叶县法院最终以故意杀人罪，判处李怀亮有期徒刑15年，剥夺政治权利5年，并赔偿杜玉花夫妇丧葬费3000元。
　　李怀亮的哥哥李怀珍，在2008年12月6日递交的上诉状称，卷宗显示现场有O型血迹，但郭晓萌是A型血，李怀亮也是A型血。
　　而在警方的尸检报告中，郭晓萌身上并无出血伤口，李怀亮身上也无出血伤口。但警方和法院均未查明现场血迹是谁的。
　　叶县警方当初在现场测量脚印时，让湾里村民调主任赵木申将脚印模子搬上车，赵木申在2004年2月3日叶县法院出庭作证此事，但卷宗却并未记载脚印之事。
　　当时警方测量的现场脚印是38码，而李怀亮穿的是44码的鞋子。现场脚印显示，是空调凉鞋，而李怀亮当晚穿的是平底拖鞋。
　　在后来警方的检验中，留在郭晓萌体内的**，也与李怀亮的不符。李爱梅认为疑点太过明显，没有证据能够证明李怀亮杀人。
　　而法院认定，李怀亮杀人的力证是其供述，而这一供述亦与事实不符。譬如，李怀亮称郭晓萌“下身穿的是裤子，上身穿的是短袖”，而她实际上是“穿裙子和凉鞋”。
　　卷宗还显示，杜玉花当晚在寻找郭晓萌时，曾看见有陌生人从案发方向经过，但并没询问。李怀珍认为，这不排除有第三人作案的可能。