太平洋战争结束十年后，
开始出现一类虽身为人类却拥有异形外貌与能力的存在。
他们被判定为罹患「妖人病」的「妖人」，遭到大多数「人类」的厌恶与排斥。
日本政府对其存在深感忌惮，最终决定将所有妖人集中隔离于某处的「神泽市」。
一名叫做武部凉一的少年，
因自身潜藏某种危险性，未被收容于「妖人都市·神泽」，而是被隔离在孤岛医院。
他在那里遇见了「铃」。
即便众人纷纷疏远他，唯有这名少女始终陪伴在凉一身边。
然而，由于某起事件的爆发，凉一借此机会与铃一同逃离了医院。
两人化名如月双七与如月铃，潜入了「妖人都市·神泽」。
这是一座被巨大防护墙笼罩、由妖人为妖人建立的妖人都市。
向往已久的平稳日常与校园生活——双七沉醉其中……
即便在他人眼中微不足道，对他而言却是无可替代的珍宝。
但为了守护铃的「某个秘密」，政府机关与邪恶势力却悄然盯上了她。