可以试试用环境变量:ELECTRON_OZONE_PLATFORM_HINT=wayland,参考:
https://www.electronjs.org/docs/latest/api/environment-variables,不过貌似得软件用版本比较新的electron才行,按archwiki上写的话需要electron 28+。而且有些软件比如Podman Desktop上默认关闭socket=wayland所以不仅需要设置变量还需要打开socket=wayland;
或者配置$HOME/.var/包名/config/xxx.conf,添加启动选项到里面,比如Microsoft Edge就是在~/.var/app/com.microsoft.Edge/config/edge-flags.conf里添加--ozone-platform=wayland --enable-features=UseOzonePlatform。一般flathub的manifest上可能会有启用Wayland的文档,类似
https://github.com/flathub/com.microsoft.Edge上的README,所以也可以找找维护的人有没有写有。