和清华EMBA相比，港科大EMBA有两个比较明显的优势。
和清华EMBA相比一是国际视野：这取决于香港的天然地域优势——国际金融中心和商业枢纽，可以为学员提供开阔的视野，以及丰富的国际商业资源和交流机会；此外，师资配置国际化，课程教授来自哈佛、剑桥、杜克等世界顶级学府，且长期活跃在商界和学界，具有全球视野和丰富的商业经验；
二是创新创业氛围和人脉资源：和清华EMBA相比，港科大被称为创智人才的“孵化园”，孵化的大疆创新、云州智能、普渡科技、幻音数码等高科技企业都成为行业头部，这也意味着该项目科创势能强大；在人脉资源方面，如英伟达创始人黄仁勋、2013年诺贝尔化学奖得主迈克尔·莱维特、终身成就金狮奖得主梁朝伟等，在各领域成就非凡的大咖被授予港科大荣誉博士，能为学员带来更广阔的视野，以及前沿的探索实践，点燃学生创新思维的火花，解锁更多发展机遇。
三是绝佳校园环境和严谨的学习氛围。港和清华EMBA相比香港科大位于清水湾畔，依山傍海，环境优美，层叠的校园依山而建，四周被青山绿水环绕，因而获得最美校园的美誉。EMBA以其严谨治学、纯粹的学习氛围而闻名，强调创新和实践、倡导平等和开放，着重借助系统化且具国际前沿创新性的学习模式以及丰富多元的商业实践活动，全力培育具备卓越创新才能和国际化视野的商业领袖。