重伤的主角哥斯拉看着父亲和太空船离去的天空，感到悲伤，对天吼叫…
…回到现今，主角哥斯拉从睡梦苏醒仰头悲伤吼叫…然后缓缓动身游走了…
而地底蜥蜴人这边，人类议论起来，对于巨大哥斯拉变成晶体哥斯拉的猜想，可能是上了太空船后，原本打算自爆和高级文明一起上路的，却被制服了，高级文明把它带回去。
不管是哪一个猜测，高级文明还会再派巨兽过来的，晶体哥斯拉毁灭地球都失败的话…地底蜥蜴人和被抓蜥蜴人默契对视后，地底蜥蜴人决定把科技教授人类，不过蜥蜴人要加入每一项有关于蜥蜴人科技的项目，人类需要时间商议…

晶体哥斯拉已经被消灭了，帝王组织和联合军开始做清理工作，帝王组织收集完整的晶体拿回去基地研究，联合军把世界各地存有能量的晶体摧毁，蜥蜴人加入帝王组织协助人类研究晶体，毕竟蜥蜴人有经验。
而所有暴走的泰坦巨兽也恢复正常，各自回到自己的地盘，由金刚带领猿族监督和维持秩序。
主角哥斯拉呢？他回到地底世界的哥斯拉巢穴，守护着最后一次输注能量的蛋，这也是他唯一能为低版哥斯拉做的事…

帝王组织的研发基地，很多的完整无损的晶体，部分是泰坦巨兽身上脱落的，部分是有能量的，都送来储存在一个辽阔的地下广场。
地底蜥蜴人用可以激活晶体的设备，零件材料由帝王组织提供，蜥蜴人的战甲也是一台电脑、基建机器、医疗设备，包罗万有的，地底蜥蜴人利用战甲启动能量形成的固态建设建造仪器设备和建筑。
人类看着叹为观止，神奇至极，为了尽快完成工程，被抓蜥蜴人加入协助…
按照蜥蜴人的说法，一个蜥蜴人就能建造一个王国，甚至一个星球，需要的只是时间和能量，作为一级文明最基础需要就是跨越死亡的期限，达到长生不死，人类的寿命太短成为了局限，幸好一代接一代延续取代这个缺点，但是也拖慢了进度…
人类希望得到长寿秘诀，蜥蜴人微笑带过，等时机，也许未来人类自己会找到。
至于能量问题，这个就是高级文明为什么要吞噬其它星球的原因，需要庞大能量就要抽取资源枯萎星球，有了晶体，任何资源都可以成为能量，包括石油、天然气、气体、森林、海洋、生物等等…
人类疑惑，蜥蜴人怎么会知道晶体有这种功能？
原来蜥蜴人也是从晶体所刻印记忆里得到资讯的。
晶体有记忆？当然，主导晶体有自我意识，自我意识产生了个性、想法、记忆等等，说白它算是有机体，神奇的生物。

主导晶体也是一个网络，它可以连接各地子晶体执行指令，或者各地子晶体可以作为视角，把所看到的事情记录和传输给主导晶体。
所以，尽可以的话，收集更多的晶体回来，尤其是主导晶体的部位…
那么在泰坦巨兽脱落的晶体呢？蜥蜴人叹气，那是控制泰坦巨兽的晶体，可以说是主导晶体的亲生孩子，遇到泰坦巨兽，晶体会进行猎捕，用重力电弧锁住巨兽，然后一块特定的晶体刺入巨兽脖子，并注入晶体内的晶石，晶石就会侵入巨兽的脑袋控制巨兽的思想，晶石也会吸收巨兽维持活动，慢慢在巨兽身上生长导致巨兽身躯长出晶体…就算因为主导晶体消灭而脱落了，这些被注入过晶石的巨兽就像被诅咒了般，永远活在被晶石控制的噩梦里…雪魔就是一个例子，除非晶石被摧毁，才能解脱，但是…当主导晶体再次回来的时候，这些曾经被诅咒的巨兽再次暴走了，身体还长出晶体…幸好现在主导晶体完全被摧毁了，这次被诅咒的巨兽们真正解脱了…但愿如此…
那么说巨大哥斯拉就是被主导晶体控制才会这样？蜥蜴人摇头，巨大哥斯拉的情况是和主导晶体融合了，主导晶体内部核心就是晶体哥斯拉，晶体哥斯拉就是核心…晶体哥斯拉控制了所有晶体和诅咒巨兽…到底当年远古大战巨大哥斯拉和太空船离开后发生什么事？还是那一句，尽可以收集到主导晶体的部位。
恐怕两次的巨大爆炸可能已经把主导晶体碎落的部位都炸毁了…

