漫画里面说了，三周目由乃是神了，所以三周目世界不会毁灭，他和二周目的神雪辉应该可以两个世界来回跑

就动漫来说，我个人认为三周目反正要毁灭了，三周目由乃溜去二周目和二周目雪辉在一起也蛮好的。

结局已至，主旨立意明确，这种的旁枝末节其实可以忽略的，享受意境就好了
不过我也可以给你推个方向，漫画和TV结局都是由乃成神了，漫画结局两人在三周目飞向星空准备看星星，OVA结局亦然准备看星星，而TV彩蛋二人重建二周目物质世界从时间顺序上来说不会冲突（本不想提及，但不提怕是要被说漏细节），所以都是在三周目看星星，漫画结局也挺明确的其实不仅仅是看星星，还有很多很多的事要做，所以我认为二人生活在三周目，而人物（雪辉）冲突的问题借鉴9th就好［天下之大容得下9th，容得下雪辉，却容不下最初的由乃（字数有限话未说全，包括此文探讨的方向延续，若仍对旁枝末节饶有兴致我也可以弄出个冗长的文章解释）］