先说总体评价：我认为这就是一坨五彩斑斓的答辩。
它在框架设计就有问题的前提下，为了将各种要素融进剧情里牺牲了太多，包括剧情的合理性以及人物的塑造。以至于后期疯狂打补丁也圆不回来。
首先简单讲下这个游戏的背景，总结就是人类瞎搞导致地球撑不住了，人类在紧急情况下造了个月球状的宇宙飞船，游戏中称之为人造天体。然后乘坐它来到了第二地球，游戏中称之为弗特卢姆。人类的本意是来弗特卢姆继续种族繁衍，然而他们到了才发现弗特卢姆有本地人类和文明，此时人造地球的寿命已经不足以支撑至找到下一个合适的定居星球了。且地球人和弗特卢姆人的语言不通，于是种种原因下，人类最终选择了开战，用武力消灭弗特卢姆人占领该星球。
开战前人类的情报是弗特卢姆没有军队和武力方面的科技，而人类已经进化到星际航行时代了，打起来应该是一边倒的碾压。但是开战后人类发现自己的情报员是盟军的。弗特卢姆人虽然确实基本没有武器，但是部分弗特卢姆人有异能，游戏中称之为异血/我驱力。拥有该能力的弗特卢姆人被称为英雄，他们的能力各有特点，但是都具备一项特性就是物免。正所谓要用魔法打败魔法，英雄只会受到异血能量伤害，不具备异血能量的什么枪炮对他们都是无效的。正因如此，战争持续了很久。根据游戏中的说法，共进行了13次大型战役。而在此期间，人类偶然抢到了一个拥有超强力异血的婴儿，该婴儿被称为神之再临/圣婴。以他为基础人类开始了对异血的研究。最终结果就是以圣婴的基因复制出了特别防卫队这十几个人造异能者，他们由于是人造的，所以异能有缺陷，没有物免能力。此时是第十三次战役期间，人造天体的寿命还有200余年，这十几个人造异能者被造出来以后就在人工培养仓里进行成长（他们自己不知道，该段记忆被消除并改造了，他们以为自己过的是正常生活）。
当他们成长至高中生的年纪，17岁左右（过子和今马是初中生年龄）时，人类试图毕其功于一役，用圣婴的能力烧光弗特卢姆星球上所有的生物。为此需要将圣婴放回弗特卢姆星球上进行蓄能储存，该过程需要100天，而特防队的任务就是保护圣婴100天。弗特卢姆人在此期间不想被灭绝就会玩命的来攻打。这个守卫雅典娜的任务进行的场所就是最终防卫学园。

其实光看这个背景就已经槽点很多了，我姑且列出来，一条条说：
1. 根据游戏内信息我们可知，人类有人造异血战士的能力，甚至人类可以克隆出残缺的圣婴，用以进行最后的充能（SF篇跳跃到推理线上，结果发现不灭之火导弹充能完毕了，之后说的这番话）。那我想请问了，人类为什么这么急着实施这个计划？人造天体的寿命明明还有二百余年。在此期间为什么不能多攒一些兵？你的科技水平足够，具备生产能力，且有成功的先例，你多攒一些兵难道不是胜算更高吗？
当然，如果你跟我说是生产资源受限之类的，那我不挑你理，外星异能克隆这个设定确实也有解释的空间。可是为什么SIREI连这种人造的机器人都没有备份？要知道SIREI内置装载有全人类的思维模式，它了解这个计划的一切背景和真相，也负责在必要时刻采取包括洗脑在内的一切行为以推动和保证该计划的实施，可以说是计划实施必不可少的存在。然而这个机器人又脆，还没有备份，以至于一周目它被一刀砍了以后这个计划直接都快崩了。
这些高中生年纪的孩子啥也不知道被派过来，然后上来先让知道全部或部分真相的机器人和雫原比留子全部下线。就是为了让他们内讧，然后和好以融入友情和羁绊的要素。一个SIREI，一个NIGOU，按基本逻辑讲，根本不可能连一个备份都没有。甚至于后者还被下了强制自爆任务。你有这个闲钱让机器人自爆，不如多整几个出来放在最终学园以保证计划顺利推行。反正你那个自爆也干不掉维西涅斯。

