逐字拆解标题
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我们先来看英文标题，Fossilized Wonders，我对这个英文标题的翻译是“凝结成石的奇异”，很显然指的是故事的核心：“异变石”。
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对于“锦”，在汉语中，锦指的是华美的纺织品，引申为多样而美好的事物。在《锦上京》的语境下，我认为这个“锦”字指的就是“异变石”。当然了，由于是灵梦和魔理沙两位主角带着异变石前往解决异变，因此也可以引申说主角二人为“锦”。不重要，反正肯定和异变石脱不了关系。
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对于“京”，无论是日语还是汉语，“京”指的都是首都，“北京”是北方的首都，“东京”是东方的首都，“京都”是做为首都的都城，无不如此。而对于日本人来说，首都这个词还有另外一层含义。一个可能大家不知道的冷知识是，日本宪法中是没有首都所在地这个概念的，日本天皇住在哪里，哪里就是首都，现在天皇一家住在东京，那东京就是首都。而类似《卯酉东海道》中“神龟迁都”这个概念，其实说得通俗一点，指的就是天皇一家搬家了。
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对于“上”，有了上述的分析，其实已经有了一个大致的答案了。就像《鬼形兽》的“形”成为了题眼“人形→偶像→袿姬”，《兽王园》的“王”则是“寂灭为乐之王→残无”，那么《锦上京》的“上”，指的也是本作的最终BOSS，居住在“京”中的“上”，幻想天皇。
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如果说幻想乡是一个偏安一隅的乡村小镇，畜生界是弱肉强食的经济中心，月之都和外面世界是神秘莫测的海外国度，那么“京”毫无疑问就是政治中心。
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“锦上京”，就是灵梦和魔理沙带着幻想乡中的特产进京面圣的故事。
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沿着这个思路继续设计的话，很容易得出结论，5面BOSS就是负责照管天皇一家生活起居的“宫内厅”了。考虑到幻想乡的实际情况，这位5面BOSS的身份大概会是一名巫女。如果《儚月抄》是STG故事的话，可以假定6面是月夜见，5面就是绵月依姬，身为巫女和神的月之使者。平移一下设定，就可以想象在这个思路之下的《锦上京》的架构了。
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而5面BOSS是巫女的设计，也具有类似《风神录》的效果，和“重开新章”的思路有着某种刻舟求剑式的相符。

故事的所在地
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《兽王园》中提到，圣域这个名字的由来，是因为这是第四槐安通道在幻想乡的路口。这句话对，但是不一定完全对。确实，第四槐安通道是通过梦境世界连接幻想乡与月之都的路，然而梦境世界并不是只有一条路，进入其中之后也不是一定只能前往月之都。
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在游戏画面截图中，下方的森林上空，漂浮着一层淡黄色的六边形花纹，如果结合第四槐安通道与梦境世界的设定，这个花纹是否起到了和《绀珠传》3面、EX面中那个花纹同样的效果，也就是暗示这是梦境世界通道的延伸呢？
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考虑到这个设定是清兰说出来的，而清兰只是一只月兔，她在击败孙美天后说出这个设定，有可能只是假借了真正的“京”的名号。
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从这个角度来说，我们也可以理解圣域难进的原因了，因为这就是幻想乡进“京”高速路的收费检查站。
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至于这个“京”究竟指的是什么，我们可以参考游戏标题设计，也就是在那个长着眼睛倒三角上，浮现的城市天际线。如果我们认为“锦上京”就是一个地名，那么直译过来就是“云锦上的京城”，结合标题画面的蓝天白云以及龙的纹样，ZUN直白而迫切地将我们的思考方向指向龙宫城。倒三角给人一种要石的感觉，而中间的眼睛则符合共济会那种在高处俯瞰一切的思考方式。天界高悬天空，也符合“上”字做为方位名词时的含义。
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从《地灵殿》的地狱到《星莲船》的天空，过渡的过程既剧烈又精彩，而我们刚刚经历了从《鬼形兽》到《兽王园》的地狱之旅。一切信息都在指向一点：本作的目的地是天界。一位不老不死尊为天人的天皇住在那里，那里便成为了“京”。

