嘉靖三十二年（1553年）进士，授松江推官，选刑科给事中。建言弹劾内阁首辅严嵩，廷杖遣戍。隆庆改元，补吏科给事中，历任顺天府丞、南京右佥都御史，提督操江

嘉靖三十二年（1553年）进士，授松江推官，选刑科给事中。建言弹劾内阁首辅严嵩，廷杖遣戍。隆庆改元，补吏科给事中，历任顺天府丞、南京右佥都御史，提督操江

寻以巡抚广东被论，调云南副使，闲住。万历十二年（1584年），起补湖广副使，升左通政、大理卿、吏部、刑部侍郎，历左都御史。

万历十八年五月初十日（1590年6月11日），吴时来去世，终年六十四岁，赠太子太保，谥号忠恪（后褫夺）。

吴时来七岁时，就显露出非凡的才华和聪明，过目成诵。吴炳台将他放在膝上，教他作对句，不用两三次就能对出工整的句子。族中有人惊奇于吴时来的才华，见到山野中有火，便叫吴时来试着对句说：“半块火能烧千仞山”，吴时来不假思索地对道：“一粒谷可种万亩田。”族人对此大为惊奇。

吴时来十岁时就能写文章，每当文章还未写完，吴炳台就迫不及待地将它拿出来给别人看，说：“这是我儿子的文章，将来可以继承王勃、唐寅的文采。”众人都对吴时来感到惊奇，但也有人觉得吴炳台过于夸奖了。

隆庆四年（1570年）三月，吴时来被调任为广东佥都御史， 将要出发时，他推荐了所属官员五十九人。给事中光懋等人弹劾他滥举官员。恰逢高拱掌管吏部，他向来不喜欢吴时来，于是将吴时来降职为云南副使。吴时来又遭到高拱的门生给事中韩楫的弹劾，被罢免官职闲居在家。