次要原因是马种矮小，但是连骑骡子的起义军也打不过就不是马的问题了。
下面说主要原因:
清军的骑兵是特化用于反步兵的，与骑兵对杀的能力弱。清军历史上长期是对付汉人的，汉人因为缺马主要靠步兵结阵对付清军。清军骑兵发展出的抵近密集射箭的战术，是适合对付步兵的。但是不适合对付骑兵。清军遇到明朝骑兵就依靠数量的绝对优势驱赶对手。
清军的运用马刀的能力比较弱，但是骑着马冲锋还是对步兵有优势，所以清军骑兵的弱点一直没有暴露。等到英印骑兵这种专门对砍的骑兵上场，清军骑兵骑射的招数就不灵了。再加上清朝骑兵火器化导致射箭能力低下，战术上也失去抵近的勇气，即使抵近也不善于对砍。对手的马又快，不再是两条腿的汉人步兵，所以逃也逃不掉，只能大败亏输。