故事的核心是故事
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目前的信息中，最大的疑点就是，异变石这个东西究竟是怎么来的。
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如果说《幻存神签》是整理了东方Project从《红魔乡》开始至今的全部角色，那么《锦上京》就是整理了从《红魔乡》至今的全部“异变”。就像“没被《幻存神签》收录的角色可以开除角色籍了”一样，没被《锦上京》收录的，也可以开除异变籍了。
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而众所周知，从《红魔乡》到《兽王园》，一共经历了14个整数作，而异变石只有8种，而在整个故事序列中还夹杂着小数点作，也就是说，至少要有6个整数作，不能算作异变。这就说明，搞出这个异变石的人，十分清楚幻想乡中发生的事，她从幻想乡过去发生的骚动中精挑细选了8个，凝练成了异变石。
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异变已经过去了许久，就像英文标题所说，是凝练为石的奇异。异变本身已经失去了力量，成为了化石，讲述着过去发生的事。是谁为这样的化石注入了新的力量，又为何要这么做呢？
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核心在于，为什么一定要异变石，才能叩开圣域的大门？
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我认为这因为，制造异变石的人，想要让人带着异变石，前往圣域。圣域连接着“京”，“京”中居住着“上”。
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“上”是什么人？是不老不死、脱离了一切低级趣味、无欲无求的天人。
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无论她有着什么样的过往，她在天界的长久生活，终究会归于一点：
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无聊。
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还记得《绯想天》中天子为何要掀起异变吗？因为她无聊，她看到幻想乡的居民玩着符卡战斗的游戏，她十分向往，于是发动异变，参与到了幻想乡之中。
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“上”虽然无聊，但她不低俗。她视若珍宝的，是故事，故事是治愈无聊的良药。
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而之前发生在幻想乡、如今已沉淀为化石的异变，就是精妙绝伦的故事。
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现在，“上”想要故事，或者有人想要向“上”献上故事，于是就发生了“故事凝练成关键、指引者解决异变的专家带着她们的故事踏上旅途”的故事。
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是的，新的异变也会变成新的故事。
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东方Project的三十周年，故事已经走过，故事正在发生，故事仍在前方。
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《锦上京》的故事才刚刚开始。

六神深夜放毒啊
感觉真这么写也挺有意思的

感谢楼主的分析，感觉确实很有说法。

有意思，但我个人保持悲观，不会和月之都有任何关联了，估计会冒出新角色

个人猜测
平城京，是奈良时代日本的政治中心。桓武天皇即位后先后迁都到长冈京和平安京
长冈京是桓武天皇原计划迁都后的新都城。公元792年爆发了特大洪水，长冈京左京被淹没。频繁的洪涝被认为是早良亲王的怨灵作祟。
且 上和城 日文读音一样 也是一种暗指
那么这次黑幕可能和早良亲王有关
天平宝字五年（761年）早良亲王在平城京东大寺出家，因此被称为“亲王禅师”
“日本三大怨灵”分别指平将门、菅原道真和崇德天皇，早良亲王一般不被纳入此体系中。不过一些作品中也有加入了早良亲王的“日本四大怨灵”的说法。
6面原型早良亲王 将平城京 一起拖入幻想乡 灵魔从圣域进发 进入旧京平息怨念

好诶

非常好猜测

封面有龙，有人考据锦上京可能其实是暗指平家物语的波涛之下亦有皇都，那我奶个抱着草薙剑跳海的安德天皇吧，传说里小天皇跳海后成为龙神前往了龙宫，而东方龙宫就是月之都，浦岛太郎也是在海里到的，结合圣域按清兰的说法本来就是因为能连接到月都才叫圣域，还是奶一口这次黑幕是月都的

气氛上确实会让人觉得这次的主体是天界、“天上京城”，然后是有千丝万缕联系的月之都，以及怒刷存在感、万年背景板的龙神，“故事的故事”也算是这个世代脍炙人口的主题了，很容易触动人。
另一方面，我个人认为异变石还有“过去”“回忆”的象征，这些概念对幻想乡有其独特含义，而与相对应的概念是“未来”，相对应的地点是“否定神秘拥抱科学的外界”，加上标题画面那点点暗示，所以说不定有万分之一的概率，是要讲一个颠覆性的科幻故事，毕竟科学高度发展的人类，也能把自己的城市发射到云端之上的宇宙——好吧，有点跳脱了。
无论如何我还是很期待一个东方风格浓烈的，如同自由翱翔于天际的晴朗故事，大气磅礴的新篇，再加上“龙之泪雨，化作回忆”的纪念情绪，会很感动吧。
不过，我对“天皇”这一类的概念会不会直接地作为角色出现在东方里保持怀疑，毕竟ZUN一直倾向于让“最大人物”保持存在感但不会亲自抛头露面，就比方说月夜见。

牛

所以特地强调长眼睛的倒三角呢