2. 人物设定不合理。按照游戏内的原话，该计划是全人类最后的希望，就这种计划你居然只派几个没有受过任何军事训练的高中生来干？事前他们没有受过任何培训，没有做过任何心理准备，只有几个人具备一定的战争相关能力（面影的生物学、川奈的机械），可也只是基础能力。而负责统领和协助他们的机器人更是连个备份都没有。这叫最后的希望？你说这是早上起来在迷蒙状态下用脚后跟想出来的计划还差不多。无论是在洗脑过程中给他们灌输相关知识，还是在他们出来后先培训一段时间，成功率不都比直接把人扔上去高吗？要知道这波要是失败了人类就没有圣婴了呀，想再搞一次都不可能了。咱就是说，你的人造天体明明还有200年寿命，难道这点时间都等不得吗？说穿了，就是为了让这些孩子在毫无准备的情况下上阵，以引出后续的人物成长。例如部分人从怯战到敢于战斗，部分人从互相怀疑到相互信任。可是你这个人物成长明明可以，也应该在正式执行任务前就做到的。没头没脑把人扔过去，这不叫任务急切，这叫草率。
（至于那个残缺圣婴克隆体，如果它也能独立完成该任务会产生更大的BUG。事实上它能充部分能量已经很扯淡了。别的不说了，你就把它扔到最终防卫学园一起充能，就算它只能充部分能量，难道俩不比一个充的快吗？这个计划难道不是越快充能完毕越好吗？哪怕只能节省1天时间，甚至1小时都是绝对的利好啊。）
3. 如果说前面还只是设定问题，还有办法强行解释的话，这第三条绝对是我自己都找不到解释的空间了，这也是我最不能忍的。那就是，这个最终防卫学园，为什么内部连个TM监控摄像头都没有？我TM上小学的时候学校都知道在教室里装个摄像头。一是尽量避免意外，二是事后有据可查。然而这个最终防卫学园，攻防一体的存在，所谓的人类最后的希望，连个摄像头都没有？你说为了尊重个人隐私，厕所、宿舍等私密地点没有我还能忍，楼道里，各个房间，连一个摄像头都没有。这个设定唯一方便的就是搞事的，导致一旦楼里发生了什么就是一群人把整个楼搜一遍然后屁用没有，啥也没发现。等一群人放松下来，那个罪魁祸首就又不知道从哪个犄角旮旯冒出来继续搞事了。而上述这个流程重复了无数次，让人在审美疲劳的同时也极度无语。
以上只是几个框架上的问题，说白了，你设定这种宏大情节的时候，你一定至少要保证框架不出大问题。可是如果框架没有大问题这个故事根本就不成立。所以没有办法为了让故事成立，必须牺牲合理性。诸如此类还有一些小问题，我就不多谈了，总之就是这游戏里，复活机是时好时坏的，人物关系也是时好时坏的，队员智商是时高时低的。美其名曰为了让特防队员能拥有在各个环境中战斗的能力，实际展现出来的就是一帮问题儿童。统率全队的队长是个弱智，而全队智商最高的是个反人类，操控全局的机器人上来就下线了，从一般角度看这队伍简直都完了都。如果不是对面也是一堆奇葩，十几个部队长不一起上非要一个个带队送，这计划连一周目都不可能完成。
其实本来还想说更多问题的，例如鲜血淋漓篇里的叽究竟是哪来的，那玩意明明都被封印在灾祸之匣里了，怎么就能莫名出现在侵校生基地。明明出现在侵校生基地了，那地方都被杀光了，怎么不就地产卵还非得跑到学园里大闹一通（可以加个设定无法在侵校生体内产卵，虽然很扯淡吧）。还有那个过子G，一会儿身体能力爆表上蹿下跳，一跃能飞个十几米高，一会儿连个患重度PL障碍的家伙都打不过（当然你也可以解释为轻敌、肾上腺素爆发之类的）。还有按设定来讲，明明特防队最后全活就能打破时空循环，那为什么幸运之匣和坠入爱河都是全活却还在循环里。如果这不是官方全活结局那它存在的意义是什么？等等这些本来一边玩一边吐槽的。但是这些小问题硬要圆也还算能圆回来，在大框架都有问题的前提下纠结这些也没什么意义了。

怎么我120小时连不鲨苍神的线都没走完你们就已经全成就了啊

别想太多了，这游戏设定是完全崩坏的，主打的就是多编剧各写各的，主创小高和打越也没有统筹能力。
就很像大学老师布置了个小组作业，然后小组里的组长只负责作业分下去，然后收上来之后完全不整合润色