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1996年2月19日 7 Vol.3 每月一件礼物威胁事件
外科医生小川因为每月收到大量现金与礼物，到毛利处委托，在柯南分析后一行人至小川工作的医院找寻有嫌疑的病人，原来把儿子之死推脱到手术失败上的荻野智也的父亲，想要杀掉医生的儿子为自己儿子报仇，勇太已在荻野智也父亲手中。但危机不只此，破案过程中，兰对柯南产生了怀疑，并试探成功。最后，千钧一发之际，柯南使用足球神技踢掉犯人手中的刀，同样，利用变声器，让博士在自己与兰共处时打电话给兰，解除了双重危机。
1996年2月26日 8 Vol.4 美术馆杀人事件
毛利一行人去即将消失的美术馆欣赏作品，却发生了按照名画杀人的事件，通过监控录像，纸片等线索，柯南成功发现真相，在试探馆长时被馆长发现自己的与众不同。
凶案现场极为血腥的一集

1996年3月4日 9 Vol.6~7 天下第一夜祭杀人事件
毛利三人组前去看天下第一祭，在前三个字爆发在空中时，也发生了一起杀人事件，凶手作家世井宣一随后赶到天下第一祭，偶遇三人组，这时横沟警官出现，将世井宣一以嫌疑人身份带至被害人今竹智的公寓。柯南通过相机的照片发现，世井宣一不在场证明是一年前制造的，运用博士的新发明麻醉针手表麻醉毛利小五郎，沉睡的小五郎首次出现，开启了一个全新的时代。。。完美解决案件。


1996年3月11日 10 Vol.7~8 职业足球选手恐吓事件
侦探事务所来了一位自称工藤初恋女友的女子赤木量子，兰醋意大发，强烈要求跟去量子的家
。通过鞋子和量子的动作，还有遗留的纸片一角，柯南发现真相，利用博士的新发明便当式电话致电量子说明真相，因而被兰追逐，犯人也不幸受到连累被重击一脚。最后，利用及时赶来的博士的甲壳虫车的灯光，模拟工藤对兰说了一番话解除危机。


1996年4月8日 11 Vol.7 钢琴奏鸣曲“月光”杀人事件(1小时特别版)
伴随着一封充满神秘的委托信，毛利三人组来到了东京附属的月影岛，没想到众人听到委托人的名字——麻生圭二——全部毛骨悚然，原来，这是一位十二年前就与家人一起被困在熊熊燃烧的家中丧生的钢琴家。为了了解真相，三人组留在岛上解释了浅井诚实医生，黑岩辰次村长及他的黑岩令子千金与村尺周一女婿平田和明秘书，还有清水和川岛两位候选人。从秘书口中再次得知了关于钢琴与月光奏鸣曲的险恶往事。当天正好是前任村长龟山2周年祭日，月光奏鸣曲再度响起，川岛先生如龟山村长一样，随之被发现已死亡。经过柯南简单推理，犯人锁定在前来祭拜的人中。第二日目暮警官赶来，一一录口供时，月光奏鸣曲第二乐章响起，西本先生瘫倒在地上，因为他眼前是全身是血的黑岩村长。
随着第二乐章的奏响，从前的往事被揭露出一点，原来麻生、黑岩、西本、龟山和川岛是儿时的玩伴。西本先生反应过为激烈，让人担心他的安慰，果不其然，下一个就是他，但是现场是明显的伪造成自杀的场面，这是因为柯南等人及时赶到组织了凶手进一步布置现场，因而事先准备好的西本的遗书成了解密的关键。
poison品deal及4人杀害麻生的事实水落石出。
岛上的神秘老警官一语点醒柯南加上他提供的12年前遗留的剧本，柯南发现真相，原来犯人是最不可能犯罪的浅井诚实医生，他是麻生的儿子，男扮女装！而川岛和不停制造钢琴被诅咒传闻的平田秘书依旧进行着万恶的deal。
当柯南借毛利之口说出真相后，众人才发现浅井医生不见了，他以跑至钢琴房并放了火，决意死在父亲的钢琴旁。柯南拿着写着“希望诚实好好活下去”的乐谱也没能阻止诚实自杀，这成为了柯南心中永远的遗憾。

