除了反腐败，朱元璋要做的事还很多，其中就有一件很特殊的任务：协调好开国功臣们之间的关系。
一般来说，会打仗的人，不一定会做好官；反之亦然。建立国家之后，论功行赏。而最大的赏赐就是官位。立下最大功劳的肯定是武将群体，但是又不能让这些武将们来治理国家，必须使用文官。结果就是：功劳大的人不一定能掌握实权，掌握实权的人在战争时期可能只是一个小官小吏。这里面就会产生非常错综复杂的关系，必须要靠皇帝来协调。

朱元璋起家主要依靠两个方面的 人才班底，一是淮右军事集团，一是浙东士人集团。淮右地区就是淮河中下游的那么一块地方，主要是在今天的安徽省淮南市附近，朱元璋也是淮右地区出身，所以后来喜欢自称“淮右布衣”。那地方的特点就是穷，不识字敢拼命的英雄好汉比较多，跟朱元璋一起打天下的武将大部分都是从这个地方来的；而浙江一带商业发达，出文人比较多，等朱元璋发展到一定阶段以后，很多文人谋士来投奔他，也形成了一股势力。

李善长既然用不正当的手法赶走了刘伯温，浙东集团当然要反击。搞情报的杨宪显然是最佳炮手。在刘伯温的幕后操纵下，杨宪搞了很多李善长的黑材料，通过各种渠道向朱元璋反应。
朱元璋本来非常信任李善长，把他列为开国第一功臣，时常把他比作萧何——帮助汉高祖刘邦建立汉朝的第一功臣。但经不住杨宪各方面的小报告，加上对李善长逼走刘伯温一事不太满意，就任命杨宪为副丞相，制衡一下李善长的权力。
可惜的是，杨宪毕竟是搞情报工作出身的，让他负责整人、监督、举报很合适，真的做行政决策就不行了。当了副丞相以后立马变得专横跋扈起来，利用手里面的权力处处与李善长为难，打击淮右集团势力，提拔重用亲信。让朱元璋非常不满。
在这期间，李善长故意放任杨宪在背后拆自己的台，默不作声。让他放松警惕，犯了几个很要命的错误，然后抓住证据狠狠的告了一状。朱元璋大怒，直接就把杨宪给杀了。

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胡惟庸非常能干，当上宰相以后，把各项政务处理的井井有条，而且还非常善于协调淮右集团和浙东集团的矛盾，把两边都安抚的很好。
但另一方面，胡惟庸也并非安分守己之辈。他利用宰相高位，独揽政务。臣下的奏章，他先行拆阅，对他不利的，就隐匿不报。官员的生杀升黜，他也常常不经奏报而独断专行。一些趋炎附势之徒“争走其门，馈遗金帛、名马、玩好，不可胜数”。
简单来说，胡惟庸就是一个有很才能的贪官。这一类官员在中国历史上层出不穷

一时间朝野上下，议论纷纷。胡惟庸和刘伯温长期不和这是众所周知的事情。传来传去，就传出来一种谣言，说是胡惟庸给刘伯温下毒把他毒死的；还有一种说法更是把朱元璋也拖下水了，说是朱元璋派胡惟庸去下的毒。
实际上这事儿吧，纯粹是胡惟庸运气不好。因为古代根本就没有吃下去之后，当时不知道，过了几个月才毒发身亡的毒药。这种东西只存在于武侠小说里面。有一些慢性毒药，必须每天摄入一定的量，连续吃上很久，然后才能过一段时间再致命。胡惟庸就去看望了刘伯温一回，要是下毒，不管是偷偷的下，还是御赐什么食物让他吃，肯定是吃完就丧命，不可能过了好几个月才死 。
民间当然不会管这些科学问题，谣言越传越厉害。连朱元璋都半信半疑了。就去问副丞相汪广洋知不知道这个事？

汪广洋对此毫无察觉，似乎想一混到底。朱元璋问起这个事情，他倒是回答的很干脆：没有这回事。
这个谣言当时已经传的很厉害了。既然朱元璋都亲自查问了，汪广洋你好歹认真分析调查一番再说。这样直接就给挡回去，意思很明显：害怕得罪胡惟庸。
朱元璋收到汪广洋的回复之后，勃然大怒，新帐老账一起算，当即就下旨说他拿着朝廷的工资不干事，严重失职。革职流放。在流放的路上，又连续下旨责备，还把革命战争时期的一些老账都拿出来说事。汪广洋走到一半，看到这些圣旨，就自己服毒自杀了。

