毕达哥拉斯在数是万物本原的数学哲学思想指导下，潜心研究数学，给数赋予了很多特殊的含义，毕达哥拉斯认为六面体中包含有地球的奥秘，四棱锥中蕴藏有火的含义，十二面体中囊括有宇宙的神秘。还把数分为聪明的、愚蠢的、知足的、不知足的，并且给出了平均数、亲和数和完全数的概念。
同时，毕达哥拉斯还把自然数划分为奇数、偶数、三角数和五角数等几种不同类型的数。毕达哥拉斯认为，这些不同的抽象的数便是宇宙万物的始基，不同情况的数按照数量的多少或它们之间不同的比例关系组成或构成宇宙中不同的物体，这就形成了宇宙中物体多与一的统一。
毕达哥拉斯还把数从具体事物中抽象出来。他从三张桌子、三棵树、三把椅子、三个人、三头大象等具体事物中分离出了“三”这个数，看起来很平常的事情，但对后来的数学哲学来说，其意义非常巨大，使得人们对数学研究的视野从名数进入到常数,使得人们研究万物的本原从具体的事物中抽象为脱离了具体事物的数，对后世数学和哲学的发展起到了重要的推动作用。