1051-1054
开篇灰原哀和柯南探讨混沌篇的事。安室透带柯南去波洛咖啡厅说有几个奇怪的人。推理结束后安室透试探柯南，引起柯南警觉，当场毛了，质问其到底为几方做事。红茶会解密，柯透关系暂时缓和。红方决定先一致对外解决即将来临的暴风雨
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1155-1166
急性子朗姆对FBI发难，史称第二次红与黑。战争结果极其惨烈，卡迈尔终于为他的鲁莽付出了代价，导致朱蒂老师死亡（卧龙凤雏狙的），朗姆失去他的另一只眼睛但存活（若狭狙的），卧龙凤雏死亡（秀一狙的）。赤井秀一未死已被黑方确认，基尔逃出组织随后失踪。安室未受到怀疑平安无事。朗姆确认柯南有严重问题。此役琴酒合理指挥卧龙凤雏狙杀朱蒂老师有高光，朗姆对大局的微操也令人拍案叫绝，赤井秀一的狙击技术再次刷新三观。朗姆发誓回去喝了药一切都会好起来的。卡迈尔停职检查，FBI摇了两个新人出来代替卡迈尔和朱蒂老师。朗姆篇正式结束。
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1167-1169
风之女神堂堂登场。轻松搞笑的日常，案件无人死亡。风之女神与横沟重悟的感情线完结。
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1170-1172
小兰园子世良的女高中生日常...当聊到工藤新一的时候，世良提到工藤新一和柯南关系那么好，为什么只一起出现过一次呀。案件与医美有关。案件结束后园子说她要回去看某部电视剧，反派是一个易容高手，能轻易伪装成另一个人哦。兰的脑中反复回响着"整容..易容.."，突然像走马灯一样把之前的关键剧情都过了一遍，危命篇学园祭和新一同时出现的柯南，京都街头犬矢来旁新一奇怪的啊咧咧，清水寺之吻时新一的突然离开……一切都串起来了，柯南就是新一。但她未说破。柯南并未意识到事态的严重性。
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1173-1175
少年侦探团的冒险日常。柯南和灰原哀有交流第二次红与黑的情报。登场角色：灰原哀、三小只、若狭老师（开头）
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1176-1178
毛利小五郎的硬汉日常。登场角色：毛利小五郎、妃英理（远程）
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1179-1182
柯南偶遇世良和玛丽，随即发现了一个疑似赤井务武的神秘口罩男，几人被卷入事件。事件解决后口罩男消失。促成柯南和玛丽交流情报，双方互相信任。
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1183-1186
追踪神秘口罩男的下落。玛丽在家休息，柯南和世良、秀吉在一起。众人与呼吸机老人相遇并发生了事件。事件中呼吸机老人只是嫌疑人之一，并未引起柯南特别的关注。最后推着黑脸婴儿车的老太太再次出现了，黑脸婴儿瞪了柯南一眼。
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1187-1189
召唤感情危机的黑色前兆。毛利小五郎收到委托，小兰指出委托人是她关系很好的初中同学，要一起去。委托人的家竟然在曾经发生过死罗神事件的东奥穗村。柯南半月眼表示不想故地重游这个地方。没想到又一次发生事件。事件顺利解决了，但小兰更加确信了柯南的身份，情绪失控，当着村民的面揭穿了他后跑走，给他下最后通牒，必须在小兰生日会结束之前给她答复。新兰感情危机爆发。村民中有组织底层成员，知道了新一没死，并报告上级，上级身份不明。
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1190-1194
小兰生日会。柯南变大成新一参加。酒店包间发生密室事件，新一又忙着查案。生日会结束后两人彻底分手，新一意识到两人的距离已经太远，真的不适合在一起。新一在兰的怀里变成了柯南，兰哭泣。兰表示也很心疼他，两人还可以是朋友。登场角色：新一、毛利兰、园子、世良、平次（远程）、和叶（远程）、毛利小五郎、妃英理
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1195-1197
少年侦探团。柯南因为分手的事情emo了，遇到案子也不想破，灰原哀只有独自推理解决事件。最后柯南不知为何走向了月台，灰原哀上演了一出月台追夫，算是还他以前的月台追妻那次。
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1198-1200
一个比较特别的怪盗基德的故事。中森青子登场。
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1201-1203
管家篇2.0。登场角色：伊织无我、大冈红叶。完事后伊织无我表示鹰杖老人有求于他。
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1204-1207