由于毒杀刘伯温的传言，确实找不到什么根据，所以胡惟庸表面上仍然安然无恙。但朱元璋对他猜忌已经很深了。洪武十三年，又发生了占城国来朝贡的使者到了南京，竟然没有人管，也没有人报告朱元璋这种事。估计是胡惟庸太忙了，也可能是他手下的人平时骄横惯了，这种小国的使者贿赂没有到位，就懒得管他。
这个使团找不到地方住，就带着大队人马，在大街上转悠，结果宫内的太监出来买菜——朱元璋一直很关心市场物价，经常要太监给他报告菜价——给看见了。回去报告了朱元璋，
朱元璋很生气，因为占城这个地方很重要：在今天的越南南部。当时越南北部的安南经常作乱，占城国可以起到牵制安南的作用。人家的使者跑来进贡竟然没人管这算怎么回事？于是下旨追问，

但朱元璋只回答了他五个字：杀人者偿命。
这种情况下，胡惟庸唯一可行的做法就是找一个家丁来认罪抵命。但他自己被追究责任免职几乎也是免不了的。
过完了春节，第二天一上班，御史中丞涂节就上书，告发胡惟庸谋反！

（接下来是讲胡惟庸谋反的事）
这下问题就大了。如果只是放纵家丁杀人，充其量就是免官。而谋反则是灭族的重罪。
有人认为，这是涂节的一种政治投机。因为胡惟庸被拿下已经是铁板钉钉的了，他来个落井下石，揭发有功，就可能接替胡惟庸的位置。
这个推理并不合理，根据涂节告发的内容，胡惟庸的谋反他自己也参与了。对于谋反重罪，没有马上告发，一定会受到诛连。也就是说，只要涂节告发的事情是真的，他就绝不可能升官，只不过是处罚轻重的问题，最轻也是坐牢，重的就是杀头甚至灭族；如果他的告发是假的，诬告宰相谋反这种罪名更会让他吃不了兜着走。
胡惟庸的其它违法行为可谓一抓一大把，随便弹劾他一点贪污腐败、任用私人、欺君瞒上之类的事情，证据充足内容丰富，效果又好还安全，为什么偏要伪造一个把自己搞进去的谋反案出来呢？

杀掉胡惟庸的第二天，朱元璋就宣布废除中书省，不再设丞相职位，由六部直接向皇帝报告。
有人推测，朱元璋为了废除丞相，所以才炮制了胡惟庸谋反案。前面我们已经说过，他并没有必要这种做。更合乎常理的推测是：胡惟庸独断专权和长期向他隐瞒各种重大事务的情况被揭露出来以后，让朱元璋看到了丞相制度的弊端：由一个人来统领百官，极易造成皇帝的信息渠道被堵塞，
废除丞相之事，朱元璋应该已经考虑过很久，直到胡惟庸事发，才最终下定了决心。

第一，是放弃所有的利益，不收钱、不追求任何特权、子女亲戚也不能跟着沾光，领着朝廷的死工资，累死累活的做事。
第二种是不当宰相了，像李善长一样称病退休。
这两个选择利益牺牲极大，胡惟庸当然舍不得。就算舍得，因为之前已经有案底了，也不能保证朱元璋不会算老账。退下来或者不收钱之后，利益格局发生变化，他被人告发的可能反而更大。
这样看来，如果胡惟庸不想坐以待毙、那么就只有一条路可走，那就是谋反。

除此以外，胡惟庸有理由相信自己可以得到军方的支持。他当丞相本身就是李善长推荐的，后来还跟李善长的弟弟结成了儿女亲家。他不停的通过李善长的弟弟去说服李善长与他结盟，共同反对朱元璋。
李善长坚决拒绝了——因为他认为这一定会失败。但他没有告发胡惟庸，一方面他可能认为只要自己没有实际参与，就算胡惟庸案发，他作为第一功臣，也不会受到诛连，所以没有必要告发；另一方面，也说明他对朱元璋当了皇帝之后的很多做法是不以为然的。
胡惟庸当然不会轻易放弃，而是用更大的利益来诱惑李善长，承诺事成之后，封他为淮南王。李善长似乎对此很心动，不过仍然拒绝。但他的态度逐渐发生了转变，最后说了一句：“我老了，等我死后，你们自己看着办吧（汝等自为之）。”这句话的意思其实很明白了：他不会参与谋反，但如果胡惟庸谋反成功，军方将保持中立。

朱元璋是一个很有系统性思维的领袖，喜欢从制度上来解决问题。郭恒贪污案之后，他就下令，以后财务记账必须用大写的“壹贰叁肆伍陆柒捌玖拾”来记录，而不再使用“一二三四五六七八九十”，以避免账目很容易被涂改。这个改革至今还在影响我们的生活。杀掉胡惟庸之后，他也很快就决定废除沿用了上千年的丞相制度。
随着胡惟庸案的深入，朱元璋进一步发现：废除丞相还是不够。胡惟庸案不是宰相专权这么简单的问题，而是整个文官集团的问题。所以，很有必要在整个官僚体系之外，另外建立一套独立的监察系统。