永乐四年（1406），张宇初奉旨编修道藏。
书未成而卒于1410年。
其弟张宇清继任其事，
至英宗正统十年（1445)编成《正统道藏》。

后来明神宗又命第50代天师张国祥主持编修《万历续道藏》。
这部明代《道藏》共收入各类道书1470余种，5485卷，
是迄今唯一保存完好的道教经书全集。

明代正一道虽受朝廷尊宠，
但其上层道士因贵盛而腐化。
例如43代天师张宇初虽有才华，但在建文帝时“坐不法夺印诰”。

第46代天师张元吉横行乡里。
《明史》卷299说他
“素凶顾，至僭用舆服，擅易制书，夺良家子女，逼取人财物。家置狱，前后杀四十余人”。
有司奏其罪状，明宪宗会集百官廷讯，论处死刑。
但只坐牢两年，免死发配肃州军。

第48代天师张彦頨，迎合明世宗求仙好道，
遣其徒十余人至川滇采取遗经、古器，进献上方，
又以蟒衣玉带贿赂地方官，
被云南巡抚欧阳重参劾，世宗竟不查问。

正一天师的不法劣迹，招致儒臣抨击。
穆宗即位之初，
吏部主事郭谏臣奏请革除正一真人世袭封号。
穆宗听从建议，
改授第50代天师张国祥为龙虎山上清宫提点，降秩为五品。
但是不久之后，
张国样又交结权臣冯保，于万历五年（1577）恢复正一真人封号。

总之，
明朝正一道上层堕落。
《明史》卷299称：
“张氏自正常以来，无他神异，恃符箓祈雨驱鬼，间有小验。顾代相传袭，阅世既久，卒莫废去云”。

满清贵族兴起于关外，入关后重视利用儒学治国，
对道教虽仍予以保护，但远不及明朝那样尊崇。

清初顺治、康熙、雍正三朝，
为笼络汉人，对道教还略有重视和利用，依明朝旧例封赠正一真人。

顺治八年（1651），
第52代天师张应京入朝觐见，
敕授正一嗣教大真人，掌天下道教事，给一品印。

顺治十二年（1655)，
第53代天师张洪任入觐，袭封大真人，
并敕免本户及龙虎山上清宫各色徭役。

康熙三十三年（1694年），
康熙皇帝命第54代天师张继宗进香五岳，祈雨治河，
康熙四十二年（1703年），
张继宗袭封大真人，授光禄大夫。

康熙之后的雍正帝笃信禅宗，对道教方术亦感兴趣。
他认为禅宗讲明心见性，道教炼气凝神，与儒家存心养气之旨不悖，
且其教皆主于劝人为善，戒人为恶，亦有补于治化。

雍正五年（1727)，
第55代天师张锡麟入觐，
依前朝旧例袭封大真人，授光禄大夫。

雍正皇帝晚年多病，
河东总督田文镜推荐白云观道士贾春芳入宫治病。
因贾大言妖妄，依大逆罪处斩。