去往鹰杖老人府邸的故事。揭秘鹰杖老人是大冈家主。鹰杖老人出题目考验柯南。柯南似乎认为鹰杖老人身份另有隐情。
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1208-1209
柯南在街上遇到一个熟悉的身影，是基尔篇之后就下线的本堂瑛佑。与之发生接触，得知本堂瑛佑回来的目的是寻找失踪的姐姐。
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1210-1212
平次和叶来到东京，得知新兰两人分手，邀请他们去大阪散散心。柯南顺便把本堂瑛佑带上了。然后就是新大阪双重谜案，第一个案子是跟大阪历史有关的三选一事件，好巧不巧嫌疑人名字里有难波、浪花等字样。
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1213-1219
第二个案子是裂口女。平次在来东京之前就接到了委托，大阪郊外的一座疗养院有裂口女出没，希望他这个关西名侦探兼捉鬼专家来调查。平次和叶柯南毛利兰本堂瑛佑一行人前往这座疗养院，疗养院建在一座凸出在峡谷中的小山包上，因为这种结构，他们又看到了不详的吊桥，本堂瑛佑回忆起了被封印的欧式窗案。疗养院里住了7个病人，六女一男，因为花粉过敏全部都带着口罩，虽然看不到全貌，但是七个人的眉宇之间的样子还是各有各的特点。柯南回忆起之前遇到的口罩男。入住当晚，天降陨石，吊桥和附近的基站被陨石砸毁了，疗养院变成了一座与外界失去联系的孤岛...
接下来出现了第一名牺牲者，死状恐怖，众人调查了一天一无所获，有人认为是裂口女干的。第二个晚上小兰被裂口女袭击，有人要求所有病人摘下口罩检查，检查后发现确实有一名女子嘴角有被撕裂过的伤疤，所以她被关起来了。但不久依然出现了第二名牺牲者...
事件中瑛佑对小兰有好感而脸红。
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1220-1222
京极真和铃木园子共度的一天。展现京极真除了暴力之外的另一面。
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1223-1225
柯南又遇到了那位口罩男，立即通知世良和玛丽，大家截住了口罩男，结果真的是赤井务武，无论从长相还是谈吐。世良母女提出了很多问题测试都通过了。得知他没有地方住就给他安排了一个住处，留了个心眼没有邀请其同住，总觉得有什么地方很可疑。
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1226-1229
柯南提议不在小兰家里住了，小兰同意了。但自己家里仍然是FBI大本营，没地方住，于是住到了博士家。虽然经过这段时间有更多的人知道他是工藤新一了（增加小五郎、英理、园子、和叶），但柯南强烈要求大家保守秘密。住进去的第2天早上，柯南和灰原哀一起去上学，上学路上发生事件。两人又出现了和贝姐篇那个时期类似的经典内心独白。哀对柯又出现了箭头，柯还没完全意识到。呼吸机老人从后面探头。
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1230-1232
好吃的要死的拉面3。高佐发糖，警视厅恋爱物语。
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1233-1235
波本的日常。以安室透作为波本的视角描写黑组内部的生活。揭秘呼吸机老人是黑组的三号人物，代号日本清酒，已经和另一瓶酒一起出动了。呼吸机表示对柯南或者新一有兴趣。新登场两个狙击手，新的卧龙凤雏
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1236-1239
世良玛丽公寓遇袭。怀疑那个口罩男有问题。玛丽说真正的丈夫锁骨下面有一颗痣，痣上还有一根毛，只要去确认一下就可以了。两人准备了催眠喷雾和开锁工具。两人来到口罩男的公寓楼下，上面掉下来一个人摔死了，很多人围过来，口罩男也出来了。事件解决后世良假装摔倒去拽口罩男衣服，发现没有痣，更没有毛。被指出是冒牌货，口罩男还在狡辩。捏脸但是发现不是易容。远程请教柯南，柯南回忆起死罗神事件的的屋田诚人，柯南认为有可能是整容的，整容可能留下疤痕，让她俩仔细找，但口罩男已经溜了。玛丽百思不得其解，为什么明明那么像丈夫却又不是呢？
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1240-1242
教学对决，小林老师vs若狭老师！白林发糖。柯哀对视创造名场面
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1243-1247
毛利小五郎接到委托，委托人在群马县，说是当地的神社闹狐妖。小五郎认为工藤这小子脑子好使就把柯南带上。在当地遇到了一个女警“雷之女神”，说到群马县就少不了山村操。两位警察因为管辖问题发生了争执
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1248-1252
