开头也是林克和塞尔达公主一起寻找某个东西。然后因为恶魔复活的原因 塞尔达公主变成光封印恶魔消失了。但是导致了天地异变。恶魔的瘴气腐蚀海拉鲁平原。接下来因帕告诉林克。塞尔达公主的灵魂不在海拉鲁。而是在现实世界。2025年的日本东京某个初中女生身上。要想找回塞尔达公主。林克必须想办法去现实世界以普通初中生的身份和那个初中女生接近。