怎么说呢，具体到某个作者身上那么确实不知道作者意图，如果从传统文化上来讲：
佛家角度来说，六道轮回众生平等，而佛家亦讲求慈航普度。
从儒家角度来说，讲究“人之初性本善”
道家角度来说，讲究“道法自然”与自然和谐相处。

可以有合理的解释，就是当时妖怪太强，以当时的手段根本杀不掉，所以封印，通过封印削弱妖怪，等到妖怪弱到一定地步后，再想办法杀掉。但封印的过程中出现意外，所以妖怪会跑掉。

那比如说修仙世界里都有皇朝，那皇朝的监狱都关什么角色，不能只关凡人吧

你查一下仙剑锁妖塔的来历就知道了，锁妖塔这玩意一开始是佛塔，要锁的“妖”就是蜀山然后佛门被蜀山打的屁滚尿流就成了蜀山锁妖塔。
妖怪关进锁妖塔一般来说跟死没什么差别，里面有神界的化妖水。
至于锁妖塔的作用，仙剑世界观里，前期人族正面是打不过妖族的，锁妖塔镇的妖主要是天妖皇一战被陷阱坑进锁妖塔的初代群妖，后面丢进去的大猫小猫两三只都无所谓的，遇到妖杀就杀了，不想亲自动手丢锁妖塔也行。而且锁妖塔下面镇压了魔界和罗刹界的通道。

所以说锁妖塔的作用压根就不是监狱，而是三界必争的战略要地上建立的究极战斗要塞。打仗谁输了谁就是锁进去的妖

几个原因
1、罪不至死
2、留给弟子试炼
3、当资源养着
4、驯服
5、杀不死，但可以封印慢慢磨灭
6、活着有悬念，剧情好展开。1-1000章全是砍怪，你会看吗