侯马在春秋战国时叫"新田"。明朝末年，李自成带领起义军经过这里，天色已晚，人困马乏，于是他便下令在这里过夜。但在这荒无人烟的地方，可怎么睡觉呢?李自成让马卧下，把马料放在马的嘴边，自己也便靠着马背坐在地下，边吃干粮，边休息。大家一见，都学他的样儿，就这样过了一夜。

还有说是八国联军进攻北京的前一天慈禧太后连夜逃跑，经过侯马的时候马匹都累坏了，慈禧不得不在这里等候着下人给她换马，所以就叫侯马......

公元前585年，晋景公以新田“土厚水深，居之不疾，有汾、浍以流其恶，且民从教，十世之利”，将晋国都城迁至新田。至公元前376年，韩、赵、魏三分其地，静公废为庶人，晋国绝祀，共历13公，209年。其间，晋国大展宏图，慑幽并，衔鲁东，吞河南，控河西，雄据中原，傲视群雄，成就霸业，在新田大地上演绎出一部部波澜壮阔的英雄史诗。赵氏孤儿、魏绛和戎、悼公复霸、九合诸侯、六卿专政、三家分晋，这些耳熟能详的历史典故，丰富了中华民族的文化宝库。 

晋国长期的鼎盛与繁荣，创造了灿烂的新田文明史。新中国成立后，经过多年考古发掘，发掘出由9处古城遗址、11处作坊遗址、6处墓地和11个祭祀点组成的侯马晋国遗址，1961年被国务院列为全国首批重点文物保护单位；出土了被列为全国十大考古发现之一的侯马盟书等大量珍贵文物。

秦统一全国后，置绛县，县治新田，属河东群。北魏置曲沃县，新田改镇属之。1375年（明洪武八年），绛州金台驿迁此，设侯马驿。在几千年的历史长河中，因地处通衢要冲而声名远播。

1946年（民国35年）1月，侯马首次获得解放，从此揭开了历史上新的一页。1956年成立侯马市筹备处，1957年撤销；1958年成立侯马市，1963年撤销；1971年8月再次建市，成为山西省临汾地区的一个县级市。经过撤社改乡、撤并乡办等一系列行政体制的变化，2003年全市设“三乡、五办”，即：新田乡、凤城乡、高村乡、上马街道办事处、张村街道办事处、路东街道办事处、路西办事处和浍滨街道办事处，下辖81个村民委员会和26个社区居民委员会。