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最新论文:采用新ADMIXTURE(K=5)分析法对古人进行分析

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IP属地:湖北1楼2025-06-29 23:40回复

    有一个篇论文预设标杆,仰韶、龙山、东亚各族的鬼门洞成分(蓝色)占比很大,明显不合理。
    另一个篇论文预设标杆,齐家、庙子沟成分竟然是仰韶、龙山、东亚各族的最大份额。


    IP属地:北京2楼2025-06-30 18:32
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      2025-08-04 20:09:14
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      IP属地:北京3楼2025-06-30 18:33
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        与以往的分析法不同,上述的论文采用新的ADMIXTURE(K=5)分析法:鲁北地区新石器时代人群最大化的黄色构成要素,南方人口群体中最大化的桃色构成要素、古东北亚人群中占优势的绿色构成要素、西欧亚相关群体的蓝色构成要素、西藏相关群体中最大化的橙色构成要素,只供我们参考,用于假设推测。
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        据此,中原地区仰韶、龙山、青铜时期的人群可模拟为西藏相关祖先成分与后李相关祖先成分的混合模式,可见下述的本人论断符合客观。
        E11常染标杆是最适合东亚族群的第三方常染计算器,也是最佳的统一尺度,可以避免不同的学者自己设置的不同标杆导致认识混乱。从E11常染来看,黄河上中流域人群的彝族成分略高,而黄河下游人群日本成分略高,但两者共同的最大份额是华东成分,显然源自黄淮平原农业人群,从东至西扩散分化。中原仰韶人祖源可拟为黄土高原古人群与黄淮平原农业人群的混合模式。这个树图出自2021年3月发表的《全基因组见证河西走廊人群混合史》论文,明确指出:九千年前山东小高遗址是100%纯东亚人。北方粟作农人是由68%东亚成分和 32%类Onge成分混合的,仰韶文化汪沟古人是北方粟作农人后裔。南方稻作农人是由77%类Onge成分何23%东亚成分混合的,台湾汉本遗址是南方稻作农人后裔。甘肃兰州汉族是由97%北方粟作农人和3%南方稻作农人混合的。
        《Fine-scale north-to-south genetic admixture profile in Shaanxi Han Chinese revealed by genome-wide demographic history reconstructio》一文指出:仰韶文化晓坞古人(Xiaowu_MN)是由61%北方东亚人成分和39%类Onge成分混合的。
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        上述的这两个结果暗示:仰韶文化晓坞、汪沟古人携带较多的安达曼Onge成分,与大地湾文化有很大的相关性,最可能是源自黄土高原,与青藏高原的古藏人群有密切的遗传关系。陕西仰韶文化半坡类型的源头是甘青一带的大地湾文化(以前叫老官台文化),属于早期仰韶文化(距今7000年~6000年),向中原地区强势扩张。豫西部分裴李岗文化人群融入仰韶文化中,演变为中原庙底沟类型(距今6000年~5000年)。
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        综合推测,中原仰韶人群可以模拟为大地湾人群与后李相关人群的混合类型,从新石器中期以来,一直保持稳定的遗传延续性,对于汉族血统具有一定的基因贡献。


        IP属地:北京4楼2025-06-30 18:43
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          这篇论文采用新的ADMIXTURE(K=5)分析法:鲁北地区新石器时代人群最大化的黄色构成要素,ami南岛系人口群体中最大化的桃色构成要素、恩加纳桑最大化绿色构成要素、西欧亚相关群体最大化蓝色构成要素、现代藏族相关群体中(雅江藏族、昌都藏族、那曲藏族、拉萨藏族、夏尔巴人)最大化的橙色构成要素。
          通过分析论文数据得到下面的结果:
          1、大汶口文化一直很神秘,但是这篇论文把大汶口文化暴露出来了,图中有三里河、傅家、焦家,它们和山东早期新石器文化几乎都是一种颜色,黄色构成要素占据大部分比例。
          2、仰韶文化的大河村类型和龙山文化的仰韶村类型都是橙色成分和黄色成分大致6:4,其实这就是双槐树古国的成分,并且是二里头的上游。
          3、现代汉族几乎完全没有黄色成分,我晕,这点非常颠覆,不光是对山东新石器的认识有颠覆,对仰韶文化和龙山文化的认识也有颠覆。现代汉族看起来和仰韶文化及龙山文化差别都非常大。
          4、现代一些游牧民族,比如蒙古、锡伯,还有日韩竟然全部都没有黄色成分,这点也很颠覆,日韩不是说和山东新石器成分很接近吗?为什么没有黄色?非常颠覆。
          当然作者这个论文采用的ADMIXTURE(K=5)分析法,分类是比较粗略的,不是很精细,这5个标杆成分(K=5)其实都是混合成分,也会导致一些不同族群之间的成分难以很细的区别开来。


