～終わる：动作的单纯结束（動作の修了）
～上がる：动作彻底完成，并达到最终状态（作業活動の完了）
举个例子，「ご飯が炊き上がった」这里强调米饭完全煮熟并达到可食用的状态。
并且～上がる不能接持续性动词，因为这些词没有明确的完成状态。
顺带一提～上がる/上げる还有一个「極度」的用法，意为“将动作进行到极限”。例如「小説を読み終えた」单纯指书读完，而「小説を読み上げた」表示“投入很大感情、彻底地读完了”。
～切る：也表示彻底完成，强调动作结果，但要用于动作实现起来有困难或很重要的时。
给你补充两个：
～抜く：表示“经受着痛苦”把必要的行为过程做完，强调过程
～通す：表示不放弃，不改变想法，把某一过程坚持做到最后
后面这三我记得标日上好像一起讲过

終わる，一般和动作动词（他動詞）构成复合词，言い終わる･食べ終わる･洗い終わる･払い終わる・読み終わる。。。它强调的是动作的完成。
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上がる，只和几个特定的动词构成复合词表示结束，并且与料理相关的居多：煮上がる；炊き上がる；茹で上がる；焼き上がる；刷り上がる；編み上がる……并且这些词基本都已经成为独立词，在辞典上都可以查到：仕上がる；出来上がる。。。它强调的是作品的完成。
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切れる，如：売り切れる；食べ切れる；它构成复合词，强调的是物品没有了，被卖光；被吃光。。。以及能否坚持到最后：断り切れない；待ち切れない。。。