楼主好，我算是一个死忠神龟粉了，一直以来我个人始终不太在意四兄弟的长幼排序的事。理由恰好楼主在刚才的回复里提到了我的原因：长幼尊卑。其实我并不真的反对长幼顺序的考据，我反感的是在四兄弟里出现另外两个字“尊卑”。
首先，无论是滨户良收养还是老鼠师父收养也好。目前绝大部分的神龟故事里都不是从破壳时期开始叙述的，四兄弟普通的宠物龟，在没有突变之前智力也是没有开化的，他们可能真的不知道谁是确切的兄长谁是弟弟。
其次，确实，在孩童时期看87版或者玩FC游戏时，就已经有不少小伙伴开始了兄弟排行的说法。我想其原因主要有两个：第一是很多人不愿意去记忆角色的名字，就好像现在的很多人看片玩游戏对于角色也只会说出：黑毛，眼镜，黄毛，壮壮一样。记忆名字本身很困难。客观上来说，由于早期动画里听到的名字“达芬奇，爱因斯坦”，在游戏里特征不明显的情况下，特别的腰带首字母“D”和"L"你要那时的小朋友如何去理解哪个是达芬奇还是有一定混淆的。因此，“老一老二老三老四”就确实成为了快速记住并称呼角色的便捷途径。
然后回到排序话题本身。聊多尼之前，不如我们先聊一下相对“没有争议”的L里奥。在大部分版本里，L里奥纳多都担任了队长（leader）这个角色。也因此大家似乎“理所当然”的认为他是长兄。但这个逻辑里其实就相当于默认了一点：谁是兄长谁就是队长；进而第二个结论：里奥是队长，因为他是兄长。
这两个排资论辈产生的结论本身我觉得破坏了四兄弟在剧情里的底层角色关系。
因为，L里奥纳多之所以队长，并不因为他是兄长，而是因为他是里奥纳多。他训练刻苦，谦逊有礼，尊师重道，坚守隐密之道，以家庭安全为重，在是非观念方面意志坚定，遇事沉着冷静，能最快给出精准的行动指示。当然，同时，他中二单纯，喜欢英雄故事，容易自责，容易同情心泛滥，等等。因为里奥是里奥，里奥才是队长，大家并不是因为他大才听他的，而是因为大部分时候里奥的判断更值得信任才听他的。
虽然忍者神龟是一个关于东方礼教文化扎根纽约下水道的故事，但诸多版本下来你会发现其实四龟中间，遵循东方礼教的仅里奥一人，其余三人都是美国青少年内核，强行把4人关系卡进一个东方伯仲叔季顺序里要求兄友弟恭，老大的话三人都要听，老二的话三四必须听，最后弟弟要服从三哥这种框架里是根本不合适的。
R拉斐尔在几乎所有版本里，除了道场比试会压制多尼之外（其实他会尝试压制所有人），大部分时候都不会惹多尼的原因很简单，因为他绝大部分时候他听不懂多纳泰罗在说什么。他很要面子，又很在意胜负，多纳泰罗在大部分时候都是全队智囊的担当，语速快、词汇量大且用词深奥又复杂。除了87版骚话王拉斐尔之外，其他版本的“差生”拉斐尔在设定里就基本上接不了多纳泰罗的话。而不是因为他和多纳泰罗所谓的“兄弟伦理，发言优先级”而去尊敬顺从兄长”，这几个词汇几乎不存在在拉斐尔的字典里。同理，无论麦琪是不是他弟弟，他也都会欺负麦琪，但同时作战时会保护他。因为这才是拉斐尔。
就好像说，小时候以FC版本出场顺序来排序楼主觉得十分不妥一样。我也赞同，因为四个角色无论如何会有一个登场顺序，就按照这个方式来定长幼很没有说服力。但同时，楼主说的“按照戏份表现，按照作战核心地位来作为确定长幼顺序的佐证”也其实是相同的东西，同样没有说服力。
忍者神龟虽然起源是黑暗风格的黑帮暴力题材，但初代动画毕竟给后续所有作品定下了一个基调。作为在电视机上公开播放给青少年的动画，多纳泰罗作为“科技龟”始终是一个被推崇的位置的。在戏剧性来说，四只龟虽然都有自己的优缺点，但表面属性来说，L的品和D的学两点在教育意义上是更突出的，R的自我和热情，以及M的顽皮和开朗则给了小朋友很好的带入点。整个戏剧过程就是通过将4人的团结和互助，来把每一种品质的小朋友都能代入到一个互相帮助的气氛里去。去看87版的话，由于面对的敌人是制造各种怪异科学现象的科技大厦，其实D担任“关键先生”的场合更是多得多。作为03版也好，其他版也好，作为科技龟，就必然有一个相当大比例的危机是D专属的，并且另外三人在D的专场里必然只能打打下手。（每个人也必然都有自己的专场）这既是剧情的展开也是教育意义的需要，并不是兄弟长幼顺序的佐证。否则武松因为戏份更重要的角色难道也就成了武大的哥哥了吗？这之间没有联系。