三个月过去了…
由于晶体大小数量繁多，全部销毁耗时耗军力耗费大，在研究发现不刻意破坏不造成环境威害情况下，最后联盟通过法案停止销毁晶体。
再过三个月后，各国人民纷纷出来抗议，因为晶体衍生了很多问题，有不法分子偷窃或刻意破坏引发大爆炸、意外造成爆炸、泰坦巨兽越界吸收晶体的能量造成灾难，没了哥斯拉管事、怀疑晶体会散发大量辐射导致患癌或皮肤疾病…
哥斯拉一直躲在巢穴守护着蛋，地表的事完全与他无关…只好由金刚猿族去管，但是巨兽不服金刚，所以会打架而造成灾难…

因为压力，联合军重新动议销毁晶体。
当联合军协同帝王组织去摧毁较大的晶体时，他们发现之前被销毁的晶体重新长出来。
而数据发现，地球依然还在以缓慢速度枯萎中，温水煮青蛙，让人不以为然的…
在多日的执行摧毁晶体行动，在一个森山洞穴里发现了一个破裂的晶体，在这个晶体和一般的晶体不一样，他们还发现有巨型生物在洞穴活动的迹象…行动人员觉得不妙！！深探下去，发现巨兽，摧毁晶体爆破组团灭！！！

帝王组织和蜥蜴人来到洞穴，巨兽已经不在了，他们从死亡爆破组身上的摄像头得到巨兽的模样，虽然巨兽只有大约三米高，而体型样貌就是一头小型哥斯拉！！
地底蜥蜴人把破裂的晶体所有碎块一丝不减的全打包了。
部队发现洞穴深处有一个流动河，小型哥斯拉已经从这里离开了，经过侦查河流通往大海…
蜥蜴人打开地球意志模式，搜索小型哥斯拉的踪迹，但是没有任何发现…
大家只好先回帝王组织基地。

回到帝王组织基地，蜥蜴人第一时间把破碎的晶体重组，重组完成。
重组完成的晶体其实是一颗蛋…和晶体核心类似，小型哥斯拉就是从里头孵化出来的，没有完全摧毁世界各地的晶体确实是一个错误的决定…这颗蛋会成功孵化就是有能量传送的关系…
蜥蜴人把晶体蛋放入仪器设备上，看看晶体蛋是否有记忆资料。
设备搜索整合，不久后数千万亿的记忆资料被系统排列出来…不过部分记忆资料不全或受损了。
这么多看来需要用上上万年才能看完…
蜥蜴人说没事，以前他也是这样看…
人类崩了…
蜥蜴人把记忆资料分组让更多人去看，会比较快…
于是整个基地广场让出大空间置放上千台电脑，召集人手帮忙看！！

人类疑惑，之前收集回来的晶体都没有这么多记忆资料，为什么这个破碎的晶体蛋会有这么多？
蜥蜴人解释，这颗晶体蛋不只是一颗蛋，也是晶体核心，核心就是收集储存所有晶体得到信息的中心，就像电脑的储存硬盘，虽然被破坏或了，得到修复后依然可能几率还是可以得到资料，蜥蜴人也是碰运气而已，这次他运气非常好。
那么从晶体蛋孵化的小型哥斯拉呢？它是否继承核心的记忆？也许是的…

某处深海里，一颗类似晶体核心的晶体蛋开始破裂，小型哥斯拉破茧而出，体型比之前大了几倍，他好像有目的地要前去也知道游向哪个方向是正确的…
帝王组织基地，除了上千人在着手协助查看记忆资料，两个蜥蜴人也一人同时看着几个记忆，把重要的显示在立体投射荧幕上。
先是最近的关于晶体蛋的，原来不只是深山洞穴有，晶体蛋随着晶体横生时世界各地都有，只是没有被孵化！！类似哥斯拉进化模式，要把晶体蛋孵化也需要能量，可怕的是…这些晶体蛋孵化出来的哥斯拉都会拥有共同同步的记忆资料，地球只是一个被定为晶体哥斯拉军团孵化巢穴，然后再让所有晶体哥斯拉前往宇宙各处星球进行相同指令！！晶体核心打算统治宇宙！！！
帝王组织吓到了，立马把这个重要信息送给联合军，要求马上摧毁世界各地的晶体！！
蜥蜴人需要时间把世界各地晶体蛋位置找出来，不过目前因为晶体哥斯拉已经被消灭阻滞晶体蛋孵化计划的进度了…只剩深山洞穴一头晶体蛋成功孵化…
蜥蜴人发现这些记忆里有一些被删除的记忆，可能是损坏了…
蜥蜴人尝试将损坏记忆修复…

