为了研究材料间和处理间表达差异的遗传基础，对转录组学数据应用了多序列混合模型。为了获得用于进一步分析的高置信度集，去除了检测到明显模型膨胀的基因。

这一严格的统计选择产生了一组509个基因，其中SNPs被发现与不同材料的处理无关基因表达差异相关（图3A），以及一组158个基因，其中SNPs与轻度干旱时的差异表达相关（图3B）。

由于与成千上万个基因的基因表达相关而产生的多重测试问题被忽略。取而代之的是，每个基因都使用了10-7的可接受显著性阈值，因为我们关注于每个基因的特定模式和关联峰值的比较。

总的来说，509个基因有一个或多个SNP，与非治疗基因表达的变异相关（对照和轻度干旱合在一起）。清晰的对角线带可见（图3A），包含位于与其表达相关的基因附近的SNPs，表明顺式调节SNPs。从与非治疗性表达相关的SNPs的空间分布来看，我们观察到转录起始位点上游2 kb启动子区域的SNPs比例明显增加。

相关SNPs的最大密度位于1-kb上游区域，之后SNPs的比例迅速下降（图4）。相关的SNPs也位于转录区。这些SNPs可能与上游致病性标记存在连锁不平衡，或者可能参与内含子介导的基因表达调控。或者，内含子序列的变化可能导致选择性剪接的差异。在转录区下游，调节表达的SNPs数量迅速下降。

图4.与治疗无关表达相关的SNP位置直方图
相关阅读

WIWAM高通量植物表型成像系统由比利时SMO公司与Ghent大学VIB研究所研制生产，整合了LED植物智能培养、自动 化控制系统、叶绿素荧光成像测量分析、植物热成像分析、植物近红外成像分析、植物高光谱分析、植物多光谱分 析、植物CT断层扫描分析、自动条码识别管理、RGB真彩3D成像等多项先进技术，以较优化的方式实现大量植物样 品——从拟南芥、玉米到各种其它植物的生理生态与形态结构成像分析，用于高通量植物表型成像分析测量、植 物胁迫响应成像分析测量、植物生长分析测量、生态毒理学研究、性状识别及植物生理生态分析研究等。