身体恢复的九十九丸准备开始去各地的灵场刻印可以压制常夜之神的经文，临走之前与香夜互许终身，并将自己贴身不离的爱剑取名香夜。
之后，两人一直飞鸽传信，香夜等他春天回来，然后一起赏花。

剑·奇魂·结局
在跟斩铁的比赛中，身受重伤的九十九丸来到三途河边见到了常夜之神的自己。本来九十九丸并不打算接受这份力量，然而常夜之神告诉他，如果他不接受，他将在这里死去，而他也将成为香夜的过去。无法忍受香夜属于别的男人，九十九丸握住了常夜之神的手。
再次醒来，他发现柳生三严正在维护他跟斩铁争执，九十九丸拒绝了柳生要给他找大夫的想法，再次与斩铁展开战斗，并一剑斩下斩铁的头颅。然而，尽管九十九丸获得了比赛的胜利，却没有得到天下第一剑的名称和天下五剑的授予。
回到香夜家的九十九丸养好伤之后就开始帮忙干活，然而却被过来的客人排斥了。最后，九十九丸决定要离开这里，却不是为了找灵场封印常夜之神，而是去寻找可以使用常夜之神力量的方法。但是他承诺，等他成为天下第一的武士的时候，还会再次回来迎娶她。
到此九十九丸全部结束，累死我了，滚去睡觉ㄟ( ▔, ▔ )ㄏ

黑羽实彰线·前篇
具体内容可以参照以前，由于攻略的人物不同，所以香夜身边的护卫有所不同，但是并不影响大致剧情。
这是柳生和半藏下落不明时，香夜趁出发前去神社祈福的时候。

黑羽本来就是去扫墓的，顺路给香夜当护卫，扫墓的时候被香夜偷偷看见了。

后篇·第一话
香夜代替父亲去与兵卫处拿菜，路上碰见妖怪，四处逃命的时候，发现了黑羽实彰隐居的小屋。正好，柳生宗矩前来招募黑羽为幕府效力。然而黑羽却一再拒绝，并想把手中的大典太交还给宗矩，意见不合的两人经过一番比试，却因为宗矩腰疼而终止了。
香夜跑出来帮助宗矩，进了屋子以后，宗矩依然没有放弃游说黑羽，然而黑羽认为德川的敌人并不只有妖怪，他已经不想再杀人了。宗矩就把问题抛给了香夜，虽然得知黑羽曾经三次得过天下第一刀，但是她也不希望黑羽杀人，哪怕是穷凶极恶的大罪人。黑羽无意多说，就顺势让宗矩送香夜回家了。
之后，德川收到消息，朝仓带着鼓和长七郎密逃，派伊贺前去阻止。

后篇·第二话
大典太作为天下五剑之一，有着守护江户的重要责任，然而大典太择黑羽为主，黑羽又不愿意伤人性命，权衡之下，黑羽决定参加御前比武，找一个比自己更为强大的人作为大典太的主人，守护江户百姓。
另一方面，大家都去看御前比武，店里清闲下来，香夜就去道场和阿松练武。这时，突然闯进两个不怀好意的浪人前来踢馆。香夜的师父拒绝和他们比武，他们就以香夜为人质，强行与师父比武，并且无耻的两人同时围攻师父。最后，师父不敌两人联手，败下阵来，香夜和阿松虽心有不甘，但却无计可施。
香夜就想起隐居山林的黑羽，路上，碰见在御前比武中败给萤，前来找黑羽比试的九十九丸，两人就结伴到了黑羽的小屋。
香夜提出自己的请求，希望黑羽出手，却被黑羽拒绝了。黑羽尽管知道两个浪人卑鄙无耻，但是既然香夜的师父放弃了道场，他也不打算出手。听到这里，九十九丸怒火中烧，怒斥黑羽，明知香夜有难，为什么不肯相助，作为武士，本就应该行侠仗义，救人于水火之中，没想到黑羽竟然袖手旁观，弃之不顾。九十九丸拔刀与黑羽展开了激烈的斗争，却不幸败于黑羽手下，黑羽也幡然醒悟，决定出面帮助香夜驱逐浪人，只是，希望两人能够对其他人保守他的住处。
黑羽跟随香夜来到道场，成功赶走了浪人，但是，阿松在听到黑羽的名字时，表情却有点奇怪。回去的路上，黑羽心中感到很满足，不禁想起自己一开始对剑道的追求，又想起小时候遭受的虐待，正在发呆时，却被剑灵打断了。
由于没有CG，就放阿松和柳生宗矩。阿松是黑羽线的重要配角，与导致黑羽弃剑的过去有关。

好像有CG，这是取回道场之后。不要打我。。。以前走过一遍，我真的有点迷糊了

后篇·第六话
香夜的父亲告诉香夜，之前与兵卫给自己介绍了一名叫文乃女子续弦，相处了一段时间之后，觉得对方不错，便问问香夜的意思。香夜记起文乃就是阿松的叔母，但是父亲的再婚，来的太突然，她仍需要几天来缓冲思考一下。
自从这之后，香夜去黑羽处去的更勤了，跟着黑羽一起学习西班语的书。慢慢的睡着了，一直到了黑天才醒过来。黑羽问她是要回家还是先住下来，香夜怕父亲担心就打算回去，黑羽正打算送她回去并一起向父亲请罪，这时，一直被放在一边的大典太忽然放出异光，剑灵十分难受，黑羽就带着香夜跟着大典太的指引，来到一处诡异的山洞。

君·幸魂·结局
黑羽带着香夜来到了教会，把自己的孙六兼元和大典太都交给司祭保管。在教会中，向众神发誓，将会用自己的一切来爱香夜，让她幸福。

第一话中，香夜被妖怪一路追赶，误入黑羽家，黑羽正在做祷告。然而我也不知道为啥第二遍跑的时候才出来CG，现在补上也一样