先说结论：研究所被摧毁的原因就在于它位于郊区，如果它位于都市反而不会覆灭。
仔细分析锁妈摧毁研究所这一剧情，会发现很多自相矛盾的地方。首先郊区本就不属于首脑的管辖范围，而脑叶公司可以在都市存在也说明研究所没有违反禁忌，首脑没有任何理由来管研究所。其次首脑的作风在都市一直“像自然规律一般”，触犯禁忌格杀勿论，不违反禁忌秋毫无犯，也因此贾母才敢利用首脑。但这与研究所剧情中锁妈的表现大相径庭，锁妈不仅跑到了郊区的研究所，还意义不明地把异想体全放了出来，把红姐打残后又突然放红姐走，可谓捉摸不透。
一个主流解释是锁妈图研究所只是顺手的事，不属于官方行为，但图书馆结尾剧情又表明首脑是故意的。似乎首脑对脑叶不是不想管，而是不能管。有人认为这是由于牢A找到了躲眼线的方法，但牢A在都市里光明正大地打烟战，甚至当了翼老板，就算首脑找不到A，阻止脑叶公司成立总做得到吧。而首脑无动于衷，十分奇怪🧐。
一个合理的圆这段剧情的方法是：首脑其实和都市人一样，面临着某种规则的制约。这些规则可能包括：执法时不得伤害无辜人员（H公司）；执法时必须具备充足证据（脑叶公司）；执法时罪行必须无可挽回（安吉拉）。这些规则和都市禁忌一样，仅在都市有效。也就是说，在郊区首脑可以无视这些规矩甚至无视是否违反禁忌随意出警。
总结：首脑这一团体可能由于某种动机（如认为光之种可能改变都市生态等）派出加里翁摧毁郊区的研究所，但失败了。之后牢A躲着眼线潜回都市，而在都市中首脑无法随意给牢A定罪，给了AB发动烟战并创立脑叶公司的机会。虽然首脑一直监视着脑叶公司，但由于牢A把总部藏得很深，首脑找不到脑叶违法的证据，最终导致光之种计划的完成。所以回过头来看，如果当时研究所建在都市内的话，可能就不会有事了。（真是灯下黑啊）