有关南樵的研究成果不断刷新。2016年，考古工作者根据文献记载，在南樵东南麓半山腰整体挖掘出莲洞书院遗址。时任广州市文物考古研究院副院长的易西兵介绍，之所以确认该处是莲花书院遗址，是因为在已清理的莲洞书院出土遗物中，有一件刻有“乙巳春泉翁（書）”的红砂岩残碑。湛若水号甘泉，碑刻中的“泉翁”指的就是他。“乙巳”是年份，为明嘉靖二十四年（1545年），与文献记载的莲洞书院建于嘉靖年间相吻合。另外，书院的布局结构也与湛若水的《娥眉山莲花洞开创书馆记》的记载吻合。
　　2023年2月21日，历时三年施工建设，莲洞书院遗址保护与展示利用项目顺利通过竣工验收，工程基本完工。湛若水历史上创办的40余所书院中，“莲洞书院”遗址是目前唯一经过考古发掘且保存完整的重要遗址。莲花书院建设项目包括讲堂、先贤祠、正堂、甘泉广场、牌坊等主体功能建筑，项目的完工将为国内外研究、展示、宣传甘泉文化提供最重要的载体平台。