          IP属地:湖北5楼2025-06-30 19:17
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            虽然这个分析不是哪些精细,是有问题的,但是流程是没有错误的,也能揭示一些问题。
            按这个分析来看,以山东新石器为代表的黄色常染成分,不存在于现代汉族人常染中。
            所以新石器时期黄河下游人群可能对现代中国人的基因没有什么贡献。


            IP属地:湖北6楼2025-06-30 21:49
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              G25计算器收集了大量古DNA数据,重构各省汉族的祖源混合模式,如图所示:
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              CHN_Boshan_N——新石器早期博山人
              CHN_Qihe-N——新石器早期福建奇和人
              CHN_Upper_Yellow_River-LN——黄河上游新石器晚期
              CHN_Western_Liao_River_MN——西辽河新石器中期
              CHN_Yellow_River_MN——黄河流域新石器中期,即中原仰韶古人或者鲁南大汶口古人
              JPN_Jomon——日本绳文人
              Lao_Hoabinhian——老挝和平文化古人
              RUS_Devils_Gate_Cave_N——俄罗斯远东地区新石器早期鬼门洞古人
              各省汉族/亚洲各族的血统成分,可拟为这三类古代人群的混和,结果如下:
              山东汉族:45%黄河内陆古人,40.9%博山古人,14.1%奇和古人
              山西汉族:56.7%黄河内陆古人,25.6%博山古人,17.7%奇和古人
              河南汉族:50.5%黄河内陆古人,37.6%博山古人,11.9%奇和古人
              四川汉族:60.9%黄河内陆古人,4.4%博山古人,34.7%奇和古人
              江苏汉族:55.2%黄河内陆古人,28.2%博山古人,16.6%奇和古人
              上海汉族:49.5%黄河内陆古人,34.1%博山古人,16.4%奇和古人
              浙江汉族:69.7%黄河内陆古人,10.2%博山古人,20.1%奇和古人
              福建汉族:37.1%黄河内陆古人,28.4%博山古人,34.5%奇和古人
              湖北汉族:33.9%黄河内陆古人,36.4%博山古人,29.7%奇和古人
              广东汉族:33.9%黄河内陆古人,8.9%博山古人,57.2%奇和古人
              韩国人:28.5%黄河内陆古人,63.6%博山古人,6.1%奇和古人,1.8%绳文人
              日本人:0%黄河内陆古人,78%博山古人,0%奇和古人,22%绳文人
              西藏拉萨人:25.4%黄河内陆古人,61.6黄河上游古人,0%博山古人,4.5%奇和古人
              壮族:24,9%黄河内陆古人,0%博山古人,75.1%奇和古人
              印度尼西亚爪哇人:0%黄河内陆古人,0%博山古人,100%奇和古人
              马来人:0%黄河内陆古人,0%博山古人,100%奇和古人
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              正如计算器所呈现的汉族民系,无一例外地都带有大量的黄河内陆古人成分,而且是主源。除此之外,鲁北博山古人、福建奇和古人,对部分汉族民系的形成也有大量遗传贡献,福建奇和古人主要存在于岭南和东南亚,鲁北博山古人主要存在于山东周边和东北亚(日本、韩国、锡伯),都是很好地保存了自己血统的族群。


              IP属地:北京7楼2025-06-30 22:05
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                研究团队从大河村遗址人骨中获得了2个个体的古基因组数据,其中包括一个关键的仰韶-龙山文化过渡期个体,两者分别携带Z3和R11b线粒体单倍群。通过系统分析发现,大河村遗址人群在新石器时代中晚期保持了显著的遗传连续性,他们都与黄河中游新石器时代中期农业人群和黄河下游大汶口文化西夏侯遗址人群高度遗传同质。特别值得注意的是,考古证据显示大河村遗址已经出现了水稻种植的遗存,但在其过渡期个体中,并未检测到南方人群基因特征,这一发现提示我们文化和技术交流可以在不伴随大规模人口迁移混合的情况下发生。研究还进一步探索了黄河早期农业人群对现代汉族人群形成的重要贡献,现代汉族人群约87-91%的遗传成分来自这些早期农业人群。