都准备回去了，经过群马和长野的县界的时候遇到了长野三人组，正好三人有个案子焦头烂额，来都来了，再破个案子呗。一个与镰仓幕府有关的案件。
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1253-1255
偶遇FBI新二人组发生的事件
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1256-1258
嫌疑人是毛利兰！喜闻乐见的误被当成嫌疑人的案件。
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1259-1261
与本堂瑛佑的共同推理。一个日常案件
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1262-1266
又又又又来大阪啦，这次和叶的妈妈远山樱邀请的。和叶的爸爸告知平次有户人家收到了杀人预告函。一个与日本传统文化枯山水有关的案子。
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1267-1270
柯南偶然闯入一个发布会现场，该发布会声称他们的产品能提取人的记忆。开发者竟然是，板仓越！板仓这个姓氏引起了柯南的注意。不出意外的现场叒叒叒叒发生了杀人事件。柯南眼镜一反光心里对之前发生的奇怪事件已经有把握了。
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1271-1273
玛丽在电视上看漫才表演，一个演员衣服被扯了一下，露出了锁骨下面的痣，并且还有毛，玛丽使用柯学的眼睛认出了这个特征，觉得很可疑，就叫上柯南一起去会会这个人。这个人的长相已经和赤井务武不一样了，但看起来似乎整过容。他对过去的事情没有记忆，性格也和务武不同。务武沉默寡言，而这个人他说从某个地方醒来后，什么都不记得了，就特别想说话，所以成为漫才演员。世良认为他是务武同时也不是务武，这种情况也无可奈何，不可能相认。柯南认为与板仓越开发的东西有关。
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1274-1276
本堂瑛佑开始思考如何追求毛利兰。案件中相关人员的一句话点拨了他，他照着这么做了，失败（强如工藤新一都没有获得毛利兰的心，何况一个各方面都不如工藤新一的本堂瑛佑）
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1277-1279
顺着板仓越这条线调查，和博士、灰原哀一起拜访某个脑科学家。有一段描写柯哀在家里的生活。
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1280-1285
美国发生了某件事情（呼吸机策划的），FBI全员被调走，赤井拜托柯南保护好灰原哀。随即发生了灰原哀绑架事件。柯南独自一人前去营救，因为不想连累其他人。路上的小喽啰都不是问题，就是找到哀之后出现的人，他用尽身上所有的装备也打不过，这个人就是假务武。最后是伊织无我前来救场，假务武逃跑。
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1286-1288
柯南再次拜见鹰杖老人，确认鹰杖老人是黑组的敌人，是友军。并且他能直接指挥安室透。鹰杖老人给柯南指了一条线索，柯南前去调查，获得了假务武下一步行动的关键情报。
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1289-1293
灰原哀给柯南讲述新志初遇论。冰雪聪明的哀一直都知道，而不是需要提醒才能回忆起。他们的初遇是发生在樱花班之前，那时新一还太小记不住事，而那件事却在志保心里扎下了根。柯南感觉哀酱是喜欢自己的，自己也对她萌生了情愫。哀酱已经研制出了长效解药，可以管7天以上，且没有抗药性等副作用。
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1294-1300
银白篇。柯南联系黑田兵卫让他组织警力支援，自己磕了长效药变大之后，有希子帮忙易容成组织小喽啰混入假务武的队伍，安室透在背后提供情报支援。呼吸机老人用计逼迫安室透现身，安室透迫不得已跳出来救场，假务武说"你到底是谁，这个叛徒"。这支黑组小分队被端掉，但警方死亡27人损失惨重（放心有CP的都没死）。呼吸机老人被贝尔摩德救走（原来推婴儿车的老太太就是贝尔摩德），假务武被活捉，但是咬碎嘴里的氰化物胶囊死亡。安室透的波本生涯终结。最后在黑组总部，黑脸婴儿说话了，他很愤怒，旁边比之前年轻的朗姆声音附和着。务武篇完结。
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boss篇（1301-1412）
包括内容：boss出动、兰的成长、瑛佑的成长、佑兰CP、压箱底的本格推理事件、白鸠制药填坑、水无怜奈重现人间、彻底归化若狭老师、最终决战、后日谈。结局柯南不变回去，陪哀酱一起长大。