1996年4月15日 12 Vol.9 步美绑架事件
少年侦探团玩捉迷藏时，步美躲进了公园附近的车子后备箱中并睡着，被柯南叫醒后在车中发现大量现金及少女的头——这是连续绑匪的车子！少年侦探团的绅士们不顾一切的利用声音传来的信息，利用博士新发明的利用太阳能灯滑板进行了一场大追捕，既紧张又搞笑，终于在千钧一发之际制服了其中之一的绑匪，却意外知晓，这是要进行帝丹大学祭表演的两位演员。于是，因为制服了其中之一的演员，并随坏了假头，少年侦探团不得不奉献演绎处子秀
1996年4月22日 13 Vol.2 奇怪的寻人事件
一位名叫广田雅美的小女孩模样的人来委托寻找广田先生，成功寻得后不久，竟然得知广田先生被杀。调查时兰发现一个可以的跟踪者，没想到此人也是侦探，并且被一位高大的广田明委托寻找相同的广田先生。经询问，柯南断定，这三人是之前的10亿元抢劫事件的疑犯。而广田明不久也中毒而死，前往他所在地途中遇到了装束完全不同的广田雅美，兰与柯南一路追至码头，发现了事件的主谋。柯南制服主谋，10亿元也被寻回，事情告于段落。


1996年5月20日 16 Vol.6 古董收藏家杀人事件
为调查委托人夫人的外遇而前往其住所的毛利三人组苦等不见委托人，仆人去叫发现了惨烈的凶案现场。通过电话答录机锁定了三名嫌疑人，柯南还原了留在柜子上的死亡讯息后，借毛利指认凶手。不料，身为剑道高手的凶手竟然把刀砍向毛利，沉睡的毛利无法移动反而引得犯人敬佩不已，原来他只是要试探一下毛利而已。就这样，圆满解决案件的毛利赢得了更多尊敬。
1996年5月27日 17 动画原创 百货公司挟持事件
因为元太把假面超人卡片忘在百货大楼里，侦探团在快要关门时潜入，因意外被困其中，却发现了连续commit的强盗集团准备抢劫大楼的宝石。向对面公司呼救不成，元太开始用桌子砸窗户，巨大的声音引得强盗团搜查，不幸暴露。侦探团决定靠自己的力量反击。他们巧妙利用大楼里的工具，制服了全部集团成员，又立下了大功。

1996年6月10日 19 动画原创 电梯杀人事件
因被选为模特，毛利三人组前往设计师工作处，意外碰上杀人事件，柯南通过衣服褶皱，顺利破案。
1996年6月17日 20 Vol.2 鬼屋杀人事件
步美回家时看到鬼火，所以侦探团决定去该别墅探险。通过自来水，小门洞，柯南发现了这栋别墅的秘密——儿子杀死父亲，母亲为保护儿子将其关起来防止其去自（*&￥）首。在柯南的劝说下，二人自（*&%）首，良心得到慰藉。

1996年6月24日 21 动画原创 电视剧外景队杀人事件
冲野洋子邀请毛利担任她拍摄的侦探电视剧的顾问，于是三人组来到拍摄现场，目睹了剧组人员的矛盾之后，洋子邀兰晚上出游，在柯南还沉浸在看到兰换衣服的喜悦中时，发现了被害的招人讨厌的剧组摄影助手和他写下的死亡讯息，柯南通过火柴棍的提示巧妙地找到了真凶。
1996年7月1日 22 Vol.3 豪华客轮连续杀人事件（上集）
1996年7月8日 23 Vol.3 豪华客轮连续杀人事件（下集）
因为错过回东京的船却遇到了善良大方的旗本夏江小姐被许可乘坐她的家族包下的豪华客轮。当天是旗本夏江和籏本武大喜的日子，与善良的夏江相比，旗本家的其他人各有特色。精明霸气却飞扬跋扈的企业创始人豪藏老爷，懦弱无能的大儿子北郎和同样懦弱痴迷绘画的大孙子一郎及野心勃勃的北郎妻子麻里子，有着厨师手艺的二儿子祥二。标准千金小姐的秋江与为了她所能继承的财产才与之交往的不良男子龟男。一家人的矛盾已经不可调解，更深的仇恨与报复暗藏其中。
豪藏老爷早就发现籏本武是被他逼死的财城勇夫的儿子，因此，当老爷被杀后，麻里子一揭秘，籏本武被众人直接当做凶手关了起来。不料，龟男在船头被杀，众人再返回时发现籏本武也不见，因此凶手被认为有两个或以上，两次案件都不见凶器。
众人聚集在船上大厅时，去上厕所的一郎被攻击，凶器落在他旁边，是祥二的厨具。
就在猜忌与埋怨在一家人中蔓延时，柯南发现真相，原来暗恋夏江的一郎因被爷爷拒绝提亲申请，又见夏江小武结婚，于是杀掉爷爷嫁祸小武报复。
夏江终于不用再也不相信任何人，与小武重归于好后，二人放弃继承权，幸福的平静生活在一起。

