせて,如行が家に入集る。前川子・荊口父子,其外したしき人々日夜とぶらひて,蘇生のものにあふがごとく,且悦び且いたはる。旅の物うさもいまだやまざるに,長月六日になれば,伊勢の遷宮おがまんと,又舟にのりて,
蛤の ふたみにわかれ 行秋ぞ(文蛤正熟食 壳肉二见须别离 行路秋将去)