最开始的画面是一个人从山上往山下跑，跑到山底的海边的时候发现了一艘船，带着手电筒进入船舱内发现了一颗炸弹。
之后转移镜头，柯南那熟悉的开场白：真実はいつも一つ。
影片开始，柯南，少年侦探团，毛利小五郎，兰，园子一起排队等待进入战舰参观。。。兰拿的39号。。。好吧，这里没有哀。。此时柯南接到了阿笠博士的电话（值得一提的是柯南的手表升级了，可以用手表打电话，还有USB借口，可以发照片。） 柯南对少年侦探团还有兰说去一下厕所，然后就跑去跟阿笠博士打电话，问阿笠博士打电话有什么事情，阿笠博士说没事，只是测试一下新手表的性能- -。 好吧，接着就开始了阿笠博士的冷谜语。。谜语是什么来着我给忘记了。。。
紧接着轮到39号了。。一行人进入船舱。船开以后一行人被邀请到控制室参观战舰击打演习目标。两个演习目标被击毁后又出现了一个没有在原计划内的目标，此时不明目标正在向战舰靠近，战舰发射信号弹之后不明物体依然向战舰移动，在劝阻无效之后发射鱼雷导弹将不明物体击毁。好吧，之后我也没看懂那个不明物体到底是什么东西。