在主角的帮助下，维纳斯的信徒们找回了水仙花的力量，帮助维纳斯恢复了本来面貌。
接下来，米歇尔净化成功。
冥王乌希尔出现，开始考验主角。
从后，科尔顿回归，并告诉了主角拯救重泉的方法。
经过科尔顿的考验后，主角在科尔顿和三位女神的帮助下，打败狄瑞吉，拯救了重泉。
而虚空派则带着狄瑞吉的碎片与幻妖五怪一起前往千海天，准备破坏天之印。

经过科尔顿的介绍，主角得知千海天内还居住着另外两位女神，其中一个是雷米迪奥斯，还有一位是可以操控火元素之力的女神。
她们与之前的三位女神，正是神界元素之力的源泉。
而虚空派正打算利用，光女神和火女神之间的某些关系在千海天搞破坏。

主角团首先利用米歇尔的光之力，通过了雷米迪奥斯的考验。破坏了虚空派挑拨离间的诡计。
接下来，玛尔回归，帮助主角拯救火女神。这里会牵扯到一部分虚祖秘术（清夜返场）以及龙族（巴卡尔遗产再次起作用）的内容。
拯救火女神后，在三隐者和五女神的共同帮助下，主角击败洛佩斯以及外神的分身，并修复了天之印。
赫尔德的计划再次破产。

修复天之印后，主角收到维纳斯的邀请，与科尔顿一起研究古代图书馆中的上古预言，并且在其中发现了一些与异能者相关的内容。
但是这些内容并不完整，剩余的部分存放在另外一只离开神界的天帷巨兽身上。
此时，重泉之下的世界出现异动，与巴卡尔的遗产再次产生共鸣。（此时一个以龙族为模板的职业登场）
主角与船长一起乘坐圣者之鸣号从重泉向下，来到了永恒大陆。

在永恒大陆，主角再次遇到麦瑟。
主角开始与麦瑟等人调查古代图书馆中的内容和异能者之间的关系。
主角在永恒大陆发现了龙族留下的遗迹，以及另外一个人造神的信息。

最终经过确定，这个人造神就是巴卡尔的容器。
随后，就是老生常谈的，赫尔德又出来捣乱，再次被主角收拾掉。

永恒大陆的剧情过后，主角继续去寻找上古预言书的内容。
在调查过程中，发现了暴戾搜捕团的踪迹（是杀害艾泽拉的那批人）。
主角发现，暴戾搜捕团与人鱼族以及GBL教的残部合谋，要在天空之海复活罗特斯。
然后就是，主角在天帷巨兽的图书馆中找到了预言书的剩余部分以及异能者的具体信息。
主角利用预言书的信息打败了复活的罗特斯。

打败罗特斯后，主角回到阿拉德。这时斯卡迪传来信息，帝国又要搞秘密实验。这次玩的是大的。
赫尔德再次返场，利用巴恩收集的使徒气息，继续搞破坏。
在义军和帝国内部人士的帮助下，主角击败实验品，破坏了赫尔德有一次阴谋。
巴恩不肯放弃，想继续整活。在相关人的请求下，主角利用预言书中的信息，帮助巴恩复活了艾米丽。从此，巴恩洗白。

帝国皇帝在天界残部的配合下，利用剩余的使徒气息结合天界科技，搞出新的实验体，进行最后一搏。
主角在巴恩的帮助下，打败实验体，破获了帝国的阴谋。帝国皇帝领盒饭，三公主最终登上帝位。帝国的威胁解除。

设计成帝国本来就有一个人造神的残骸只是没有意识，帝国通过研究这具残骸得到了转移之力，后来发现使徒气息能激活残骸于是让手下人收集使徒气息怎么样？

千海天不是根源在搞事吗

写✍🏻的好

没有黑眼根源的剧情就毫无意义了。你应该多看看漫画的剧情再来预测，不看漫画内容显得你的预测很不靠谱。不管是动画cg还是漫画剧情，一直都在暗示黑眼根源。虚空派和妖怪只是互相利用，妖怪并不一定想破坏天之印，虚空派的boss是黑眼根源，黑眼根源为了找到赛利亚，所以要破坏天之印，天之印最开始的目的就是遮挡这些人的视线不让他们找到赛利亚。至于赫尔德，赫尔德在神界才第一次认识洛佩斯开始合作，现在没心思在神界，要去面对索爷，洛佩斯虚空派这些都是存在了很久很久的，神界赫尔德能参与的地方太有限了。关于米歇尔，奥黛丝对冒险家说过。有一个预言，不久会有一场大战，需要米歇尔的帮助，明显就是要面对黑眼根源了。奥黛丝也说过，不管是乌希尔还是雷米迪奥斯，都在以自己的方式在行动。乌希尔也跟冒险家说终末正在靠近。漫画的剧情卡西利亚斯带着希洛克的手下也已经在往千海天方向移动为黑眼根源铺垫的太多太多了，千海天必是神界众神+米歇尔+卡西利亚斯等等等等共同去面对可能降临的黑眼根源

比韩服策划写得好