1.马尔藤·佩斯（Maarten Paes）的会籍问题
佩斯曾代表荷兰U21国家队出场，按国际足联规则已被禁止转换会籍。但印尼足协仍为其完成归化手续，并安排其代表印尼成年队出战至少8场比赛（包括世预赛关键战）。此举涉嫌直接违反国际足联会籍转换条例1710。
关键场次影响：佩斯参与的比赛中包括印尼2-2平巴林、1-2负中国、2-0胜沙特等，若判违规，这些结果可能作废。
2.希尔格斯（Rav van den Berg）的注册违规
希尔格斯于2024年9月19日才正式入籍印尼，却出现在同年8月提交的世预赛35人初选名单中，违反“球员须先具备代表资格才能入选名单”的规定。国际足联虽收到举报，但未及时处理，被质疑存在双重标准。