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个体工商户三年未做税务登记，会面临以下处罚：
责令限期改正：税务机关会首先责令其限期办理税务登记。
罚款：如果在规定期限内仍未办理税务登记，税务机关可以对其处以二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。
吊销营业执照：如果个体工商户逾期不改正，经税务机关提请，工商行政管理机关将吊销其营业执照。
此外，如果该个体工商户有应纳税款未缴纳，还需补缴应纳税款及滞纳金。如果存在偷税行为，达到一定数额或比例，且具有逃避缴纳税款的目的，可能构成逃税罪，需承担相应的刑事责任