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但是，在新自然主义有效的范围之内追溯这一结论，看来必然会导致两个严重的精神困境。第一个困境是：包括我们在内的一切物种，都不具有超越其遗传史所创造的种种规则之外的目的。一个物种可能有着广阔的选择方向和智力进化的潜力，但却不能从直接环境之外的作用因素中获得就近的目的或方向，甚至也不能获得这样的进化目标：物种的分子结构可以根据这一目标进行自动的调整。我相信，人类精神的构造方式，把它自己封锁在这一基本的限制中，并迫使它以纯粹的生物学手段去进行选择。如果大脑的进化是自然选择的结果，那么，甚至特定的美学判断和宗教信仰的能力，也都必然产生于上述机制。它们或者是对古代人类进化环境的直接适应，或者至多是由更深刻、更隐蔽的各种活动所派生的结构，这些活动曾经是在更为严格的生物学意义下具有适应性的
那么，问题的本质在于，大脑之所以存在，是因为它促进了指导它的形成的那些基因的生存和复制。人类精神是生存和繁衍的服务机构，理智不过是它形形色色的技巧之一，斯蒂芬·温伯格指出，物理现实甚至对物理学家也是那么神秘，因为它不可能是为了要让人类精神理解而构造的。把这一洞见反过来，我们可以更尖锐地指出，智力的构造并非是为了理解原子，甚至也不是为了理解智力自身，而是为了促进人类基因的生存。善于思考的人都知道，他的生命存在于某种不可理解的方式之中，被生物个体发生学所决定，表现为一系列被大致规定了的阶段。他会意识到，怀着人类特有的所有内驱力、才智、爱、自豪感、愤怒、希望，以及焦虑，最终确信不疑的只有一点：他参与帮助着同一循环的永恒延续。诗人们把这一事实视为悲剧，叶芝把它称之为智慧的降临。
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在这样的分析中，首要的发展将是生物学与各种社会科学的结合。这些社会科学包括心理学、人类学、社会学以及经济学等等。最近以来，两种文化才完全进入对方的视野，其结果不外是互相厌恶、误解、过分的热情、局部的冲突和协议等等杂然并陈的现象。可以得出这样的结论：生物学在今天是作为社会科学的对手学科（antidiscipline）而存在的。通过“对手学科”这个词，我希望对一种特殊的对手关系作出强调，这种对手关系常常存在于研究相邻组织层次的领域首次开始发生相互作用的时候。例如，对于化学来说，有多体物理学作为它的对手学科。对于分子生物学，有化学作为对手学科，对于生理学，分子生物学又作为它的对手学科等等，如此向上发展，每对学科的特殊性和复杂性不断增加。
每一科学学科同时又表现为对手学科，这一点是容易理解的。对立的可能性首先是存在的，因为两个相邻组织层次（例如原子和分子）的研究者，当着手研究较高组织层次（在这里是分子）的问题时，最初是以自己的方法和思想为出发点的。根据今天的标准，博学的科学家应该同时活跃于三个领域：他们自己的学科（例如化学）、较低的对手学科（物理），以及较高的学科领域（生物化学）——正是对于这一学科，他们自己的学科表现为对手学科。再举一个层次更为分明的例子，一个出色的神经系统专家，必须对单神经细胞结构有充分的了解，同时也要了解细胞之间传递和流通的各种冲动的化学基础，还希望能解释这些细胞怎样协作产生基本的行为模式。每一个成功的科学家都根据各自的特点，以自己的学科为中心有效地处理这样三个现象层次。
相邻领域之间的相互作用最初是紧张的和创造性的，但是随着时间的推移，这种相互作用将完全互补。让我们来看看分子生物学的起源。十九世纪后期，细胞的显微镜研究（细胞学）和细胞内外化学过程的研究（生物化学）迅速发展起来，在此期间，这两种研究的关系是复杂的，但却与上述学科发展图式极为相符。关于复杂细胞构造的大量证据使细胞学家为之激动，他们破译了细胞分裂过程中染色体的神秘舞蹈语言，为现代遗传学和实验发育生物学建立了基础。另一方面，许多生物化学家仍然怀疑微观水平上会存在着那么多的结构。他们认为，细胞学家所描绘的，不过是实验室方法的人为结果，人们为了进行显微镜检验，用这些方法对细胞作了固定和染色。生物化学家的兴趣在于细胞质化学本质中更“基本的”问题，特别是生命以酶为基础这一新理论。但是，细胞学家们却对细胞是“一口袋酶”的任何说法都嗤之以鼻。
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