                为了进一步量化大河村遗址标本与黄河流域中期及后期新石器时代种群之间的遗传差异f₄统计(大河村,黄河中下游区域;亚洲东部:参考群体),这里是亚洲东部(East Asia,简称为EA)可用亚洲东部古代和现代人口群体作为参考群体。
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                值得注意的是,大河村DM228大约250年后的大河村个体(DH481)不仅维持了几乎相同的遗传特性,并且与大汶口晚期午台人群、仰韶村仰韶古人存在遗传亲和力(共同的遗传成分)。大汶口晚期午台人群的常染属于后李相关人群,而这两个大河村古人的常染最接近汪沟人群、大汶口西夏侯人群,但为什么与大汶口晚期午台人群存在遗传亲和力?论文作者用新的ADMIXTURE(K=5)分析法:鲁北地区新石器时代人群最大化的黄色构成要素,凸显出后李相关祖先成分对于中原仰韶古人、龙山古人、青铜时代人群的基因贡献,并不是孤立事件,消除矛盾。


                IP属地:北京8楼2025-06-30 23:45
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                  2025-08-04 20:03:14
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                  IP属地:北京10楼2025-07-01 00:08
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                    2024年11月的《The demic expansion of Yangshao culture inferred from ancient human genomes》预印本给出的仰韶晚期站马屯遗址古DNA共有14例标本,从中选出6个具有较多的山东后李相关祖先成分的个体,供大家参考一下,欢迎讨论。

                    这些仰韶晚期站马屯个体具有较多的山东后李相关祖先成分,表明鲁北大汶口人群进入中原地区,不只是文化交流,并且还进行基因交流。
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                    2023年03月,四川大学考古科学中心吕红亮团队与中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队等合作发表《Human genetic history on the Tibetan Plateau in the last 5,100 years》(青藏高原5100年以来人类遗传历史)的论文。该研究表明,两地人群之间不仅仅是文化上的交流,至少在4,700年前宗日遗址(青海马家窑文化半山类型)的人群在遗传上已有混合,显示受到了黄河流域古北方人群的影响。这与考古学上观察到的距今5,000年及以后,宗日遗址出现马家窑文化的因素颇为一致。这些最新的遗传学研究成果进一步细化并支持了此前考古学研究的推断。

                    青海宗日文化遗址共获得21个个体的样本数据,其中16个男性样本:4个男性个体的父系遗传标记属于O2a2b1a2-F114/F46→F2887的分支类型。11个男性个体的父系遗传标记属于N1b2-M1819的分支类型。这两类父系遗传标记与黄河中上游仰韶文化人群相关。1个男性个体的父系遗传标记为D1a1-TY12221。线粒体类型包括D4(2例)、D4i(10例)、D4j1b(1例)、G2a1(2例)、G2b2a(6例)等类型。

                    宗日遗址的各人群(Zongri4.7K、Zongri4.5k_o1、Zongri4.5K_o2、Zongri4.1K等,距今4700~4500年)的常染成分,可拟为50~60%山东新石器早期人群(距今9000年)与40~50%宗日5.1K(距今5100年)的混合模式。Zongri4.5K的常染成分,可拟为35%宗日5.1K和45%中原仰韶古人、20%裕民古人的混合模式。该研究表明,汉藏语系应该是一个自东向西传播过程。
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                    与中原仰韶古人相比,山东新石器早期人群更接近宗日遗址,表明汉藏语系应该是一个自东向西传播过程。但是,青藏高原与山东相隔千里,如果黄河中流域仰韶人群没有山东后李相关祖源,那么汉藏语系自东向西传播过程便是未解之谜。幸好,仰韶站马屯遗址古DNA具有较多的山东后李相关祖先成分,可以解谜了。


                    IP属地:北京13楼2025-07-01 14:19
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                      其实这些图都大差不差了,里边纯色人群比较能反映作者的倾向,即认为纯色人群是“标杆”


                      IP属地:广西来自iPhone客户端14楼2025-07-01 15:18
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                        不只一次东西南北混血。以古人分析最好。


                        IP属地:江苏来自Android客户端16楼2025-07-03 12:51
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