刚才有个贴上说服部出场的时候就给柯南喝了白干，他的代号很有可能在组织是白干……顿时雷的我外焦里嫩……

反对派：
平次如果真的是组织上的人，下手的机会比阿笠博士的还多，人家说是阿笠我都不同意的，何况是工藤最信任的人之一－－平次，不知道有没有好好看剧情，是柯南和FBI推断出组织在各个医院都有眼线的，而且反驳你的“银色子弹”就是当茱蒂老师带着FBI包围那个组织的眼线时，他冷笑地 说了一句：“FBI，原来如此，基尔这个冷美人原来沉睡在此！”这就说明他之前根本不知道水无在那家医院。最杯具的是理由三，平次那么温馨的一 句话竟然被你曲解。还有，如果平次是组织的，为什么还要费那么多笔墨去写和叶（我很喜欢的）？你有没有想过这样会怎样收场？ 综上等等，你的推理是错的，我个 人觉得那位先生不是阿笠博士，更不是服部平次，而是詹姆士布拉克，那个有胡子的FBI，理由待续…

这是我搜集的贴吧上服部是BOSS一说的：
理由一：第57集出场时目标是来寻找工藤新一与他“一决高下”的，而第129集灰原说组织调查员来工藤新一家查过两次，时间上吻合。恐怕他怀疑新一藏身于毛利事务所，想来确认一下，暂时留他不死。如果他将组织的事情说出去的话，必定会杀了他。
理由二：在水无怜奈处于“失踪”状态时，柯南只把水无怜奈的事情告诉了服部平次，在随后“红与黑”时，组织那么容易找到水无怜奈的医院，（随后派楠田陆道来寻找病房，因为柯南没有告诉他所藏身的房间。）恐怕就是BOSS服部平次告诉GIN等人的。
理由三：在“红与黑”491集开始时，服部在柯南挂断电话之后说了句“你可要小心，工藤。”语气冷冷的，意谓“你还玩不过我手下的组织”，如果不是BOSS,语气何必会这样呢？还有在讨论如何救回基尔的计划上,GIN的计划安排的如此细密周到，很难排除不是BOSS服部平次教他的。

其实我看过很多关于柯南中猜测BOSS是谁，但是从来没有人猜测是……服部……具体原因^,不言而喻！当然是因为！他是我最爱最善良可爱的服部咯

现在来说一下BOSS的可能人物！

NO.2 黑羽盗一

很多人认为黑羽盗一是黑衣组织的首领：
　　在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
　　这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？
　　这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。
　　他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
　　七个孩子的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。
　　从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
　　盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样。
　　很多人怀疑他就是黑暗组织的boss。

NO.3 阿笠博士

这是最常见的一个怀疑。人们普遍认为，一个一直"没发明什么有用东西"（工藤新一语）的博士，如何会拥有其实并不少的资产？另外阿笠博士在剧集中也做出了很多很有用的东西，为什么会一直默默无闻？有人认为阿笠博士的身份很值得怀疑，加上柯南和灰原哀出现的巧合，让人怀疑阿笠博士很可能就是"那位先生"。但银杏色的初恋 以及这本身是少年漫画 证明了他并非组织首脑.

但事实并非如此。网上流传较广的“阿笠Boss说”均来源于假结局（如《阿笠博士的真相》[5]）以及读者的想象，绝非来自官方。青山刚昌也从未爆料Boss身份。其中最广为人知的证据就是：“阿笠”按中文拆成“阿竹立”后用罗马拼音拼出来后再倒过来读，就是拉丁文中的“莫利亚帝”，也就是《福尔摩斯》中罪恶的教授。但实际上，这个流传很广的说法是完全错误的，懂日语的人都知道“阿竹立”无论怎么拼都和“莫利亚帝”没有任何联系！“阿竹立（あたけたて）罗马音是“ataketate”，倒过来就是“etatekata”。而“莫利亚帝”的拉丁文是“Moriarty”（和其英语相同）。所以“阿笠博士 = 莫利亚帝”纯属谣言。青山创作的人物性格变化较明显的有两个，由悲哀变得开朗的灰原哀以及由冷血变得有韧性的贝尔摩德，都是向好的方面发展。所以博士来个大变脸是不可能的。更何况，一个整天带着孩子们去山上去海边去森林露营，一个爱给孩子们讲冷笑话，一个设计暗号让孩子们寻找宝藏为博他们一笑，一个为了带孩子们去滑雪连夜苦练导致重感冒，一个和孩子们连跑带跳，一个在孩子们身上的炸弹即将爆炸时坚持和他们在一起，一个如此慈祥的好爷爷，怎么可能是BOSS！而且《名侦探柯南》虽然布满杀人事件，但整体是积极向上的，存在很多人世间的真理，一个喜欢小孩子的老顽童居然是黑帮老大，会让读者善恶不分。
阿笠博士并且官方也已经否认阿笠是Boss[6]（见于2011年10月28日更新的《少年Sunday》官方博客）。所以“阿笠博士是幕后Boss”是彻头彻尾的谣言！

NO.4 毛利小五郎

也有人相信毛利小五郎才是黑组织的首领。一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名，而毛利大叔很喜欢喝酒……此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑，觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚。其实毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令枪杀毛利小五郎。见过"那位先生"本人的琴酒，恐怕不会下令杀死组织的首领吧……