1996年7月15日 24 动画原创 丧失记忆的美少女事件
毛利以前抓获的犯人越狱了，并扬言要报复毛利。之后，三人组意外遇到失忆的美女，柯南从她手上的割痕，发达的肌肉，灵敏的反应和身手，猜出她的职业是杀手。从她所在宾馆留下的些许提示发现了真相。这位美女竟是犯人雇佣的要杀掉毛利大叔的杀手。就在毛利已被美女用钢丝吊起来的危急时刻，柯南赶到救了大叔。


1996年7月22日 25 动画原创 真假人质绑票案
毛利兰的同学，总是沉默忧伤的直子被绑架了，她的父亲武居社长和**一起试图诱捕歹徒，不料歹徒连人和车一起跌入海中，没有遗体，真子和歹徒生死不明。不信任**的社长找到了毛利，不久却以女儿可能已经死了为由，强迫毛利停止调查。歹徒又提出交换赎金的申请，为了公司，武居社长竟然选择放弃女儿的生命。在秘书花井小姐的强迫下，又带着假钱去赴约，却陷入危机，因为绑匪就是花井小姐，她为了报四年前，被武居社长逼得走投无路而带着家人自杀的父亲的仇。柯南即使制止了悲剧的发生。被关的直子渐渐明白了真相，武居社长最后不仅失去了钱，也失去了女儿的亲情。

1996年7月29日 26 动画原创 爱犬约翰杀人事件
柯南与还是小孩子时就认识的坂口正义家的狗约翰重逢，可是不久后知晓，约翰扑到少年致死。通过坂口先生奇怪的举动，柯南发觉这是通过训练而达到目的的精心设计的杀人事件。
1996年8月5日 27 Vol.9 小五郎同学会杀人事件（上集）
1996年8月12日 28 Vol.9 小五郎同学会杀人事件（下集）
毛利三人组在路上碰到了银行抢劫事件，犯人的手枪被柯南踢飞后却不见了。
随后三人组去温泉旅馆参加毛利的同学会，期间发生疑似外部犯人所致的枪杀事件，被害的由美是毛利的同学，引得毛利非常愤怒，因为他立刻就从被仿造的自杀现场明白过来，凶手正是内部人员——他的同学。一直发抖的阿淳提供了重要的目击证据让毛利明白了死亡时间是有问题的，进而推理出了全部真相。最让他痛心的是，曾经的police同学竟然知法犯法，在他想要逃跑时，毛利利落的击倒了他。

1996年8月19日 29 动画原创 电脑杀人事件
社长在无人的自家别墅里心脏病发作而死，柯南通过融化又凝固的巧克力判断出这是由于空调变温而导致的死亡，又通过宠物掉落的石子找出凶手。
1996年8月26日 30 动画原创 不在场证明杀人事件
富有的律师聘请毛利调查妻子外遇，回到家中律师发现妻子在浴缸中死去。拥有不在场证明的律师却成为柯南最怀疑的对象。终于，通过宾馆中特有的也被录进电话中的八音盒的声音，破解了律师的手法。
1996年9月2日 31 Vol.11 电视台杀人事件
毛利受邀去电视台录制节目，期间制作人被射杀。唯一的嫌疑人松尾却有着时间上无法跑到的不在场证明。但是柯南通过血液在窗边的情况和通话记录，指认了松尾。


1996年9月9日 32 Vol.11 咖啡店杀人事件
看到兰盛装打扮并谎称去见新一而醋意大发的柯南决定尾随，意外碰上了咖啡厅中的杀人事件。通过绷带缠在手指上位置的改变，和一位神秘女性共同抓获了嫌疑人。而以为长相帅气说要约会女孩子的男子被柯南认定为兰约会的对象，在二人碰面时，将其之前的轻薄之于说出。不料，这免除了园子被骗，而兰的约会对象，是那位神秘女性，她不是别人，正是小时候骂了工藤无数次的兰的母亲，妃英理。
1996年10月14日 33 动画原创 侦探团生还事件
阿笠博士带侦探团去寻宝，提供了一张神秘的藏宝图，柯南带领小朋友一路上经历各种危险，终于找到了目的地，却被同样在寻宝的两位坏人阻击，战胜了两人之后，柯南终于找到了宝物，原来是他的父亲被偷走的小说初稿。