小型哥斯拉游到一个曾经来过的洞口，这是一个前往地底世界的隧道出入口，他守在入口很久，地下突然出现光线，是晶体光纤连接了小型哥斯拉，将大量的能量输入小型哥斯拉体内，原来他在从远处晶体聚集能量给自己，当能量输送完成后，小型哥斯拉身体闪闪发亮，晶体从体内长出慢慢包围小型哥斯拉，小型哥斯拉趁自己还能移动，急忙进入地底世界隧道！！
在隧道里，小型哥斯拉慢慢被晶体包围，形成核心晶体蛋，然后进入地底世界，随意坠落某处等孵化…
回到帝王组织基地，蜥蜴人得知这些晶体蛋孵化的哥斯拉会不停吸收能量在转化为蛋再孵化，这是蜕变过程，更像在进化。
对于蜥蜴人来讲，他更想知道的当年远古大战后，巨大哥斯拉在太空船里发生什么
事情。

蜥蜴人终于找到远古大战的记忆资料档了。
关键时刻，大家一起聚过来看，不过出现严重的损坏，只能不停切过一些损坏记忆观看。
开看记忆，看到一节一节的片段，巨大哥斯拉进入太空船内部，内部是一个外太空景象，巨大哥斯拉浮游，没有止境，可以感觉到被四周围注视着…（损坏）
…身躯支离破碎，但是有意识，很清楚，光速般朝一个方向前进…（损坏）
…眼前一个银河系！！感觉到银河系在注
视着巨大哥斯拉，多艘星球一样大的太空船慢慢现身包围着巨大哥斯拉…（损坏）
在场观看着记忆的人都感到震惊和畏惧…
地底世界，小型哥斯拉又再次孵化，已经是一个标准的成年哥斯拉体型，但是身上没有任何晶体，完全是一头纯哥斯拉，样貌和巨大哥斯拉一样…

地底世界，巨大哥斯拉看着周围的环境，潜意识里他很熟悉的地方，但是他记不起关于这里发生的一切…感觉他头痛而摇晃头部！！
一些他带着一头小哥斯拉的闪烁画面，他感觉到他自己会来这里是因为这头小哥斯拉的关系，突然他跟着熟悉的方向缓缓的走去了…

帝王组织基地，大家看着记忆里的巨大哥斯拉被某些透明物质以椭圆形状态包裹着，核心依然留在巨大哥斯拉躯体上，而巨大哥斯拉的意识被核心侵蚀了…（损坏）
…跳过一段很漫长的空白记忆…不知道是损坏还是被删除了…偶尔闪过一些连图画面…内容很混乱…可以看见的多数是巨大哥斯拉和小哥斯拉的画面…
人类猜测巨大哥斯拉和核心融合了，核心占据巨大哥斯拉的意识，巨大哥斯拉进入沉睡状态。
蜥蜴人认同核心占据巨大哥斯拉意识了，但是并没有融合，核心只是寄生在巨大哥斯拉身躯和控制意识而已…至少那个阶段是如此…
蜥蜴人切过空白的记忆，看到的记忆是太空船带着巨大哥斯拉入侵其他星球，战斗和吸取能量的，巨大哥斯拉的身躯加上晶体可以吸收更多的能量…然后就是巨大哥斯拉极光爆炸，炸毁星球！！
巨大哥斯拉极光自爆…死了吗？答案是没有，但是自身也因为自爆自损的，吸收的能量使巨大哥斯拉恢复快，也变得更强大。

地底世界，在巢穴守护着哥斯拉蛋的主角哥斯拉从休眠中醒来，他感觉到巨大哥斯拉来了！！
巨大哥斯拉一脸茫然，对于熟悉的环境他感觉很有亲切感，来到教主角哥斯拉游泳的深水域，站在崖边看下水面，脑海里闪过小哥斯拉在游泳的画面，他不由自主的跳下去，找不到小哥斯拉的踪影，浮上水面…看到主角哥斯拉就站在崖边看着他…