毛利应该没那么不中用，原因以下几点：1.小五郎身手不凡，没拿到柔道冠军是因为有“比赛恐惧症”，并不是没有实力。（026小五郎同学会杀人事件(前篇)027小五郎同学会杀人事件(后篇) ）枪法这警局里数一数二2．在M-9水平线上的阴谋那集，毛利比柯南更早发现了真凶．平时不在意的他看到与妻子长相相似的凶手就显出本色了。3．毛利对柯南态度一直都很差，但似乎柯南从没有得罪过他，最可能的原因是他知道柯南就是那个让小兰伤心的高中生工藤新一。基于父爱，那样的表现是很正常的。4．柯南虽然是虚构的，但青山不至于让一个人莫名其妙晕倒和破案多次而不发觉，更合理的解释应该是毛利他在刻意为柯南掩饰。5．像妃英理一般的人绝对不会喜欢上并且嫁给一个平庸几近白痴的人。（这是很重要的一点。）6．柯南里的人物名字都是拼出来的。毛利是从亚瑟/罗宾的作者卢布郎得来的，小五郎是江户川乱步塑造的侦探明智的名字。由此看来，毛利在青山刚昌心目里肯定是个很优秀的侦探。7．虽然柯南讲的大部分是高中生侦探如何如何优秀，但青山把父辈们写的更胜一筹。服部平藏曾经成功地利用了平次，而后者并没有立刻发觉（TV263大阪双重谜团），在有关一个遗产的案子里工藤优作也早于柯南发现了真相。据此看来，毛利也差不到哪去。8．只要只有柯南和小五郎两个人时，小五郎对柯南的态度就大转变，像是一起破案的伙伴。而每次柯南如果很认真地来和小五郎说他发现了什么，小五郎都会相信。9．TV038当中大叔曾经说过，每当我推理遇到瓶颈的时候，这个小子的一句话（当然是指柯南同学--新一）总是给我很大的启示。这家伙绝对不是等闲之辈，他到底是什么来头？10．很多集，大叔被打针后都会说一些话，比如：“啊！我要开始了！”或者“啊！沉睡的小五郎出现了！”还有如“你还真狠心呢！好歹让我先喝一口吧！”又或者是“又来了，怎么这么突然呢！好歹先打声招呼啊！”“从另一个地方传来我的声音之后，我的脖子就会像针扎了一样”（所以，推理大叔极有可能知道他被麻醉甚至知道被柯南君麻醉，而且只要旁边有椅子，就一定会坐在椅子上，应该是故意的。11. 每次小五郎被打针后蹲坐在那里时，低着头，表情总是皱着眉，好像真的在推理。12. 柯南曾当着毛利大叔的面发射过麻醉针。(详见《离别美酒杀人事件》)13.毛利大叔对死者的亲属或关系很好的人想要不顾生命的行为拼命的阻止，而且从表情来看并不是一个糊涂的侦探该有的表情。14.在柯南（新一）帮助之前，小五郎都是自己解决案件的且还能一人养活兰10年之久，可见他还是有很强的侦探能力的。15.在漫画书第二本里，毛利小五郎是第一个发现柯南长的像新一的人。大叔当时说【等等，你的脸好像在哪里见过……】之后被委托人打断！

毛利小五郎是FBI的一员？这一点比上一个观点要显得强一些，因为这样的说法支持“掩饰柯南的真实身份”这一推论。然而这个观点还是有许多疑点，For Example：在M5通往天国的倒计时中，大家在双塔摩天大楼里用机器测试自己十年后的长相，柯南和灰原自然回避了这一测试。然而小五郎却硬拉着柯南进入机器测试。虽然机器突然有Error，使得柯南和灰原没有露出马脚，但这也出现一个疑问：假如小五郎真的是FBI的人，他有必要冒这个让工藤暴露的风险去让他测试吗？还有据资料说FBI只有美国公民才能加入，虽然不知道同是日本人而且是FBI的赤井秀一有没有美国国籍，但是从毛利长期生活在日本，且长期工作在日本，从这个地方来考虑，他的“户口”应该是在日本，而他也应该是日本公民，所以FBI也不怎么可能。

毛利小五郎是日本警方的秘密探员？事实上，毛利大叔曾经当过**。虽然已经辞职了，但辞职也许是日方的特意安排（M-2说明那下枪击是为了救人质）。而且日方**对于黑衣组织的反应过于疲软。一个在日本潜伏了N年的犯罪组织，且做了那么多大案。不可能不引起日方的注意。FBI都已经介入了，日方怎么可能不知道？所以派出身手不凡的毛利侦探是理所当然的。而且作为重要的盟友，受到FBI保护也是必然的（见TV425 《黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间 》）

NO.5 工藤优作

新一的父亲也是怀疑对象。他具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？那也不怎么可能,如果真是这样,为什么琴又要灌他毒药呢?

网上盛传工藤优作可能是黑衣组织的老大，但我并不认同这一观点。首先，工藤优作有着和新一一样的强烈的正义感，从《贝克街》这一剧
《彷徨的红蝴蝶》中年轻的优作场版就可以看出。其次，新一是他的儿子，即使要试验APTX4869也不可能拿儿子做实验，因为连制作者本身都不能确定其药性。俗话说得好，虎毒不食子，工藤优作是很爱自己的儿子的。再说，按照一些人的说法，他是为了写小说才创立这个组织，那么这各种的犯罪手法都将面世，作为其儿子的工藤新一，如此熟悉父亲的小说，又相当关注各种事件，怎么可能不猜测到自己父亲的身上？说起来贝尔摩德是BOSS宠爱的女人，工藤优作对自己的妻子的爱有目共睹，怎么可能再宠爱别的女人呢？而且，在整个故事里，他所扮演的角色是英国名侦探——夏洛克·福尔摩斯，他怎么可能是黑衣组织的老大呢？【详见剧场版六：贝克街的亡灵】