三神柱与原子弹是一个关于永远的神奇宝贝与长崎原爆有关的都市传说。
一些玩家和同好认为第三世代中的永远的神奇宝贝所处的地点的原型位于日本在第二次世界大战中遭遇空袭和原子弹的地点，所以猜测三只神奇宝贝设计初衷是反对战争。
传说由来由于丰缘地方的原型为九州岛，因此可将每个地点与现实世界九州岛的地点对应，部分玩家认为，布告石室位于以长崎（原爆点）为原型的凯那市附近，而三个永远的神奇宝贝的所在地附近的城市分别对应宫崎市、大分市、佐世保市（皆为遭受盟军轰炸的地点），因此认定其与原子弹爆炸有一定的关联。
在布告石室的盲文说明中存在“这一切都归功于神奇宝贝。”、“不过，我们把那只神奇宝贝封印起来。”、“因为它实在太可怕了。”等描述，因此被认为是代表不扩散核武器条约。
而布告石室使用盲文的设定被认为是用来代表核武器爆炸的闪光会使人致盲。
同时，一些同好发现永远的神奇宝贝在89级时会学会破坏死光，巧合的是1945年8月9日是长崎原爆的日期。
而在第四世代加入的雷吉奇卡斯所在的切锋神殿则对应北海道的稚内市，而稚内市拥有大量的战后死难者慰灵碑，因此同好对这个都市传说深信不疑。