1、《鶡冠子》。《四库全书总目》卷一百十七《子部·杂家类一》：“《鶡 冠子》三卷（两淮马裕家藏本）”。据乾隆三十九年上谕：“其进书百种以上者，并命择其中精醇之本进呈一览，朕几馀亲为评咏，题识简编。”⑤《四库全书· 冠子》卷首有弘历御题七言律诗一首，可见马家藏本是可贵的精醇之本。 
2、《干禄字书》。《四库全书总目》卷四十一《经部·小学类》：“《干禄字书》一卷（两淮马裕家藏本）”。 
3、《五经文字》。同书同卷：“《五经文字》三卷（两淮马裕家藏本）”。 
4、《九经字样》。同书同卷：“《九经字样》一卷（两淮马裕家藏本）”。 
5、《汗简》。同书同卷：“《汗简》三卷、《目录叙略》一卷（两淮马裕家藏本）”。 
6、《佩 》。同书同卷：“《佩 》三卷（两淮马裕家藏本）”。 
7、《类篇》。同书同卷：“《类篇》四十五卷（两淮马裕家藏本）”。 
8、《字鉴》。同书同卷：“《字鉴》五卷（两淮马裕家藏本）”。 
9、《重修广韵》。《四库全书总目》卷四十二《经部·小学类三》：“《重修广韵》五卷（两淮马裕家藏本）”。 
10、《集韵》。同书同卷：“《集韵》十卷（两淮马裕家藏本）”。 
11、《汇雅》。 《四库全书总目》卷四十三《经部·小学类存目一》：“《汇雅》三十卷、《续编》二十八卷（两淮马裕家藏本）”。 
12、《六书精蕴》。同书同卷：“《六书精蕴》六卷、《音释》一卷（两淮马裕家藏本）”。 
13、《集古隶韵》。同书同卷:“《集古隶韵》五卷（两淮马裕家藏本）”。 
14、《石鼓文正误》。同书同卷：“《石鼓文正误》二卷（两淮马裕家藏本）”。 
15、《韵原表》。同书同卷：“《韵原表》一卷（两淮马裕家藏本）”。 
16、《韵略易通》。《四库全书总目》卷四十四《经部·小学类存目二》：“《韵略易通》二卷（两淮马裕家藏本）”。 
17、《篇韵贯珠集》。 同书同卷：“《篇韵贯珠集》一卷（两家马裕家藏本）”。 
18、《古韵通》。同书同卷：“《古韵通》八卷（两淮马裕家藏本）”。 
19、《韵雅》。同书同卷：“《韵雅》五卷（两淮马裕家藏本）”。 
注：④李斗《扬州画舫录》卷十，清乾隆六十年刻本。 
⑤李斗《扬州画舫录》卷十，清乾隆六十年刻本。 
可以看出，仅《四库全书·小学类》就采用马氏藏书九种，又存目九种，共十八种，既有善本，又有异书，马氏藏书之特色于此可见一斑。 
马曰琯、曰璐兄弟比一般藏书家高明，他们嗜书、访书、购书、钞书，不是“闭阁不观”，亦非“玩物丧志”，而是孜孜于读书、校书。 
据全祖望在《聚书楼记》云：“聚书之难，莫如雠校。嶰谷于楼上两头，各置一案，以丹铅为商榷，中宵风雨，互相引申，真如邢子才思误书为适者。珠帘十里，箫鼓不至，夜分不息，而双灯炯炯，时闻雅诵，楼下过者多窃笑之。以故其书精核，更无讹本，而架阁之沈沈者，遂尽收之腹中矣。”  
再据全祖望在《丛书楼书目序》记：“吴越好古君子过此楼者，皆谓自明中叶以来，韩江葛氏聚书最盛，足以拼葛氏而过之者，其在斯乎，予以为此犹其浅焉者也。夫藏书必期于读书，……马氏兄弟，服习高曾之旧德，沉酣深造，屏绝世俗剽贼之陋，而又旁搜远绍，萃荟儒林文苑之部居，参之百家九流，如观王会之图，以求其斗杓之所向，进进不已，以文则为雄文，以学则为正学，是岂特闭阁不观之藏书者所可比，抑亦非玩物丧志之读书者所可伦也。韩江先正实式凭之，而励励与葛氏争雄长乎哉。”  
可惜《丛书楼书目》不传，不能窥见马氏藏书之全貌。所可知者，利用马氏之丰富藏书而著述斐然者，确有其人，厉鹗、全祖望是最著名的两位，略述如下： 
1、厉鹗。马曰璐《哭厉樊榭》三首之二云：“史收辽散佚，诗纪宋英灵。（自注：樊榭所辑有《辽史拾遗》及《宋诗纪事》。）寂寞丛书畔，高楼剩坠萤”。可见厉鹗利用马氏藏书辑成《宋诗纪事》。刻本《宋诗纪事》卷一至卷十署名为“钱唐厉鹗缉，祁门马曰琯同缉。”卷十一至卷二十署名为“钱唐厉鹗缉，祁门马曰璐同缉。”表达了厉鹗对马氏兄弟供应书籍的感谢之情。《清史稿》卷四百八十五《文苑传·厉鹗传》云：“扬州马曰琯小玲珑山馆富藏书，鹗久客其所，多见宋人集，为《宋诗纪事》一百卷。又……《辽史拾遗》……诸书，皆博洽详赡。”伍崇曜《沙河逸老小稿跋》云：“厉太鸿寓小玲珑山馆中凡数载，端居探讨，成《宋诗纪事》、《辽史拾遗》”。今案：厉鹗《辽史拾遗》“采摭群书，至三百馀种”⑥，确是充分利用了马氏的丰富藏书。