在《新世纪福音战士 终》剧场版中，蕴含着深刻的主题与复杂的人物情感脉络。庵野秀明一直强调的“不要逃避”主题贯穿始终，而这一主题在主角碇真嗣的成长历程中体现得淋漓尽致 。
碇真嗣在故事发展过程中面临着补完计划这一重大抉择。真嗣起初对明日香有着特殊的情感，在TV剧中他们之间有过亲密的举动，比如两人曾有过亲吻。在剧场版里，真嗣进入了明日香的残境，在那里，明日香倾诉了自己的心声。这些经历让真嗣逐渐成长，也让他开始重新审视自己的选择。他最终放弃了补完计划，这一决定正是他“不逃避”的体现，他不再逃避自己内心的真实情感，不再逃避与他人的羁绊。
在故事中，还有一个重要角色加持良治。在TV剧的结局里，加持良治与真嗣相遇。在剧场版的剧情中，真嗣捏死了渚薰。渚薰是一个极为特殊的角色，他有着复杂的身份和使命。在真嗣捏死渚薰后，渚薰也成功完成了补完。在补完后的新世界里，渚薰与绫波丽在一起。
明日香的经历同样令人唏嘘。明日香的母亲从事EVA相关研究工作，由于研究过程中的种种原因，她的精神逐渐崩溃，患上了神经病。这一家庭变故成为明日香人生的转折点，也成为她选择成为EVA驾驶员的重要原因。悲惨的童年经历塑造了明日香看似坚强、实则内心脆弱的性格，也正是这样的性格，让她与真嗣之间产生了独特的情感联系。倘若没有这样的经历，她与真嗣或许不会产生如此深厚的羁绊。真嗣珍视与明日香相处的美好回忆，即便在不同的世界线中，这份记忆也深深烙印在他心中。
而在补完后的新世界里，明日香的生活轨迹发生了巨大改变。由于没有EVA相关事件的影响，她的母亲或许会过上截然不同的生活，明日香也不会再是曾经那个被痛苦童年束缚的她。她不会拥有与真嗣相处的那段记忆，也无法再与真嗣相见。但真嗣会永远保留那份与明日香共度的美好记忆。
从哲学角度来看，这一故事与哲学家尼采提出的“永恒轮回”概念有着奇妙的契合。尼采认为世界是一个无限循环的过程，事物和事件会无限重复。在《新世纪福音战士 终》中，角色们的命运似乎也陷入了一种轮回。碇真嗣放弃补完后，选择和真希波在另一个次元继续战斗，这仿佛是一种新的轮回起点。就像尼采所说的，他们在不断重复的命运之轮中，努力寻找着存在的意义，每一次的选择和经历，都是对自我的一次重新定义，即便面临相似的困境与挑战，也依然要勇敢地做出抉择，不逃避生活的本质。