此外，里奥作为队长，主要属性是指挥和决断，而不是“成为一切事件的主角”，所以该由拉斐尔解决的事就应该迅速让拉斐尔用蛮力搞定，该交给多尼就应该围绕多尼来展开策略，因地制宜，顺势利导。因材施用才是队长的职责，而不是用长幼顺序去看待，因为“你是大哥”你优先获得主角光环，你是“二哥”你主角优先权第二...至少我看到的历代TMNT没有这种剧情观念。
从片头来说，动画第一版最早出现在镜头里的是M。
87版本在介绍人员出场的顺序是：L-D-R-M。
FC时代角色选择界面顺序大致：L-R-M-D。
03版仅OP1来说，第一次四人出现的顺序是：M-R-D-L。
第二次分角色出镜顺序则是：L-D-M-R。
然后带面罩颜色出场分镜顺序是：L-D-R-M。
后期OP的上来分页出现的顺序是：M-L-R-D。
分镜出场顺序依然是：L-D-M-R。
然后03版后期op也加入了歌词带名字的出场顺序：L-M-D-R。
以及03OP曲多个版本最后落地亮相的1234顺序全部都是：D-L-R-M。
12版时op的角色出场分镜顺序是：L-M-D-R。
角色介绍环节里顺序是：L-D-R-M。
到第五季时的头带分页顺序是：L-R-D-M。
然后中间分角色出场时是：L-D-R-M。
然后四角色一起登场画面顺序是：R-L-D-M。
穿插闪烁四人顺序：L-R-D-M。
2018年师父拿出头带的顺序是：L-M-D-R。
18版展示了一个R为队长的世界观版本，也很棒。
游戏施莱德的复仇的角色选择顺序：L-M-D-R。
能在这些里看出什么规律吗？我反正是....看不出来...
所有这些关于分镜，关于选择顺序，关于头带摆放顺序，关于实力排名顺序，关于戏份比重顺序，等等的。都只能称之为“推测”，而不能称之为考据。因为考据必须是以真正呈现结果的证实作为结论，以事实资料来作为过程推导的方法。以上这些与4龟的年龄排序均没有关联。
要说，4兄弟里最在意“排位顺序”的人，可能就是R拉斐尔吧。
除了87版骚话王拉斐尔之外，其他版本的R拉斐尔都认为自己除了武力以外并没有其他特长。
D多尼擅长的东西他完全听不懂，M麦琪脑子里那些五彩缤纷的玩意他也并不能理解，就算武艺这个赛道里似乎老师也一直认为更好的是L里奥。
甚至，在单人对决里，如果允许多尼使用额外道具，他也未必能胜；在03的剧情技巧比拼了，拉菲也败给过麦琪，然后他愤怒了，被老师制止。
我知道其实实战拉菲是货真价实的强悍，但他那种技巧比试败给麦琪后的愤怒尤其让我印象深刻，因为他太需要自己的位置了，R拉斐尔很爱大家，但又很希望大家也都爱他，他认为每个人都有其他人挑战不了的特长，而自己的特长一旦变得不重要的话，他是不是就会失去大家对他的爱。因此他超在意和每一个兄弟的武力比试的结果，在他心目中，“排名”不仅是一个关乎于他在家庭地位的事，甚至可能是他是否还在“家庭”里有一席之地的理由。
我想，这就是R拉斐尔爱好者们相同的心情吧，希望自己更能有地位，有话语权，有指挥权，有大家关注的目光，其实本质上的出发点是因为想让自己在大家心中变得重要，因为，自己才是那个最离不开的人。正因为如此，R拉斐尔虽然别扭，但大家依然会非常爱他。
但想对这件事说的话，也就是相对R拉斐尔粉丝说的话是一样的，那就是：其实，排名不这么重要，无论排名如何，拉斐尔也永远是这个家庭的一份子，也永远会得到大家的爱。
他是老二心里才会有这种想法 达芬奇凭什么当老大？
毕竟作者自己就没想要解释得太明白，决定人物魅力的主要是人物的性格塑造，年龄只是很小一部分因素
