在《X4：基石》中，部分MOD武器NPC会使用，而有些则不会，主要取决于MOD的具体设计和功能。
如果MOD只是对游戏中现有武器的属性进行修改，如伤害、射程、射速等，通常NPC会使用这些修改后的武器。因为游戏的AI系统默认会让NPC使用符合其角色和行为模式的武器，只要武器在游戏的武器系统框架内，NPC就能够识别并使用。
然而，如果MOD添加了全新的、与游戏原武器系统差异较大的武器，或者改变了武器的使用逻辑、装备方式等，NPC可能无法使用。这是因为游戏的AI可能没有被设置为识别和使用这类特殊的MOD武器，需要MOD作者专门编写代码来让NPC能够使用新武器，但并非所有MOD作者都会进行这样的设置。例如一些添加了科幻风格独特外观和攻击方式武器的MOD，若没有配套的AI设置，NPC就不会使用。