万历十一年（1583年）进士，历任南京工部主事、兵部郎中、福州知府。任重庆知府时，受四川总督邢玠命，单骑招抚播州（今贵州遵义）宣慰使（土司）杨应龙，升川东兵备副使。

万历二十五年（1597年）二月，日本丰臣秀吉再次侵入朝鲜，兵部尚书邢玠为经略，发兵出援；升王士琦为山东参政衔监军，与总兵刘綎领兵2万自四川赴朝。

十一月，邢玠兵分三协，阻挡倭寇东西中三路。西路倭据栗林、曳桥险地，邢玠命刘綎陆军、总兵陈璘水军进攻，王士琦兼监两军。因中路董一元败溃，影响全局，刘綎进攻失利，有人劝暂退全州

王士琦说，强敌在前，只有进死无退生。怒缚中军。刘綎惧，力战破敌，倭退不敢出。

包围栗林十余日，倭向头目平义智求救，王士琦令陈璘水师伺于海，陆师攻夺曳桥，乘胜攻克栗林。援朝之战结束，升河南左布政使。万历四十四年（1616年），任右副都御史，巡抚大同。著有《东征纪略》。