船长室秘密钥匙能开特定房间或密室，比如挂着船长肖像的房间，进去后能拿高级装备、道具等好东西，对提升战力有帮助，还可能推进剧情，是获取稀缺资源、解锁内容的关键道具。

在《命运方舟》中，船长室的秘密钥匙可用于开启特定的宝箱或进入船长金库，以获取珍贵资源和奖励。
例如在一些航海合作活动中，玩家收集特定钥匙后参加航海关卡，使用钥匙开启宝箱，有几率开出冒险物地图。此外，完成特定任务、提升船长等级、解锁船长技能或满足其他特定条件后，也可能使用秘密钥匙进入船长金库，获取其中的资源。