承接第一部的结尾，史蒂夫拿到箱子以后，回到了主世界。现实世界过了一年，某天，一个小村民从门里逃了出来，找到了当上现任校长的绿袍尊者，而主角亨利这时也来到校长室，原来，这过去的一年中，史蒂夫不断的用自己的创造力建造新的机器，可是渐渐的，为了效率，史蒂夫开始不择手段。“生电会让人丧失人性“。史蒂夫建造了巨大的村民繁殖中心，强迫村民不停的生孩子；建造了巨大的村民交易中心，村民们被困在这里日夜不休，强迫他们卖最低价格的物品，否则就要被僵尸攻击；正义的铁傀儡也一出现就变成了铁锭。曾经的反派，灾厄村民们沦为了绿宝石的来源；地狱建立了巨大的猪人塔；末地的末影人们也只能沦为末影珍珠和经验的来源；就连最强大的凋零和末影龙，一个变为了刷石机，另一个则一被复活就被一根从天而降的箭射死。听完这些话，亨利召集了之前的同伴们，想知道为什么史蒂夫会变成这个样子，于是找到了原来史蒂夫的住址，见到了艾莉克斯。艾莉克斯听说了以后，也觉定加入进来。等众人到了主世界，见到了人间炼狱一般的惨状后，想要阻止史蒂夫。一开始还想换回史蒂夫的人性，结果发现史蒂夫甚至可耻的奴役了蜜蜂。主角团们愤怒了，不断的攻击史蒂夫，将史蒂夫打下了深不见底的岩浆池。在结局最后，亨利找到了史蒂夫的皮箱，发现里面躺着一块橙色的，有着不断闪烁的九宫格的方块。
然后第三部的预告就是：亨利利用了自己的聪明才智，发现了这个方块的强大用处，这个方块拥有着神的力量，亨利抬起头，看着相册里的妈妈、姐姐和自己的合照，若有所思。