其实工藤新一就是黑衣组织的BOSS，而真正的工藤新一就是他的后代。他吃下了完成版A药之后，杀掉了真正的工藤新一，代替了他，想来一次真正完美的犯罪，结果被琴酒一棍子敲失忆了，以为自己就是工藤新一，再次被喂下A药，成了柯南
而宫野志保是他的老婆，她和真正的宫野志保发明了A药完成版，为了独吞成果，她杀掉了宫野志保，替代了她。结果发现自己老公不见了，最后查出老公已经变成了柯南，就设计让明美背叛组织，从而让琴酒把自己关在了地下室，自己吃下藏起来的A药，从地下室逃走，去找到了柯南。
而毛利一家也早已经让BOSS杀掉了，现在的毛利一家都是克隆人，是工藤新一为了自己这个身份搞出来的克隆以掩人耳目的。。。

而服部平次就是BOSS的表兄，而服部家就是他的后代 ，他也学工藤新一吃下了A药，把真正的服部平次杀了，替代了他。